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Tema: Base de datos Maestría en Ingeniería en Diseño de Bioprocesos Ing. Jerson López Pérez 10 de noviembre del 2017

Contenido 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7.

Bioinformática Base de datos Introducción a NCBI Búsqueda de secuencias genéticas en NCBI Links a literatura Búsqueda de similitudes de secuencias Múltiples alineación y árbol filogenetico

1. Bioinformática

1. Bioinformática Campo convergente de la biología, computación e información tecnológica en una misma disciplina. La meta última de este campo es posibilitar el descubrimiento de nuevas ideas biológicas, así como crear una perspectiva global de la que puedan ser discernidos principios unificadores de la biología

(www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.html).

1. Bioinformática Tres subdisciplinas importantes dentro de la Bioinformática son: Desarrollo de nuevos algoritmos y estadísticos que aseguren relaciones entre de grandes bases de datos. Desarrollo e implementación de herramientas que capaciten el eficiente y manejo de diferentes tipos de información. Análisis e interpretación de varios tipos de datos (nucleótidos, secuencias de aa, dominios de proteínas, estructuras proteícas).

(www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.html).

2. Bases de datos bioinformáticas

Información en la era genómica • El proyecto genoma humano y similares genera un inmenso flujo de información • Para poder utilizar esta información, ha de estar almacenada correctamente • El a la información almacenada ... • Ha de ser rápido • Debe poder hacerse de manera flexible

• Esto es posible gracias a la creación de bases de datos y distribución vía Internet.

Para que se utilizan las bases de datos ? • Búsqueda de información. • Por palabra clave, números de , autores...

• Búsqueda de homologías • ¿Hay secuencias igual o parecidas a la mía ?

• Búsqueda de patrones • ¿Mi secuencia contienen patrones conocidos?

• Predicciones • ¿Puedo encontrar proteínas parecidas a la mía, pero con función conocida?

Principales proveedores de recursos • El National Center for Biotechnology Information (NCBI) centraliza los bancos de datos y aplicaciones de EEUU • El European Bioinformatics Institute (EBI) realiza una función similar en Europa • GenomeNet reúne bases de datos diversas en Japón

3. Introducción de NCBI

Bienvenida

Lista de recursos (A-Z)

Los mas populares y nuevas noticias

Tags de información.

Cursos en persona, seminarios web en vivo y grabaciones de seminarios web

Conferencias y presentaciones

Tutoriales

Manuales en línea, manuales, hojas informativas y preguntas frecuentes

Botón de búsqueda en base datos Operadores: Or e and

Menú desplegable

4. Búsqueda de secuencias genéticas en NCBI

Recordando….

3. Búsqueda de secuencias genéticas en NCBI

La óxido nítrico sintasa u óxido nítrico sintetasa (sigla en inglés NOS

Información de búsqueda

Tags de información o filtros

Tabla de resultados

Descripción

Alias y numero de etimologia

Localización del gen

Nombre del gen y ID interna

Resumen

Muestra el contexto del gen así como los genes que están en los linderos

PubMed es un motor de búsqueda de libre a la base de datos MEDLINE de citaciones y resúmenes de artículos de investigación biomédica. Ofrecido por la Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos como parte de Entrez.

Fenotipos y condiciones asociadas

Variaciones e interacciones con genes

Rutas y biosíntesis

Secuencias de Referencias

LOCUS AY182241

1931 bp

mRNA

linear

Largo

Nombre del Locus

Tipo de Molecula

PLN 04-MAY-2004

Division

Fecha de Modificación

ACCESSION

AY182241

VERSION

AY182241.2

Version seguimiento de cambios en seq

•Estable •Reportable •Universal

GI:32265057 GI numero NCBI uso interno

SOURCE Homo sapiens (human) ORGANISM Homo sapiens Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; core eudicots; rosids; eurosids I; Rosales; Rosaceae; Maloideae; Malus.

Taxonomía controlada NCBI

Cites and references

start (atg)

stop (tag)

Secuencia codificante Identificadores de GenPept

La secuencia: 99.99% de seguridad ORIGIN

//

1 61 121 181

ttcttgtatc tcagagttca aacctgaagc ggaagaacga

ccaaacatct cttgcaagct ctcttacttg tttcctagat

cgagcttctt gataatgagc attaatcaaa caatctctta

gtacaccaaa agaaaatttt gacggtctgc tcagcaaata

ttaggtattc tcaaaaccag aaattacaag cgatggagat

actatggaat atgaaacccg ccaaatattt gagtatcgga

1741 1801 1861 1921

ggacccacat aataaatagc tgtaacgttg aaaaaaaaaa

cctgtcttta ctattccaac ctcttgtaaa ctagtactca tatagtttga agcaaaagtt tgcggttcag ttcgtcatgg ataaattaat ctttacagtt ttgccaaaga ttatgaataa aaagttgtag tttgtcgttt aaaaaaaaaa a

5. Link a literatura

OMIM: Human Desease Genes

6. Búsqueda de similitudes de secuencias

¿Qué es BLAST? • BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un programa informático que identifica genes homólogos (similares) en diferentes organismos o bien, encuentra regiones de semejanzas locales entre las secuencias.

Funcionalidades • El programa compara secuencias de nucleótidos o de aminoácidos con las bases de datos existentes. • El BLAST se puede utilizar para deducir relaciones funcionales y evolutivas entre las secuencias como también ayuda a identificar a de las familias genes.

Pasos a seguir • Obtener una secuencia nucleotídica o aminoacídica

• En BLAST seleccionar la opción, según lo que se quiera obtener (comparación de secuencias nucleótidicas, o compararlas con proteínas, etc.) • Poner secuencia a comparar en programa.

Alineación de mas de dos secuencias

Introducción de la secuencia de nucleótidos o aminoácidos en formato fasta

Subir un archivo

Limites de la secuencia

RUN

4. Tabla de resultados

7. Múltiples alineaciones y árbol filogenético

La misión de UniProt es proporcionar a la comunidad científica un recurso completo, de alta calidad y de libre de secuencias de proteínas e información funcional.

Alineamiento

6. NEBcutter

Permite Analís de restricción

Nos permite determinar a priori cuales son las enzimas para realizar el clonaje de una secuencia de AND en un vector determinado

Determinar un Vector de expresión que permita la trasformación la producción de una proteína

Subir archivos en formatos planos o FASTA ID GenBank

Secuencias stadar plasmidos, virus o fagos.

Enzimas que queremos utilizar

Tipo de secuencia

Tipo de secuencia

Run