Fitopac 5o275j

FITOPAC 1 MANUAL DE USUÁRIO

1995.

G. J. Shepherd Depto. de Botânica IB da UNICAMP CxP 6109 CAMPINAS 13081 SP - Brasil

AVISO IMPORTANTE

Embora tentou-se evitar possíveis erros e "bugs" nos programas, testando com conjuntos de dados e contra outros programas, é quase uma certeza que ainda existem alguns. Se você encontra erros, ou tem sugestões para melhorar os programas, mande uma carta ao autor, explicando sua sugestão ou descrevendo em que circunstâncias o erro ocorreu. No caso de erros, ajuda achar o problema se você pode incluir uma cópia dos dados que provocaram o erro, junto com uma descrição da análise sendo realizada. Estes sugestões e avisos de erros serão utilizados par melhorar e corrigir a próxima versão do programa.

INTRODUÇÃO

O que é FITOPAC ? FITOPAC é um conjunto de programas para análises fitossociológicas que permite calcular parâmetros fitossociológicos e analisar dados de levantamentos de vegetação de diversas maneiras. Alguns programas também podem ser úteis para análises de outros tipos de dados, particularmente em taxonomia. Embora existam, no exterior, vários “pacotes” de programas para análise de dados ecológicos, estes freqüentemente não são bem adaptados aos tipos de dados normalmente coletados aqui no Brasil, especialmente em vegetação lenhosa de florestas e cerrados, ou são difíceis de usar, especialmente por pessoas que não tem muita experiência no uso de computadores. O objetivo do atual “pacote” é de fornecer os programas necessários para análises de dados obtidos em vegetação típico do Brasil, e de permitir seu uso sem exigir grande conhecimento de computação, embora um certo mínimo evidentemente é necessário. Os programas foram montados para utilizar microcomputadores do tipo IBM-PC compatíveis. Embora isso limita, um pouco, o tamanho de levantamento que pode ser analisado, tem a vantagem de facilitar o aos programas pois não necessita de computador de grande porte. De qualquer maneira, os limites para esta versão (10.000 indivíduos, 1000 amostras e 1000 espécies para cálculo de parâmetros fitossociológicos e 400 parcelas e 250 espécies para matrizes de parcela x espécie) devem acomodar a maioria de levantamentos atualmente realizados, e são comparáveis com os limites impostos por outros programas para microcomputadores. Em geral, pretende-se que estes programas sejam utilizados para análise de vegetação lenhosa, embora seja possível utilizar alguns programas para análise de outros tipos de dados.

O que tem no FITOPAC ? A versão 1 do FITOPAC contem os seguintes programas : PREPARE - este programa é utilizado na preparação de dados para FITOPAC, oferecendo facilidades para verificação dos dados de campo, e formatando o arquivo de dados para uso com os outros programas. CADERNO - fornece listagens dos dados de campo, podendo ordenar os dados em diversas maneiras. PARAMS - calcula parâmetros fitossociológicos para um levantamento usando amostragem por parcelas ou quadrantes. Inclui índices de diversidade, além dos parâmetros normais empregados em fitossociologia (por ex. Densidade Relativa, Dominância Relativa, IVI, IVC, etc.). Também fornece alguns gráficos simples. CRIAMAT - este programa prepare matrizes de parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de campo. Estas matrizes são usadas para outras análises (PCA, análise de aglomerados, etc.). O programa tem facilidades para manipulação das matrizes (transformações, remoção de espécies raras, etc.). Permite, também a entrada de matrizes em forma de arquivos ASCII MATRIZ - para manipulação e “tradução” de matrizes de dados em diferentes formatos, permitindo importação ou exportação de dados para outros programas e pacotes. COEF - calcula uma variedade de coeficientes de similaridade e distâncias (distância euclidiana, Bray_Curtis, “Canberra”, etc.), usados para análise de agrupamentos (“Cluster Analysis”). CLUSTER - para Análise de Agrupamentos (“Cluster Analysis”), incluindo diversos tipos de agrupamento (vizinho mais próximo, média de grupo, etc.). ORD - para diversos tipos de ordenação, incluindo Análise de Componentes Principais (PCA), Análise de Coordenadas Principais (PCO) e Análise de Correspondências (CA - também conhecida como Análise de Médias Recíprocas - RA). Estas análises são amplamente utilizadas em estudos de vegetação. Os últimos três programas também são de interesse para pessoas usando técnicas de taxonomia numérica com dados taxonômicos.

Histórico O desenvolvimento do FITOPAC começou com a expansão de estudos fitossociológicos no Departamento de Botânica da UNICAMP. Diversos pessoas sofreram com o processo de calcular parâmetros fitossociológicos, as vezes ando vários dias fazendo os cálculos, errando, e repetindo tudo de novo, tudo na base de calculadoras simples. Decidi, então, escrever um programa básico para fazer estes cálculos no computador central da 3

FITOPAC 1 universidade, naquela época um PDP-10, utilizando FORTRAN como linguagem de programação. Este programa ficou cada vez mais procurado com o aumento em levantamentos em cerrados e matas, mas o processo de utilização foi muito difícil pois tínhamos somente um velho terminal que usava papel e que servia o Instituto de Biologia inteiro. Com a introdução de microcomputadores, decidi transferir os programas para uso em micros, facilitando o o, e ao mesmo tempo, expandir os programas para fazer outros tipos de análises. O resultado foi a “versão preliminar” do FITOPAC que foi liberada em 1988, e que acabou sendo bastante utilizado na UNICAMP e em diversos outros locais, apesar de um interface de usuário totalmente incoerente (com alguns programas em FORTRAN e outros em Turbo Pascal), um manual totalmente deficiente e diversos “bugs” horrorosos ! Com a atual versão, a primeira “oficial” do FITOPAC, espero que finalmente o interface com o usuário esteja um pouco mais coerente, e que o manual seja um pouco mais útil, e que os piores “bugs” foram exterminados, embora sem dúvida ainda restam alguns ! Em geral, acredito que as análises oferecidas agora são mais diversas e produzem informações mais completas e úteis para o usuário. Para citar as diferentes versões, a atual deve ser citado como :Shepherd, G.J. 1995. FITOPAC 1. Manual de usuário. Departamento de Botânica, UNICAMP. e a versão anterior como :Shepherd, G.J. 1988. FITOPAC - versão preliminar. Departamento de Botânica, UNICAMP.

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INSTALAÇÃO

Equipamento necessário 1. Um microcomputador do tipo IBM-PC compatível. (os programas não rodam em micro tipo “Apple” ou /M !). 2. 640 Kbytes de memória. No momento, os programas estão configuradas para usar memória cheia. 3. Dois drives tipo “floppy” ou um “floppy” e um disco rígido (Winchester). Este último é muito mais rápido e quase essencial para levantamentos mais extensas - arquivos com mais que aprox. 8000 indivíduos não cabem num disquete de 360 Kbytes ! 4. Um coprocessador numérico 8087 não é essencial, mas é altamente recomendável. Este coprocessador aumenta em três vezes ou mais a velocidade de processamento de dados numéricos, e é particularmente útil se você pretende fazer muitas análises de dados numéricos, especialmente com PCA, etc. Estas análises vão demorar muito se sua matriz é grande e não tiver um coprocessador. Os programas foram compilados usando uma opção para “emular” um coprocessador e podem correr em micros com ou sem o coprocessador.

Instalação no micro. Os programas são distribuídos em disquetes. A primeira coisa que você deve fazer é copiar os disquetes para produzir uma cópia de trabalho. Os originais podem, então, ser guardados num lugar seguro, servindo de reserva, caso haja algum “acidente” com sua cópia de trabalho (alguém derramou café nos disquetes, etc.). Os disquetes não são protegidos e podem ser copiados usando “DISKCOPY”, “COPY” ou qualquer copiadora de disquetes. Se você quer dar um “boot” a partir destes disquetes, precisa também instalar o sistema operacional (formata os disquetes com opção “/S” ou use o comando “SYS” - repare que os disquetes vem sem sistema operacional). Se você tem um disco rígido, sugiro que você cria um subdirectório (por ex. \FITOPAC) e copia todos os programas para este subdirectório. Se você usa o comando PATH \FITOPAC, pode, então, utilizar os programas a partir de qualquer outro subdirectório no disco rígido (por ex. \DADOS).

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PREPARANDO DADOS PARA FITOPAC

os necessários para análises usando FITOPAC 1) Preparação dos dados: essencialmente a preparação dos dados de campo num formato apropriado para o programa, prontos para serem gravados num disquete usando um editor de texto. 2) Entrada, gravação e verificação dos dados num disquete, usando o editor de texto. 3) Transformação dos dados em arquivo FPD, usando programa PREPARE. 4) Análises básicas (parâmetros fitossociológicos, etc.) usando o arquivo FITOPAC e os programas apropriados (PARAMS, etc.). 5) Preparação de uma matriz de dados a partir do arquivo FPD para outras análises (PCA, análise de agrupamentos, etc.), usando programa CRIAMAT.

O que você precisa ? a) Em primeiro lugar, você precisa de um editor de texto para entrada dos dados - FITOPAC (ainda) não tem facilidades para entrada direta dos seus dados. Qualquer editor capaz de produzir arquivos ASCII pode ser utilizado - por exemplo, Wordstar(em modo não-documento), MS-Word(arquivo não formatado) e o Norton Editor. Note-se que alguns processadores de texto como “Redator” v 1.1 (até revisão r02) não podem ser usados, porque não produzem arquivos ASCII, e incluem uma série de códigos para a impressora, etc. no meio do texto. Se você está com dúvidas se o seu editor funcionará, tente mostrar um arquivo produzido pelo editor usando o comando DOS “TYPE”. Se aparecem na tela uma série de caracteres estranhos misturados com o texto, isso indica que o editor não pode ser usado, pois não produz somente caracteres ASCII. É possível, também, utilizar planilhas como Lotus 123, desde que haja facilidades para produzir arquivos ASCII (a maioria tem) e uma capacidade suficiente para seus dados (um levantamento grande pode ocupar 5000 linhas ou mais) b)A segunda coisa que você precisa é um disquete formatado, preferivelmente vazio. Embora seus dados possam ocupar somente uma parte pequena do disquete, é melhor utilizar um disquete para cada levantamento, deixando bastante espaço para arquivos que serão criados durante as análises posteriores. No caso de levantamentos muito extensos, você pode precisar de mais que um disquete, particularmente se você pretende executar análises mais complexas. Se você está utilizando um micro com disco rígido (Winchester), sugere-se a criação de um subdirectório específico para os dados. c)A terceira necessidade é uma lista das famílias e espécies incluídas no levantamento. d)Os dados de campo formam o último item necessário para iniciar o trabalho de entrada de dados.

Entrando os dados

1. Considerações Gerais. FITOPAC utiliza dois arquivos ASCII como ponto de partida. O primeiro arquivo contém os nomes das famílias e das espécies, e o segundo tem os dados numéricos do levantamento. Estes arquivos são preparados usando o editor de texto, e contêm os dados de campo do seu levantamento. Estes arquivos serão utilizados pelo programa “PREPARE” para produzir um novo arquivo contendo os dados no formato específico necessário para os outros programas do FITOPAC.

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Utilizando FITOPAC Antes de começar batendo os dados, você precisa dar um número para cada família e um número para cada espécie. São estes números que serão utilizados pelos programas para ligar as epécies às famílias e os dados numéricos com as respectivas espécies. E extremamente importante FAZER COPIA DE SEGURANÇA (backup) dos dados num segundo disquete ! Normalmente você deve copiar todos seus arquivos de trabalho, no mínimo, no fim de cada dia, se não mais freqüentemente, além de periodicamente “salvar” seus dados enquanto está usando o editor de texto. E uma falsa economia pensar que não vale a pena comprar um outro disquete - não é nada agradável gastar vários dias batendo um conjunto de dados e depois descobrir que vai ter que repetir tudo porque alguém derrubou uma xícara de café em cima do seu disquete ! Mantenha cópias de segurança, e cuide de manté-las atualizadas.

2. Uso de extensões e nomes de arquivos. Sugere-se o uso de algumas extensões padrões para os arquivos usados com FITOPAC. Se você não entende o uso de extensões, e as regras para nomes de arquivos, procure no manual do “DOS” ou qualquer livro que explica como usar um micro. É melhor usar um nome descritivo para os arquivos, embora o limite máximo de 8 caracteres para nomes de arquivos em DOS as vezes seja um pouco limitante. Como exemplo, se você tem um levantamento realizado em São José dos Campos, um possível nome para os seus arquivos seria “SAOJOSE” (note-se que acentos e símbolos especiais normalmente não são permitidos em nomes de arquivos). Em geral, use o mesmo nome para os arquivos de nomes e dados, dando a extensão “.NMS” para o arquivo de nomes, e a extensão “.DAD” para o arquivo de dados numéricos. No nosso exemplo, isso daria “SAOJOSE.NMS” e “SAOJOSE.DAD” para os dois arquivos básicos. O FITOPAC utiliza duas extensões próprias, “.FPD” para arquivos de dados de levantamentos e “.FPM” para matrizes de espécies x amostra, ou outras matrizes. Embora os nomes e extensões sugeridos aqui não sejam obrigatórios, seu uso facilitará a manipulação de arquivos posteriormente, especialmente em análises mais complexas onde numerosos arquivos podem ser gerados. É particularmente importante evitar o uso das extensões reservadas pelo FITOPAC, pois isso pode criar problemas quando os programas procurem arquivos no disco.

3. O Arquivo de Nomes. O primeiro arquivo a ser preparado deve ser o arquivo de nomes. Este arquivo contém, em primeiro lugar, uma lista das famílias das espécies incluídas no levantamento. Os nomes das famílias são batidos um por linha, começando com o número da família, um espaço, e depois o nome da família. Após a última família, você deve bater uma linha contendo somente “999” para indicar o fim das famílias. Em seguida, vem a lista das espécies, cada uma com um número de espécie e o número da família a qual pertence. De novo, deve ter um nome por linha, começando com o número da espécie, um espaço, o número da família, mais um espaço e finalmente o nome da espécie. Após a última espécie, você pode colocar uma linha com “999”, se quiser, mas não é essencial. O formato do arquivo de nomes deve ficar semelhante àquele da fig. 1.2. Os nomes devem ter, no máximo, 35 caracteres. Nomes mais compridos podem ser entrados, mas serão truncados pelo programa. Não é necessário que os nomes sejam entrados seguindo ordem numérica - podem ser batidos em qualquer ordem, desde que o número da família e espécie corresponda ao que você usou no resto dos dados, mas o uso da ordem numérica facilita o processo de verificação dos nomes e ajuda a evitar a utilização do mesmo número para dois nomes. Nomes para “mortas” e desconhecidos. Indivíduos mortos ou desconhecidos podem ser incluídos mas é necessário tomar alguns cuidados com os nomes usados. Em geral, onde há indivíduos mortos, você pode criar uma espécie “mortas” com número e tudo, e uma família “mortas” também. Serão tratadas como espécie e família normal no processamento. No caso de espécies desconhecidas, deve ser dado um número para cada morfoespécie, e um nome do tipo “desconhecida 1”. Será necessário, também, criar uma “família”, “Desconhecida” para acomodar estas espécies. Em levantamentos onde há muitas espécies desconhecidas, esta técnica pode criar problemas, pois os parâmetros calculados para famílias não estarão corretos. Neste caso, você pode tentar dividir as desconhecidas em mais que uma família, mas é evidente que este procedimento não é muito recomendável, e seria melhor tentar melhorar as identificações do seu material antes de tentar analisar os dados. Onde a família ou gênero da espécie já é conhecido, é necessário somente dar um número e um nome temporário para cada um (por ex. Myrtaceae 1, Myrtaceae 2, Myrcia sp1...Myrcia sp20, etc.). Em alguns programas existe a opção de excluir espécies, caso você não queira incluí-las nas análises.

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FITOPAC 1

4. O arquivo de Dados. O arquivo de dados contém todos os dados numéricos, isto é, as medições feitas para cada indivíduo que entrou no levantamento. O formato exato dos dados depende do tipo de levantamento, mas essencialmente segue o padrão usado para anotar os dados no campo. No momento, o limite de comprimento para cada linha no arquivo de dados é de 255 caracteres. Em geral, o formato dos dados é “livre” - não há necessidade de manter os números alinhados em colunas, e desde que você bate pelo menos um espaço entre números, espaços a mais não atrapalham. Números inteiros não precisam ter um ponto decimal e “0”. Se for utilizada a opção de “correção automática” no programa “PREPARE”, você pode usar uma virgula em vez de ponto decimal, mas neste caso, qualquer virgula encontrada no arquivo de dados será tratado como um ponto decimal. O uso do teclado numérico do micro facilita a entrada de dados numéricos e ajuda reduzir erros. Para usar o teclado numérico, você precisa apertar a tecla “Num Lock” - deve acender uma luzinha indicando que o “num lock” está ligado - e começar digitando os números. Note, porém que você não pode usar “PgUp”, “Del”, “Ins”, setas, etc. quando “NumLock” está ligado. Medidas de perímetro ou diâmetro podem ser usadas e estes podem ser em centímetros ou metros, mas não se pode misturar tipos de medições ou unidades no mesmo levantamento - por exemplo, tem que ser usado perímetro em metros para todos os indivíduos de um levantamento. No caso de diâmetros/perímetros múltiplos (vários ramos no mesmo indivíduo), devem ser batidos os valores individuais separados por um “+”, e o programa “PREPARE” calculará um diâmetro/perímetro equivalente. Por exemplo, no caso de ter um indivíduo com três ramos, com perímetros de 12, 14 e 20 centímetros, você bate 12+14 + 20 (note-se que pode ter ou não ter espaços entre os números - são opcionais). Alturas normalmente devem ser expressas em metros. No caso de não ter medidas de alturas, pode omitir este dado (no programa “PREPARE”, há uma opção para dados sem alturas). Para os diferentes métodos de levantamento tem formatos de dados diferentes, geralmente correspondendo aproximadamente ao formato dos dados obtidos no campo. No momento, os tipos de levantamento que o pacote pode analisar são os seguintes :Levantamentos usando parcelas: Na primeira linha do arquivo vem o número da primeira parcela. Os “números” de parcelas podem conter letras e outros códigos, até um total de 35 caracteres, mas não podem ter um espaço em branco* . Por exemplo “1A”, “201”, “22.01”, “1/55a” e “parcela_30” são todos aceitáveis como “número” de parcela. Depois, vêm os dados para os indivíduos da parcela, um indivíduo por linha, na seguinte ordem : no. do indivíduo (opcional - se você não quer incluir, os programas criam uma numeração própria), perímetro/diâmetro (em cm. ou metros), altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Em casos onde foram medidas as posições espaciais dos indivíduos, os coordenadas X e Y de cada indivíduo podem ser incluídas, depois do número da espécie. Após o último indivíduo da parcela, na linha seguinte, vem o número da próxima parcela, e em seguida, os dados dos indivíduos. Este processo continua até a inclusão dos dados do último indivíduo. Não é necessário incluir qualquer sinal especial para indicar o fim dos dados. A ordem de entrada das parcelas não é fixa, podendo ser até aleatória, desde que todos os indivíduos de uma parcela estejam juntos. Se você pretende analisar subconjuntos ou blocos de parcelas dentro de um levantamento, a inclusão das parcelas em grupos que correspondem aos blocos a serem analisadas vai facilitar a análise, embora isso não seja obrigatório. Fig. 1.3 mostra o formato esperado para dados deste tipo. Levantamentos usando o método de quadrantes : O formato neste caso é mais simples, tendo uma linha para cada indivíduo, com os seguintes dados - no. de ponto, no. de indivíduo (opcional), distância do ponto (obrigatório), perímetro/diâmetro, altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Se você não quer entrar um número de indivíduo, os programas criam uma numeração própria. Os pontos podem entrar em qualquer ordem, mas para facilitar análises de subconjuntos ou blocos de pontos, é melhor entrar os pontos em blocos que correspondem aos blocos a serem analisados. Coordenadas X e Y podem ser incluídas após o número da espécie. Fig. 1.4 mostra o formato esperado para dados deste tipo.

C. Um exemplo Para ilustrar o uso do FITOPAC, podemos tomar um exemplo (imaginário) que mostra os os básicos. Fizemos um levantamento dentro de uma área de mata na região de São José dos Campos, instalando 100 parcelas espalhadas ao acaso ao longo de um gradiente altitudinal. Estamos interessados inicialmente em ter uma idéia geral da * A versão preliminar de FITOPAC permitia espaços aqui. Se você realmente insiste, pode colocar espaços, desde que haja um “t” (ou “T”) no final da última linha da parcela anterior (fig. 1.5). Repare que isso não é possível na primeira parcela!

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Utilizando FITOPAC composição da mata como um todo, mas também gostaríamos de investigar o efeito do gradiente altitudinal sobre a composição da vegetação. Temos todos as medidas de campo, e a identificação das espécies essencialmente está completa, restando somente 3 ou quatro espécies desconhecidas. Em primeiro lugar, preparamos a lista de famílias e espécies encontrados no levantamento, dando um número para cada família e cada espécie. Uma família “Desconhecida” e espécies “desconhecida 1” a “desconhecida 4” são criadas para acomodar as espécies não identificadas. O número de espécie apropriado é anexado aos dados para cada indivíduo, nos dados de campo, e cuidadosamente verificado antes de começar trabalhando com o computador. Em seguida, escolhe-se um nome apropriado para nossos arquivos. Como nosso levantamento foi feito em São José dos Campos, vamos usar SAOJOSE para o nome dos arquivos, e começamos criando os arquivos SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD, utilizando um editor de texto. Entramos os nomes e dados nos dois arquivos seguindo o formato descrito acima. Neste ponto, é interessante imprimir uma listagem dos dois arquivos, para verificar os dados antes de qualquer processamento. Se possível, é mais fácil trabalhar com duas pessoas, uma “cantando” os dados e a outra verificando na listagem. Embora chato, este o é muito importante, pois a integridade e confiabilidade das análises posteriores são inteiramente dependente de ter dados corretos nestes arquivos. Os programas podem detectar alguns erros mais grosseiros, mas não há como detectar o fato que você bateu 44.5 em vez de 55.4 para o perímetro de indivíduo no. 445, por exemplo. Portanto, é essencial que a verificação dos dados seja feita com muito cuidado e atenção. Após ter verificado os dados, podemos converter estes arquivos numa forma que pode ser usada pelos outros programas. Utilizamos o programa “PREPARE” para converter os arquivos de nomes e dados numéricos num arquivo “.FPD”, batendo PREPARE SAOJOSE. Como estamos empregando as extensões normais do FITOPAC, precisamos bater somente SAOJOSE e o programa vai criar todos os nomes de arquivo necessários. Enquanto está lendo os dados, o programa tenta detectar alguns erros comuns, e da uma oportunidade para corrigi-los, editando os dados. Portanto, é útil ter uma cópia dos dados de campo a mão, permitindo verificação imediata se o programa detecta qualquer problema. Note-se que qualquer correção feita utilizando PREPARE tem efeito somente no arquivo “.FPD” e não nos arquivos “.NMS” e “.DAD” ! O resultado é um arquivo SAOJOSE.FPD, contendo todos os dados e pronto para uso pelos outros programas. Uma vez que temos este arquivo, podemos proceder com a análise dos dados. Antes de começar com a análise propriamente dito, porém, é muito útil fazer uma listagem completa dos dados, que fornece um recorde permanente do conjunto de dados em formato fácil de consultar, e permite recuperar de algum “desastre” onde os arquivos de dados são perdidos (isso não deve ser possível se você está fazendo cópias de segurança - “backups” - de todos seus arquivos, mas nunca se sabe !). Para fazer a listagem, utilize o programa “CADERNO”, batendo simplesmente CADERNO SAOJOSE, e uma listagem dos dados será produzida no arquivo SAOJOSE.LST. Se quiser mandar diretamente para a impressora, bate CADERNO SAOJOSE IMP. Normalmente é útil ter uma listagem dos dados ordenados por parcela (ponto) ou na ordem de entrada dos dados (que geralmente é igual), e, também, uma listagem por espécie que facilita a localização de todos os membros de uma espécie, sem ter que percorrer a listagem inteira. Esta última listagem também é muito útil para localizar possíveis erros - uma espécie que não está presente, mas que você sabe deve estar na listagem, ou uma espécie com diversos indivíduos quando deve ter somente um, pode funcionar como um aviso que houve algum erro na transcrição dos dados, e qualquer discrepância deste tipo deve ser notada e verificada. Tendo uma listagem dos dados, e satisfeitos que estão corretos, podemos proceder com o resto da análise. Normalmente, o próximo o seria de correr o programa “PARAMS” para calcular os parâmetros fitossociológicos para nosso levantamento. Batemos, então, PARAMS SAOJOSE, e produziremos um arquivo SAOJOSE.LST contendo os resultados dos cálculos dos parâmetros fitossociológicos. Para muitos estudos, os resultados obtidos até aqui seriam suficientes, fornecendo um resumo da área levantada e elementos para comparações entre nosso levantamento e outros levantamentos. No nosso caso, porém, queremos ainda investigar a variação dentro de nossa área e o efeito do gradiente altitudinal. Para analisar melhor este tipo de questão, podemos utilizar outros recursos do FITOPAC. Em primeiro lugar, as parcelas do levantamento podem ser distribuidas em blocos, correspondendo a faixas altitudinais - por ex. bloco 1 contém todas as parcelas entre altitudes de 100 a 200 m. - e estes blocos podem ser analisados individualmente utilizando as facilidades para sub-análises no programa “PARAMS”, ainda com nosso arquivo SAOJOSE.FPD, especificando quais parcelas pertencem a cada bloco, sem a necessidade de criar arquivos novos para cada bloco. Assim, podemos realizar uma análise direta do gradiente, e comparar os parâmetros fitossociológicos de cada faixa altitudinal. Com isso, teríamos uma boa visão do grau e tipo de mudança que ocorre com altitude. Em segundo lugar, podemos aplicar métodos de ordenação e classificação, utilizando os programas “ORD”, para análise de componentes principais, e “CLUSTER” para análise de agrupamentos. Estes métodos exigem uma matriz de amostras x espécies que é criado por uso do programa “CRIAMAT”, que fornece diversas opções de tipo de matriz, transformações dos dados e eliminação de espécies raras, amostras aberrantes, etc. Batendo CRIAMAT SAOJOSE e indicando nossos opções, produzirá um novo arquivo

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FITOPAC 1 SAOJOSE.FPM que contém a matriz com as transformações e modificações selecionadas. Repare, de novo, que não precisamos especificar extensões, e o próprio programa cria os nomes e arquivos necessários. Em seguida podemos correr uma análise de componentes principais, batendo ORD SAOJOSE, e os resultados serão colocados no arquivo SAOJOSE.LST. Este tipo de ordenação é uma técnica extremamente poderosa para detecção e descrição de gradientes ambientais. Se queremos produzir uma classificação das parcelas, formando grupos contendo parcelas que são semelhantes entre si, podemos usar análise de agrupamentos. Neste caso, precisamos criar, primeiro, um arquivo de coeficientes de similaridade ou distâncias, que indiquem o grau de semelhança entre as amostras. Este arquivo é produzido pelo uso do programa “COEF”, batendo COEF SAOJOSE, que vai resultar num arquivo SAOJOSE.FPC contendo os coeficientes selecionados. Após disso, batendo CLUSTER SAOJOSE fornece os resultados desta análise no arquivo SAOJOSE.LST. Assim, podemos analisar nossos dados de diferentes maneiras, extraindo diferentes tipos de informações e formando uma visão mais completa da variação dentro de nosso levantamento. Além das análises fornecidas por FITOPAC, é possível utilizar os dados da matriz de amostras x espécies no arquivo SAOJOSE.FPM com outros pacotes estatísticos ou ecológicos. O programa “MATRIZ” permite “traduzir” o arquivo FITOPAC nos formatos usados por pacotes como “SYSTAT”, NT-SYS e os programas “DECORANA” e “TWINSPAN” de Hill (Hill, 19??), entre outros. Dessa maneira, é possível fazer praticamente qualquer tipo de análise multivariada ou outro tipo de análise estatístico, mesmo que não seja incluída no próprio FITOPAC.

É no. da família 1 Anacardiaceae 2 Bombacaceae 3 Compositae 4 Myrtaceae 5 Ulmaceae 6 Desconhecida 7 Morta 999 ï final das famílias 1 1 Anacardium occidentalis 2 3 Bellis perennis 3 2 Eriotheca sp. 4 4 Myrcia lingua 5 4 Myrcia sp1 6 4 Myrcia sp2 7 4 Myrcia sp3 8 2 Pseudobombax sp. 9 5 Trema micrantha 10 6 Desconhecida 1 11 6 Desconhecida 2 12 7 Morta Ç no. da família Çno. da espécie

Fig. 1.2. Exemplo de um arquivo de nomes - SAOJOSE.NMS. (Você não bate as partes em itálico !)

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Utilizando FITOPAC

É no. da primeira parcela 1 1 34.5 5.5 12 2 10.7 7 5 3 40 12.5 10 4 110 30.5 1 5 33.5 5 3 2a ï no. da segunda parcela 6 5.5 3 6 7 25 8 8 8 55.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 2b ï no. da terceira parcela 13 40 18 7 14 5 + 6+8.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22.0 15 4 16 120 35.5 8 ï último indivíduo    Ç no. da espécie      Ç--- altura    Ç--- perímetro/diâmetro  Ç--- no. do indivíduo

Fig. 1.3. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas - SAOJOSE.DAD. (Você não bate as partes em itálico !)

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FITOPAC 1

É no. de ponto 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 4 4 4 4

1 3.3 34.5 5.5 12 2 1.5 10.7 7 5 3 0.6 40 12.5 10 4 3.77 110 30.5 1 5 0.15 33.5 5 3 6 2.2 5.5 3 6 7 2.3 25 8 8 8 6.7 55.5 15 9 9 4.6 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 7.2 44 16 6 11 2.3 22 6 11 12 0.1 10 4 4 13 5.2 40 18 7 14 1.9 5 + 6+8.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 4.3 22.0 15 4 16 2.5 120 35.5 8 ï último indivíduo Ç no. da espécie        Ç--- altura      Ç--- perímetro/diâmetro    Ç--- distância  Ç--- no. do indivíduo

Fig. 1.4. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando quadrantes - SAOJOSE.DAD. (Você não bate as partes em itálico !)

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Utilizando FITOPAC

É no. da primeira parcela 1 1 34.5 5.5 12 2 10.7 7 5 3 40 12.5 10 4 110 30.5 1 5 33.5 5 3 t ï repare no “t” Esta e parcela 2a ï no. da segunda parcela com espaços 6 5.5 3 6 7 25 8 8 8 55.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 t ï repare no “t” Esta e parcela 2b ï no. da terceira parcela com espaços 13 40 18 7 14 5 + 6+8.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22.0 15 4 16 120 35.5 8 ï último indivíduo    Ç no. da espécie      Ç--- altura    Ç--- perímetro/diâmetro  Ç--- no. do indivíduo

Fig. 1.5. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas e nomes com espaços para as parcelas - SAOJOSE.DAD. (Você não bate as partes em itálico !)

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UTILIZANDO FITOPAC O FITOPAC é interativo, com um interface comum para todos os programas e pode ser usado em computadores com disco rígido ou em sistemas com somente discos tipo flexíveis (“floppy”). Em geral, é muito mais fácil usar os programas quando estão instalados no disco rígido e seus dados podem estar acomodados no próprio disco rígido ou num disquete flexível. Embora cada programa é independente, todos tem o mesmo estilo de interface e utilizam os mesmos tipos de comandos, menus, etc. Portanto, uma vez que você aprenda utilizar os comandos básicos, estes servem para qualquer uma dos programas. Este capítulo descreve a maneira em que você interage com os programas, descrevendo os comandos e características que são comuns a todos os programas, ou que são comuns a diversos deles.

Usando os programas.

com disco flexível("floppy") Com 2 drives “floppy” - coloque o disquete de programas no drive “A” e o disquete com seus dados no drive “B”. Normalmente, é mais conveniente trabalhar com drive “B” ativo, portanto, se a tela mostra “A>“, bate “B:”, e a tela deve ar a mostrar “B>“. O programa é chamado, batendo “A:Nome_do_programa”, e dai em diante todos os arquivos são lidos ou criados no disco em drive B.

com disco rígido No caso de um sistema com disco rígido, você pode usar drive “A” (floppy) para os arquivos de dados ou criar um subdirectório para os dados. Este último será necessário no caso de levantamentos grandes onde os dados não cabem num disquete. Se você especifique a rota “PATH C:\FITOPAC”, pode usar os programas a partir do drive “A” ou qualquer subdirectório no disco rígido, batendo somente o nome do programa. Alternativamente, você pode usar o programa a partir do subdirectório onde está instalada e especificar onde vai buscar os arquivos de dados via o comando “Rotas” ou pelo linha de comando - veja a seção “Rotas, diretórios e configuração” para mais detalhes.

Uso de arquivos em FITOPAC.

Arquivos de dados FITOPAC utiliza três formatos especiais para arquivos de dados. O primeiro é para dados de campo, consistindo de uma lista das observações dos indivíduos encontrados no levantamento, junto com a parcela ou ponto onde o indivíduo foi encontrado. FITOPAC utiliza a extensão “FPD” (FitoPac-Dados) para estes arquivos. Normalmente, este será o primeiro arquivo a ser preparado, utilizando o programa PREPARE. Arquivos FPD são o ponto de partida para todos os outros programas em FITOPAC. Arquivos do tipo “FPD” são usados pelos programas “CRIAMAT”, “PARAMS” e “CADERNO”. O segundo tipo de arquivo é utilizado para matrizes de dados, geralmente na forma de matrizes de parcelas x espécies, onde as linhas da matriz representam as amostras, e as colunas as espécies. Este tipo de arquivo tem a extensão “FPM” (FitoPac-Matriz) e são preparadas de um arquivo “FPD” usando o programa CRIAMAT. Arquivos deste tipo também podem ser usados para armazenar os resultados de análises - por ex. gravar os “scores” de uma PCA - que assim podem ser introduzidos em outros programas. Por exemplo, é possível fazer um Análise de Componentes Principais sobre uma matriz de dados de parcelas x espécies e depois usar a matriz de “scores” resultante para calcular distâncias ou outros coeficientes no programa “COEF”. Este tipo de arquivo é utilizado pelos programas “COEF” e “ORD”, e será necessário para outros programas na próxima versão. Este tipo de arquivo também é utilizado para armazenar dados que normalmente vem em forma de matriz - por ex. dados de análises de

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Utilizando FITOPAC solo ou outras variáveis ambientais. Estes dados podem ser entrados diretamente ou via uma planilha (veja o capítulo “Preparando Dados"). Arquivos de coeficientes de similaridade ou distâncias entre amostras ou espécies formam o terceiro tipo de arquivo, e tem a extensão “FPC” (FitoPac-Coeficientes). Estes arquivos são produzidos pelo programa “COEF” e, por enquanto, são utilizados somente pelos programas “CLUSTER” e “ORD”. A seqüência normal para análise de dados de um levantamento seria a preparação dos arquivos de dados numéricos e nomes, com extensões “DAD” e “NMS”, usando um editor de texto, e, em seguida, a criação de um arquivo “FPD” via o programa “PREPARE”. O calculo dos parâmetros fitossociológicos e listagem dos dados podem ser feitas a partir do arquivo “FPD”. Caso queira fazer uma PCA ou Análise de Agrupamentos, utilize “CRIAMAT” para criar um arquivo “FPM”. As relações entre os diferentes tipos de arquivo são mostrados na fig. ??. O uso destes extensões não é obrigatório, mas simplificará a utilização dos programas. Se você segue o esquema sugerido aqui, geralmente precisa entrar somente o nome do arquivo de dados e os programas criam, automaticamente, as extensões e outros arquivos necessários. A maioria dos programas utiliza um arquivo de entrada e um arquivo de saída. Em alguns casos, arquivos subsidiários podem ser necessários, especialmente em casos onde resultados de uma análise serão utilizados como entrada para uma outra análise. Nestes casos, os arquivos necessários são especificadas na descrição do programa. Os programas permitem especificar os arquivos a serem usados em duas maneiras : 1) Usando o comando “Arquivos” presente no menu principal de cada programa (mais fácil se você não conhece bem os programas). Neste caso, bate somente o nome do programa - por ex. PREPARE, e depois acione o comando “Arquivos”. Esta opção abre uma janela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saída. Geralmente é necessário bater somente o nome do arquivo de entrada e o programa cria automaticamente o arquivo de saída necessário. 2) pela linha de comando - se você é mais experiente e quer evitar a tela introdutória, bate o nome do arquivo a ser usado depois do nome do programa - por ex. PREPARE SAOJOSE. Não esquece de deixar um espaço entre os dois nomes. Na maioria dos programas, você pode especificar o arquivo de saída na linha de comando também, se não quiser o nome pré-fixado que o programa oferece - por ex. CLUSTER SAOJOSE SJ.LST utilizará o arquivo SAOJOSE.FPC como arquivo de entrada e SJ.LST como arquivo de saída de resultados. Note que neste exemplo, o arquivo de entrada não tem extensão pois usa a extensão padrão ("FPC") de um arquivo de coeficientes. Nas descrições mais detalhadas dos programas, os arquivos de entrada e saída são especificados. Onde o programa pode produzir uma listagem de resultados (por ex. ORD), você pode jogar os resultados diretamente para a impressora especificando “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída (ex. ORD SAOJOSE IMP). Se você não especifica saída para impressora, ou um outro arquivo, o programa grava os resultados num arquivo préfixado (geralmente o nome do arquivo de dados com a extensão “LST” - por ex. “SAOJOSE.LST"), que depois pode ser impresso. Esta última opção é interessante se você quer imprimir mais que uma cópia dos resultados - eu normalmente prefiro fazer duas cópias - uma para rabiscar e a outra para servir de cópia de “biblioteca”. Repare que arquivos “LST” de listagens geralmente são abertos de tal modo que novas listagens são anexadas ao arquivo, se este já foi criado, e não são gravadas em cima dos dados já existentes. Você pode, portanto, criar um único arquivo com todas as listagens das análises realizadas - a única limitação é o espaço disponível no disco. Precisa, porém, tomar cuidado que novas análises não são anexas a arquivos velhos - depois você não entende porque sua listagem da última análise não saiu ! Saiu, sim, mas está anexada no final do arquivo antigo.

Outros tipos de arquivos Além dos arquivos usados para armazenar dados, os programas do FITOPAC utilizam diversos outros tipos de arquivos :arquivos de ajuda - extensão “.HLP”, são arquivos contendo as informações para o sistema de ajuda. Não são essenciais para o funcionamento dos programas, mas o sistema de ajuda não fica disponível sem estes arquivos (veja a seção “sistema de ajuda"). arquivos de configuração - extensão “.CNF”, são arquivos que contém informações sobre a configuração atual dos programas (rotas, preferências de impressora, etc.), e que podem estar gravados em diversos diretórios (veja a seção “Rotas, diretórios e configuração). arquivos temporários - extensão “.TMP”, são criados por diversos programas para armazenar dados temporariamente enquanto estão trabalhando. Normalmente, o próprio programa apaga estes arquivos no final de processamento e você não deve vê-los, a não ser em casos onde processamento foi interrompido prematuramente. Neste caso, este tipo de arquivo pode ser removido, pois o programa não vai usar de novo.

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FITOPAC 1

Rotas, diretórios e configuração No caso de sistemas com disco rígido, os subdirectórios utilizados para os arquivos de dados e resultados podem ser determinados em diversas maneiras. No menu principal de todos os programas existe uma opção “Rotas”. Esta opção é utilizado para mudar os nomes dos subdirectórios onde o programa vai procurar os arquivos de dados ou gravar os arquivos de resultados, e ,quando selecionado, abre uma tela que permite modificar os nomes :Mudar rotas Rota para dados C:\FITOPAC\ Rota para resultados/listagens C:\FITOPAC\ Rota para arquivos temporarios C:\FITOPAC\

Nome de um diretorio/sub-diretorio (F3 para lista)

Na “Rota para dados” você pode especificar o subdirectório onde os arquivos de dados estão armazenados, enquanto a “Rota para resultados/listagens” especifica onde os arquivos de resultados e listagens serão mandados. Estes subdirectórios podem ser diferentes, mas note que todos os arquivos de dados usados devem estar no mesmo subdirectório. A “Rota para arquivos temporários” pode ser usada para determinar onde os programas que produzem arquivos temporários irão gravá-los. Normalmente não há necessidade de modificar este subdirectório pois os arquivos temporários devem ser apagados pelo próprio programa antes de terminar a análise. Se tiver um disco do tipo “RAMdrive”, porém, pode ser interessante especificar este disco para receber os arquivos temporários, aumentando a velocidade de processamento consideravelmente em alguns casos. É importante, porém, que exista espaço suficiente no disco “RAM” - se não, o programa vai parar com um erro. A outra maneira de especificar subdirectórios é via a linha de comando. Você pode colocar a rota antes do nome dos arquivo apropriado na linha de comando. É possível especificar os subdirectórios de entrada e saída por este mecanismo, mas não o de arquivos temporários. Pode, também, escolher rotas diferentes para entrado e saída, ou especificar somente uma das rotas. Se utilizar este método, é necessário especificar a rota dos arquivos de entrada e saída quando estes não estiveram no subdirectório especificado na configuração. Exemplos : -

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Utilizando FITOPAC supondo que a configuração esteja com C:\DADOS\ para a rota de entrada e saída, PARAMS SAOJOSE procurará os dados no C:\DADOS\ e vai gravar os resultados no mesmo subdirectório. PARAMS C:\OUTRO\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e vai gravar os resultados em C:\dados\. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\RESULT\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no subdirectório C:\result\. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\OUTROS\SAOJOSE procurará os dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no mesmo. Note que é necessário colocar a rota para entrada e saída neste caso. As rotas utilizadas por FITOPAC estão armazenadas em C:\ arquivos de configuração que tem a extensão “.CNF”. Você pode ter um arquivo de configuração em qualquer subdirectório e FITOPAC utilizará a configuração especificada no diretório ativo. Isso quer dizer que você pode manter configurações que são específicos para cada \FITOPAC subdirectório. Se você tiver seu disco rígido com os sub-diretórios “\FITOPAC”, “\CERRADOS” e “\MATAS”, como indicado na figura ao lado, contendo dados em “\cerrados” e “\matas”, pode colocar um arquivo de \CERRADOS configuração em cada um destes sub-diretórios, além de mais um no “\fitopac”. Você pode rodar FITOPAC a partir de qualquer um destes diretórios (desde que o seu dados “path” contém “\FITOPAC;” em algum lugar), e os programas vão utilizar a configuração “local” do subdiretório ativo. Por exemplo, em \matas, a rota de entrada \MATAS pode ser \matas e de saida \resultad, enquanto que em \cerrados a rota de entrada poderia ser \cerrados e de dados saida \cerrados também. Você pode gravar o arquivo de configuração usando a tecla F5 dentro de qualquer programa ou com o programa “CONFIG” Desta maneira, você pode agrupar seus dados em diversos subdiretórios no disco e ter uma configuração específica para cada agrupamento. Se não tiver um arquivo de configuração local, os programas utilizam automaticamente o arquivo present no subdiretório do FITOPAC, e na ausência deste, usam os valores “default” já embutidos no FITOPAC, procurando e gravando arquivos no sub-diretório que estava ativo quando o programa foi chamado.

Interagindo com os programas

Teclas especiais. FITOPAC utiliza algumas teclas que tem a mesma função em todos os programas. Estas teclas são :F1 - Ajuda. Você pode obter ajuda em quase qualquer ponto onde precisa responder a uma pergunta ou decidir entre diferentes opções, simplesmente apertando a tecla F1. F2 - Voltar à pergunta/menu anterior. Permite “mudar de idéia” e volta ao o anterior. Note que em alguns casos, por exemplo depois de processar uma análise completa, não é possível voltar às opções anteriores pois a análise ou transformação já está completa. F3 - Diretório. Esta tecla produz um diretório de arquivos ou uma listagem de variáveis ou observações, dependendo da parte do programa onde foi ativada. Se for numa situação onde o programa está pedindo variáveis ou observações, esta forma de diretório será produzido. Em situações onde um nome de arquivo é esperado, o programa sugere primeiro uma “mascara” para procurar arquivos. Esta segue as regras normais para DOS - por ex. *.* lista todos os arquivos, *.FPD todos com extensão “FPD”. 17

FITOPAC 1 F4 - Alterar a configuração da impressora e outros características do programa. Veja o capítulo do programa CONFIG para mais detalhes. F5 - Grava a configuração de rotas, impressora, etc. no arquivo FITOPAC.CNF no disco e este configuração será usada como o “default” até que seja modificada de novo. Ao apertar esta tecla, o programa vai perguntar em que sub-diretório você quer gravar a configuração. F10 -Sair do programa. Esta tecla permite que você abandone o processamento e para o programa, caso houve algum “desastre”, ou se por algum motivo, precisa parar neste ponto. Funciona somente em pontos onde o programa está esperando alguma resposta. Se você quer parar o programa no meio de algun cálculo, use Ctrl-Break (bate a tecla “Break” enquanto está segurando a tecla “Ctrl"). Esc - na maioria dos programas, esta tecla permite “escapar” de situações onde você não pode continuar e quer voltar ao menu principal ou anterior.

Menus Os programas utilizam menus extensamente para selecionar alguma opção. Dois tipos de menu são utilizados. Todos os programas apresentam um menu principal, onde as opções disponíveis são apresentadas na primeira linha da tela, e a opção desejada pode ser selecionada batendo a letra em maiuscula daquela opção, ou utilizando as teclas de seta ( ← e → ) para colocar o cursor em cima da opção e apertando a tecla <ENTER> para selecionar a opção. Este tipo de menu também é utilizado em diversos programas para escolher opções onde diversas operações podem ser realizadas, por exemplo manipulação de matrizes ou escolha de gráficos. O segundo tipo de menu é do tipo “drop down” e aparece dentro de uma janela na tela. Este tipo de menu é utilizado para escolher opções dentro de uma lista, por exemplo para escolher um entre diversos transformações de dados. A escolha de opções pode ser feito em duas maneiras. O mais simples é de usar as teclas de seta para cima e para baixa para mudar o cursor (a opção que aparece com fundo de cor diferente) até a opção que você deseja e apertar a tecla <ENTER>. Alternativamente, pode bater a letra ou número que aparece na frente da opção, e esta opção será selecionada diretamente, sem a necessidade de mudar o cursor e bater <ENTER>.

Telas e perguntas Em vários pontos, os programas precisam de informaçôes mais extensas e apresentam uma tela que funciona como uma espécie de “formulário” para ser preenchido. Diversos tipos de informações podem ser solicitados (por ex. o nome de um arquivo ou algum valor numérico) ou fazem perguntas para saber como proceder (por ex. quando encontram um erro). A informação solicitada pode ser de vários tipos, mas os programas utilizam 2 formatos de resposta. A maioria são do tipo onde um valor numérico, um nome ou uma frase deve ser entrado. Nestes casos, o programa frequentemente oferece uma resposta pré-fixada ("default value") que pode ser aceita inteiramente, parcialmente ou descartada. Neste caso, você pode responder em diferentes maneiras : a) se quer utilizar a resposta pré-fixada pelo programa (que aparece em vídeo inverso), simplesmente bate <ENTER>. b) se quer utilizar parte da resposta fornecida, utilize as teclas de seta à direita ou <END> para aceitar a resposta que então pode ser editada utilizando as teclas normais. c) se você quer dar uma resposta totalmente diferente, ou se não tem uma resposta pré-fixada pelo programa, começa batendo sua resposta diretamente e a resposta pré-fixada, se existe, será descartada. Note que sua resposta pode ser editada até o ponto em que você aperta <ENTER>. As teclas usadas para editar a resposta são as seguintes :

¤→ - um caractere à direita ¥- um caractere à esquerda £- uma linha para cima ¢ - uma linha para baixo 18

Utilizando FITOPAC

² - início da resposta ¶ - fim da resposta

µ

- apague o caractere na posição do cursor Backspace - apague o caractere antes do cursor

¦K- apague a resposta inteira

±

- ligar e desligar inserção. Quando inserção está ligado, aparece o sinal “INS” no topo da tela e qualquer coisa que você bate é inserida na posição do cursor. Se a inserção está desligada, o que você escreve será sobreposto, apagando texto existente na posição do cursor. O segundo tipo de pergunta que os programas apresentam ocorre onde existem somente 2 ou mais respostas préfixada do tipo “sim/não” ou “norte/sul”, etc. Nestes casos, uma das respostas possíveis aparece em vídeo inverso, e a resposta pode ser mudada apertando a tecla de espaço. Quando o valor apropriado está visível, pode ser selecionado batendo <ENTER> ou ->. Alternativamente, batendo a letra inicial da opção desejada seleciona aquela opção e coloca o cursor na próxima pergunta - por ex “s” para “sim” e “n” para “não”. Alguns programas (por ex. PREPARE e CRIAMAT) podem precisar de uma série mais extensa de dados e apresentam uma ou mais telas de perguntas. Nestes casos, as respostas às perguntas são dados da maneira descrita acima, mas algumas outras teclas ajudam “navegar” dentro da tela : Ctrl → Pula à próxima pergunta ou à direita Ctrl ← Pula à pergunta anterior ou à esquerda ↑ Pula para cima ↓ Pula para baixo PgDn Terminar, deixando modificadas somente as respostas já selecionadas até este ponto. Normalmente, você sai da tela após de responder à última pergunta, mas se todas as respostas pré-fixadas são satisfatórias, ou se só precisa modificar uma ou duas, pode utilizar a tecla PgDn para sair sem a necessidade de completar todas.

Especificando listas de variáveis e objetos Em vários pontos, os programas pedem que você especifique um ou mais variáveis ou objetos, por ex. para serem transformados, utilizados numa análise, etc., geralmente na forma de uma pergunta do tipo “Quais espécies”, ou algo parecido. Nestes casos, pode especificar os objetos ou variáveis batendo “t” para todos ou batendo os números dos objetos ou variáveis apropriados. Você pode selecionar uma lista de números batendo o primeiro e último número da lista, separados por um “-” - por ex. “23 - 35” selecionará todos os objetos/variáveis de 23 a 35 inclusivos. Itens individuais são especificados usando os números apropriados separados por espaços ou por vírgulas por ex. 1,3,5. Pode misturar ítens individuais e listas, em qualquer combinação por ex. 1,4,6-8, 23 - 55 66 77 98-100 seria aceitável. O uso de números freqüentemente é inconveniente e, como alternativa, pode utilizar a tecla F3 para chamar uma janela que mostra as variáveis ou objetos disponíveis. A seleção pode ser feita diretamente na janela, utilizando as seguintes teclas :enter - terminar seleção e continuar processamento Esc - abandonar seleção espaço - selecionar o ítem na atual posição do cursor . ou F6 - inicia ou termina a seleção de um bloco Home - vai até o primeiro item na tela End - vai até o último item na tela PgDn - próxima página PgUp - página anterior Ctrl + PgUp - vai até o início da lista Ctrl + PgDn - vai até o último item na lista Você pode selecionar uma mistura de itens individuais e listas de itens com o uso apropriada das teclas de seleção e seleção de blocos. 19

FITOPAC 1

Sistema de Ajuda Na maioria de lugares onde um programa pede alguma informação ou espera alguma ação, você pode pedir ajuda, apertando a tecla F1. Deve aparecer uma tela fornecendo uma explicação sucinta de que o programa espera neste ponto ou explicando as opções disponíveis. Este sistema de ajuda depende da presença dos arquivos de ajuda (com extensão “.HLP"), e se estes não foram localizados, uma mensagem aparece dizendo que ajuda não está disponível. Para sair da tela de ajuda, bate a tecla “Esc”.

Opções comuns a diversos programas Vários programas oferecem as mesmas opções, particularmente para modificação de dados e seleção de indivíduos. Estas opções são descritas aqui para evitar repetição das informações em cada programa.

especificando “filtros" Em programas que usam arquivos de dados do tipo “FPD”, por ex. PARAMS e CRIAMAT, existe uma opção que permite estabelecer um “filtro” , especificando como os dados serão lidos. Nestes programas, você pode incluir ou excluir indivíduos, de acordo com os limites de diâmetro/perímetro, altura, no. de amostra ou espécie que você determina com o uso do filtro. É possível estabelecer condições relativamente complexas, dependendo do conjunto de características escolhidas - por ex. todos os indivíduos de parcelas 1 - 10, 15 - 23, 31 e 33, com diâmetro máximo de 55 cm. e mínimo de 33 cm., com altura abaixo de 10 m e excluindo espécies 56 e 91. Desta maneira, se você tiver um levantamento por parcelas onde incluiu todos os indivíduos com diâmetros maiores que 5 cm. e depois quer analisar os dados incluindo somente os indivíduos com diâmetros maiores que 10 cm., você pode especificar dentro de PARAMS um filtro que aceita somente indivíduos com diâmetro mínimo de 10 cm. Correndo o programa com este filtro dará a análise desejada, sem a necessidade de rebater os dados ou alterar o arquivo de dados. Esta facilidade também é muito útil em casos onde você quer analisar blocos de amostras e não o levantamento inteiro. Neste caso, pode incluir ou excluir blocos de amostras, inclusive quando estas não são contíguas no arquivo de dados. Assim, é mais fácil manter os dados para levantamentos complexos dentro de um único arquivo “FPD” e correr as sub-análises necessários utilizando o filtro para especificar os limites para cada uma delas. Nos programas que utilizam filtros, existe o comando “Filtro” no menu principal que chama o menu de filtro onde você especifica os detalhes do filtro que quer aplicar :Incluir_amos Excluir_amos iNcluir_espe eXcluir_espe Diam./altura Continue Especificar AMOSTRAS para INCLUIR ------------------------------------------------------------------------

-----------------------------------------------------------------------F1 Ajuda; F3 Selecionar; F4 Impressora; F5 Gravar config; F10 Sair

INCLUIR_AMOS[TRAS] - selecionar amostras para serem incluídas na análise - conveniente quando você quer analisar somente um número pequeno de amostras. EXCLUIR_AMOS[TRAS] - selecionar amostras para serem excluídas da análise - mais conveniente quando você quer incluir a maioria das amostras e só excluir algumas. INCLUIR_ESPE[CIES] - selecionar espécies que serão incluídas na análise - útil quando você pretende analisar somente um número limitado de espécies. EXCLUIR_ESPE[CIES] - selecionar as espécies que serão excluídas na atual análise - por ex. se quiser retirar as “mortas” quando estas foram registrados no arquivo de dados.

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Utilizando FITOPAC DIAM/ALTUR - Este comando abre a tela de especificação de diâmetro e altura :Bate valores para maximo e minimo maximo Diam./Perim. 1000000 Altura

1000.00

minimo 0.0000 perim. cm 0.0000

Bate valor para maximo Diam./Perim. aceitavel..

Você pode então preencher os valores desejados para o máximo e mínimo para altura e diâmetro/perímetro, especificando como perímetro/diâmetro ou em centímetros/metros, de acordo com os valores selecionados nos respetivos “interruptores”. CONTINUE - voltar ao programa principal.

manipulando matrizes Os programas que utilizam matrizes de dados oferecem uma opção para modificação ou manipulação de matrizes. Este sempre aparece como a opção “Modificar” nos menus destes programas. Uma vez que o programa tem uma matriz de dados ativo, e esta opção é selecionada, aparece o menu de manipulação de dados :Mascarar Rest.Elim.Transform traNspor Planilha nOmes Adicionar Imprime Continue

Mascarar uma ou mais especies ou amostras

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Pode escolher qualquer opção. Note que o programa volta a esta tela após cada uma destas opções (exceto “Continue") e você pode utilizar diversas opções antes de voltar para o programa principal. É possível, portanto, aplicar uma série de operações na mesma matriz - por exemplo : mascarar algumas variáveis, depois transformar as variáveis não-mascaradas, editar os nomes das variáveis e utilizar a planilha para fazer correções. Seguem descrições das funções de cada opção :MASCARAR - permite “mascarar” temporariamente uma ou mais colunas (normalmente espécies ou variáveis) ou linhas da matriz. Colunas ou linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente, mas não são gravadas ou transformadas enquanto mascaradas. Este opção é muito útil quando você precisa produzir diversas versões de uma matriz com diferentes combinações de variáveis ou amostras, sem a necessidade de recarregar a matriz completa cada vez, pois as colunas e linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente, e podem ser recuperadas utilizando a opção “Rest”. Quando você seleciona esta opção, o programa solicita uma lista de colunas a serem mascaradas. Bate os números das colunas, ou use a tecla F3 para uma lista das colunas. Note que linhas mascaradas também não serão transformadas ou gravadas - é preciso ter cuidado com esta opção quando você utilize transformações ! REST[AURAR] - Permite restaurar colunas ou linhas previamente mascaradas. Note que todas as colunas ou linhas que estavam mascaradas serão restauradas.

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FITOPAC 1 ELIM[INAR] - Elimina permanentemente linhas ou colunas. Funciona da mesma maneira que o comando de mascarar, mas os itens eliminados não podem ser restaurados. TRANSFORMAR - Permite transformar qualquer combinação de colunas ou linhas da matriz, utilizando diversas transformações. Veja a seção “Transformando dados” na parte geral do manual para uma descrição mais completa do uso de transformações. TRANSPOR - Este comando pode ser utilizado para transpor a matriz (tornar as colunas linhas e as linhas colunas). É necessário quando pretende, por ex., criar uma matriz de coeficientes de semelhança entre as variáveis. NOMES - Com esta opção, você pode alterar ou editar os nomes das colunas ou linhas. Quando seleciona esta opção, você virá abrir uma janela com os nomes das colunas ou linhas da matriz, um por linha. Utilize as teclas de seta, PgUp, PgDn, etc. para colocar o cursor no nome que você quer alterar e aperte a tecla “ENTER” - o nome então é colocada numa janela de edição, e pode altera-lo utilizando as teclas normais de edição. Quando termina a edição, aperte “ENTER” e o programa volta à lista de nomes de colunas ou linhas. Terminando as modificações, aperte a tecla “ESC” para voltar ao menu de manipulação de dados. PLANILHA - Chama a planilha, permitindo que você inspeciona, corrige, ou manipula os dados. Esta opção é muito útil para confirmar que uma “importação” de uma matriz funcionou corretamente, e normalmente você sempre deve utiliza-la, cada vez que importa dados de um arquivo que não esteja no formato FITOPAC. A planilha permite uma série de outras operações que são descritas mais detalhadamente na seção “Usando a planilha” . ADICIONAR - Esta opção permite a fusão de duas matrizes, fornecendo um mecanismo para criar matrizes que combinam dados de diferentes tipos, ou de diferentes lotes. Por ex., você pode querer acrescentar dados sobre composição de solo, que estão num arquivo já existente, a um outro arquivo de dados de vegetação já produzido pelo programa CRIAMAT. Para fundir as duas matrizes, carregue primeiro a matriz de dados de vegetação e depois utilize esta opção para acrescentar os dados de solo, produzindo um arquivo final que contém uma matriz com ambos os conjuntos de dados. Quando você seleciona esta opção, o programa pergunta o nome do arquivo contendo a segunda matriz. Este arquivo tem que ser um arquivo em formato FITOPAC. Depois, aparece um menu perguntando que tipo de fusão você quer : A - lado ao lado B - cabeça - cauda

No primeiro caso, as duas matrizes contém colunas (variáveis) diferentes e a matriz final terá um número de colunas igual à soma das colunas das duas matrizes originais, i.e. matriz 1 1111 1111

matriz 2 2222 2222

matriz final 11112222 11112222

Na segunda alternativa, supõe-se que as colunas são iguais e que a segunda matriz representa um acréscimo no número de linhas na matriz final (amostras adicionais), i.e. matriz 1 1111 1111

matriz 2 2222 2222

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matriz final 1111 1111 2222 2222

Utilizando FITOPAC Assim, você pode ampliar uma matriz de uma maneira bastante flexível. Caso você queira acrescentar poucos dados e prefere entrá-los diretamente, uma alternativa é de utilizar a planilha e as facilidades que esta tem para acrescentar linhas ou colunas individuais. É importante notar que no caso de fusão “lado ao lado”, o número de linhas nas duas matrizes deve ser igual. Se não estiver, o programa avisa e preenche as linhas vazias da matriz menor com “dados faltando”, mas você deve ser muito cauteloso no uso da matriz resultante. Que tipo de análise você pretende fazer com estes dados ? As matrizes realmente podem ter números diferentes de linhas ? Não ocorreu algum tipo de erro ? O programa também avisa se os nomes das linhas não são iguais. No caso de fusão “cabeça - cauda”, o número de colunas nas duas matrizes deve ser igual. De novo, o programa avisa se há qualquer diferença em número de colunas ou diferenças nos nomes das colunas. As colunas vazias da matriz menor serão preenchidas com “valor faltando”. As mesmas observações valem para este caso. Caso haja qualquer diferença em nomes de colunas ou linhas, os nomes utilizados na matriz final são os nomes do primeiro arquivo. IMPRIME - Imprime a matriz ou diretamente na impressora ou dentro de um arquivo que pode ser impresso mais tarde. Quando seleciona esta opção, o programa perguntará o nome do arquivo para a impressão da matriz. O nome preestabelecido pelo programa é o nome do arquivo de entrada com a extensão “LST”. Se você quer mandar a impressão para um arquivo, e o nome sugerido é satisfatório, só precisa usar a tecla “ENTER”, e a matriz vai ser “impressa” no arquivo. Mais tarde, pode imprimir na impressora utilizando os comandos normais do DOS como “PRINT” ou “COPY”. Se não quiser usar este nome, bate outro, ou altera o nome; se quiser mandar diretamente para a impressora, bate “PRN” em vez do nome do arquivo. CONTINUE - deixar o módulo de modificação de matriz e voltar ao programa principal.

Usando a planilha A planilha fornecida no FITOPAC é bastante rudimentar - não é comparável com “Lotus 123” ou “Quattro” - mas permite uma série de operações simples além de entrada e inspeção da matriz. Se você precisa de manipulações mais sofisticados, pode utilizar os recursos de exportação do programa “MATRIZ” para transferir seus dados a uma planilha comercial, manipulá-los e importá-los de novo. A planilha permite :• • • • • • • •

Inspecionar a matriz Entrar e corrigir dados Mascarar/eliminar linhas/colunas Transformar linhas/colunas Ordenar a matriz usando uma coluna como chave de ordenação Ordenar a matriz utilizando nomes das linhas como chave Adicionar linhas/colunas Inserir linhas/colunas

A planilha não possui facilidades para o uso de formulas. Quando chama a planilha, verá na tela uma representação da matriz semelhante àquela na fig. ??. Os nomes das colunas estão na primeira linha da tela e os nomes das linhas na primeira coluna. Os nomes das colunas podem ser truncados se estão compridos e as colunas estreitas. Se quiser, pode mostrar o nome completo ampliando a largura da coluna, utilizando o menu de comandos, mas o número de colunas visíveis na tela será reduzido.

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FITOPAC 1

1a 1b 1d 2c 2b 4d 5b 5c 5d 5e 6c 7c

pHCaCl4.000 4.400 4.200 4.400 4.200 4.300 4.200 4.200 4.300 4.400 4.100 4.200

M.O. -0 1.700 0.900 1.100 1.100 4.200 4.400 3.800 3.100 2.800 2.600 3.600 4.000

P -0 2.800 2.800 3.100 5.800 3.800 5.400 2.400 2.800 1.800 1.800 2.800 3.100

K -0 0.230 0.290 0.290 0.270 0.290 0.350 0.230 0.200 0.250 0.240 0.010 0.240

Ca -0 0.400 0.700 1.600 2.700 0.500 1.400 0.600 0.500 0.600 0.100 0.400 1.500

Mg -0 0.100 0.100 0.600 0.700 0.300 0.800 0.100 0.200 0.100 0.100 0.100 0.600

Fig.1.6 exemplo da tela da planilha O resto da tela contém células com os valores numéricos da matriz, com uma destas células contendo o cursor, representado por caracteres com cores invertidos na tela. Note que a posição do cursor também é indicada por uma mudança na cor dos nomes da linha e coluna correspondentes. Qualquer ação de edição ou alteração de conteúdo da matriz ocorre na célula ativa indicada pelo cursor. Para alterar algum dado, portanto, você precisa posicionar o cursor em cima da célula desejada e só depois começar a editar o valor. Os comandos utilizados pela planilha são semelhantes aqueles das planilhas comerciais, mas existem algumas diferenças no efeito de algumas teclas. As teclas usadas são os seguintes :↑ ↓ ← → as teclas de seta mudam a posição do cursor, que marca a célula atualmente ativa, na direção indicada. Ctrl → e Ctrl ← mudam uma tela para direta e esquerda respetivamente. PgUp e PgDn mudam uma tela para cima e para baixo respetivamente. Ctrl PgUp e Ctrl PgDn mudam o cursor até a primeira ou última linha da matriz respetivamente. Home muda o cursor até o início da linha na tela End muda o cursor até o fim da linha na tela Ctrl Home muda o cursor para o início da linha da matriz Ctrl End muda o cursor para o fim da linha da matriz + − 0..9 começa entrar um número na célula ativa, eliminando o valor atualmente presente. Enter abre uma janela de edição que permite editar o valor presente na célula ativa, sem apagá-lo completamente. ? entra “valor faltando” na célula ativa. / chama o menu de outros comandos disponíveis na planilha. Esc saia da planilha e volta ao menu de manipulação de dados. Os outros recursos da planilha são acionados pelo uso da tecla “/”, como em Lotus 123, etc. Quando aperta esta tecla, aparece um menu oferecendo várias opções:A - Colunas B - Linhas C - Largura das colunas D - No. de decimais E - Ordenar matriz F - Ordenar matriz por nome de amostra

Colunas e Linhas ativam outros menus que permitem operações com a coluna ou linha atualmente ativa (veja abaixo). Largura das colunas altera a largura das colunas na tela, se você precisa ver dados numéricos com mais precisão, ou quer ver os nomes das colunas, caso sejam muito compridos. Porém, se você utilize uma largura de coluna muito grande, vão caber poucas colunas na tela. No. de decimais permite controlar o número de casas decimais mostradas na tela. Ao selecionar esta opção, o programa perguntará quantas casas decimais você quer utilizar. Note que esta opção não afeta a acuracia de armazenamento dos dados que continua inalterada. 24

Utilizando FITOPAC Ordenar matriz permite ordenar as linhas da matriz de acordo com os valores contidos na coluna ativa, em ordem ascendente ou descendente. Ao selecionar esta opção, o programa vai perguntar qual coluna deve ser usada como a chave secundária. A chave primária é a coluna atualmente ativa (onde o cursor está localizado) e é a coluna usada para fazer a ordenação básica enquanto a chave secundária serve para ordenar quando tem valores iguais na chave primária. Ordenar matriz por nome de amostra permite ordenar a matriz utilizando os nomes das amostras como chave para ordenação. Esta opção pode ser útil quando você tem duas matrizes com as amostras em ordens diferentes e quer juntá-las para criar uma única matriz. Neste caso, ordenando ambas pelos nomes das amostras assegura que as amostras estão nas linhas correspondentes das duas matrizes antes de tentar juntá-las. Quando você seleciona as opções de operações com linhas e colunas, verá um menu suplementar mostrando as operações que podem ser feitas com linhas e colunas individuais. Estas são :A - Adicionar B - Inserir C - Mascarar D - Eliminar E - Transformar F - Aterar nome

ADICIONAR - adiciona mais uma linha/coluna no final da planilha i.e após a última linha/coluna na planilha. Permite o acerescimo de uma linha/coluna à matriz quando você precisa adicionar mais dados. INSERIR - insere uma linha/coluna imediatamente antes (à esquerda ou acima) da célula ativa indicada pelo cursor. Portanto, pode inserir linhas/colunas no meio da planilha. MASCARAR - permite mascarar a linha/coluna ativa. Esta linha/coluna não será gravada/impressa, etc., mas ainda está presente na matriz e pode ser desmascarada utilizando as facilidades do menu de manipulação da matriz. ELIMINAR - elimina a linha/coluna da matriz. Não pode ser recuperada posteriormente - use com cautela ! TRANSFORMAR - aplica uma transformação à linha/coluna selecionada, utilizando o conjunto padrão de transformações (veja a seção “transformações"). ALTERAR NOME - permite modificar o nome da linha/coluna, abrindo uma janela de edição.

Transformações Ao selecionar a opção “transformações” dentro do menu de manipulação de matrizes, o programa vai abrir um novo menu de transformações :-

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FITOPAC 1

Direçao Selecione tIpo Transforme Continue transformar por coluna ou por linha ------------------------------------------------------------no. de parcelas : 40 [0] no. de variaveis : 39 [0] Tipo de transformaçao : nenhuma Direçao

: Coluna

No. de itens selecion.: 0 Sanata Genebra survey soil data set. 39 soil variables for 40 samples, each with 3 levels : 0-20 cm, 40-60 cm and 80-100 cm. -----------------------------------------------------------------F1 Ajuda; F3 Selecionar; F4 Impressora; F5 Gravar config; F10 Sair

DIREÇAO - indique a direção de transformação - por coluna ou por linha. Para transformações como logaritmo, etc., a direção de transformação é indiferente, mais para outros como estandardização é de vital importância. SELECIONE - selecionar as colunas ou linhas a serem transformadas - depende da resposta ao item anterior. TIPO - escolhe o tipo de transformação a ser aplicada. Abre um menu oferecendo diversos tipos de transformação :Transformaçoes simples A - reciproco [1/x] B - quadrado [x²] C - raiz quadrado [√x] D - raiz quadrado + constante [√(x + c)] E - logaritmo natural [ln(x)] F - logaritmo natural + constante[ln(x + c)] G - logaritmo comun [log(x)] H - logaritmo comun + constante [log(x + c)] I - arcoseno [arcsen¹(x/Σx)] J - subtrair um constante [x - c] K - multiplicar por um constante [x * c] L - estandardizar [(x - xmed)/d.p.x] M - centrar [x - xmed.] N - proporçao [x/Σx] O - “ranging” [x - xmin/(xmax-xmin)] P - dividir pelo desvio padrao [x/d.p.x] Q - dividir pelo valor maximo [x/xmax] R - subtrair o valor minimo [x - xmin] S - centragem duplo T - repor valor faltando com media U - converter em presencia/ausencia

As definições das transformações podem ser encontradas na seção “Notas técnicas”, no final deste capítulo.

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Utilizando FITOPAC TRANSFORME - transformar as linhas/colunas selecionadas com a transformação escolhida. Repare que precisa acionar este comando para realizar as transformações ! CONTINUE - voltar ao menu anterior (modificação de matriz) Quando a tela de transformações é acionada, o programa se mantém neste modo até que você selecione o comando continue. Isso permite a aplicação de diversas transformações na mesma matriz de dados. É possível aplicar uma série de transformações em seqüência no mesmo grupo de variáveis, ou aplicar diferentes transformações em diferentes grupos de variáveis ou em variáveis individuais, permitindo um alto grau de flexibilidade na aplicação das transformações. FITOPAC não tem facilidades para combinação de variáveis ou cálculo de fórmulas (Se você precisa, pode usar uma planilha e depois importar os dados). Não é possível discutir a aplicação e propriedades de cada tipo de transformação aqui - se você tem dúvidas, consulte Grieg-Smith (1983) ou Legendre & Legendre (1983). No caso de arquivos de dados binários, a única transformação disponível é de transformar a matriz para uma matriz de dados quantitativos. Esta transformação não é usada com muito freqüência e normalmente seria utilizado quando você quer combinar matrizes contendo dados quantitativos e binários. Note que a matriz resultante precisa obedecer os limites para número de colunas para uma matriz quantitativo, pois, depois desta transformação, será armazenada na forma de números reais.

Impressão de Gráficos Diversos programas no pacote produzem gráficos na tela - por ex. diagramas de dispersão, etc. Estes podem ser impressos, mais ou menos na forma vista na tela, se você tem uma impressora que tem um modo gráfico equivalente ao modo gráfico densidade dupla das impressoras “Epson”, e que utiliza os códigos de comando de “Epson” (por ex. impressoras “Rima"). Se sua impressora não produz gráficos, ou não usa códigos “Epson”, na maioria dos casos existe uma opção para produzir um gráfico alternativo utilizando somente os caracteres normais da impressora, e que deve funcionar em praticamente qualquer impressora. Quando um gráfico é apresentado na tela, os programas esperem até que você bate uma tecla para continuar. Se você bate Ctrl-P (segure a tecla “Ctrl, e bate um “P"), a imagem na tela é mandada para a impressora. Note que a impressora tem que estar ligada, e com papel, antes de mandar imprimir o gráfico. Note, também, que a imagem é mandada diretamente para a impressora e não para um arquivo. Se quiser mandar a imagem para um arquivo (por ex. no caso de querer várias cópias), existem alguns programas utilitários que interceptam listagens para a impressora e armazenam os dados num arquivo. No caso de ter problemas com esta facilidade, verifique no manual se a sua impressora pode utilizar o código Esc 'L' n1 n2 (onde n1 e n2 indiquem quantos bytes de caracteres gráficos vão seguir). Se não pode utilizar este código, não será possível usar este método de imprimir gráficos. Como não tenho o a muitos tipos de impressora, não posso verificar quais impressoras funcionam, e oferecer uma série de opções.

Modificando símbolos em gráficos de dispersão. Em programas que mostram gráficos de dispersão (PARAMS, ORD), existe esta opção que permite alterar os símbolos utilizados no gráfico em diversas maneiras. Pelo uso dos comandos nesta opção, você pode alterar o tamanho, cor e tipo de símbolo usado. Os símbolos podem ser alterados de duas maneiras - 1) símbolos fixos, que podem ser especificados junto com sua cor e tamanho, e que são iguais para todos os pontos e 2) símbolos variáveis, com cada ponto é diferente dos outros, onde o símbolo usado, sua cor e tamanho podem ser controlados de acordo com uma (ou mais) variáveis fornecidos à partir de um arquivo do tipo “FPM”. Esta última opção permite a produção de gráficos mais sofisticados, onde diferentes grupos podem ser destacados ou uma terceira variável pode ser sobreposta, na forma de tamanho de símbolo. Ao escolher esta opção, abre uma tela :Arquivo Variável Símbolos cOres Tamanho fiXo Continue

O comando “Variável” fica disponível somente depois de escolher um arquivo, e os comandos “Símbolos” e “cOres” depois de escolher uma variável.

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FITOPAC 1 ARQUIVO - escolhe um arquivo “FPM” que contem dados que você deseja representar no diagrama de dispersão atualmente ativo. Repare que o número de linhas neste arquivo deve ser idêntico ao número de pontos no gráfico - i.e. deve ter uma linha para cada ponto. Caso contrário, o programa dará uma mensagem de erro e não vai aceitar o uso do arquivo escolhido. O arquivo pode conter 1 ou mais variáveis que contem informações suplementares ou complementares aos dados usados para produzir o gráfico. VARIAVEL - escolhe uma variável do arquivo que será representada no gráfico na forma de símbolos diferentes, cores diferentes ou qualquer combinação dos três. Você pode escolher uma variável, utilizá-la para modificar por ex. os símbolos e depois voltar e escolher uma outra variável para controlar a cor ou tamanho dos símbolos. As diferentes variáveis podem, inclusive, vir de diferentes arquivos, escolhidos utilizando o comando anterior. SIMBOLOS - utilize símbolos diferentes para os pontos de acordo com o valor na variável escolhida no comando anterior. Normalmente, esta opção deve ser utilizado com variáveis que representam valores inteiros - por exemplo uma variável que representa o grupo ao qual o ponto pertence após uma análise de agrupamento (um arquivo deste tipo pode ser produzido no programa “CLUSTER”). Este tipo de gráfico é particularmente útil em ordenação quando se deseja comparar os resultados de uma ordenação com os resultados de uma análise de agrupamento. Os símbolos usados são aplicados na ordem - ¡,o,∆,,∇,u,+,× -i.e. grupo 1 será representado pelo símbolo “¡“, grupo 2 por “o“, etc. Quando chega em grupo 8, o ciclo começa a repetir, dando a seguinte seqüência :-

símbolo ¡ o ∆ ∇ u + ×

grupos 1,8,15,.... 2,9,16,... 3,10,17,.. 4,11,18,... 5,12,19,... 6,13,20,... 7,14,21,...

Se você aplica uma variável continua, o programa vai truncar o valor e tratar a parte inteira do número como um número inteiro - por ex. 4,32 vira 4 e 10,99 vira 10. Em geral, não recomendo o uso de variáveis continuas aqui (tamanho de símbolo é mais apropriado - veja abaixo), mas de vez em quando pode ser útil. CORES - esta opção tem um efeito semelhante ao anterior, mas neste caso muda a cor do símbolo. É disponível somente com adaptadores de vídeo do tipo EGA ou VGA. De novo, normalmente deve utilizar uma variável que contem somente números inteiros, e, de uma maneira semelhante aos símbolos, as cores são aplicadas de uma maneira cíclica, mas neste caso com 8 cores disponíveis. A alocação das cores segue a seguinte padrão :-

cor azul claro verde claro ciano claro vermelho claro magenta clara amarelo branco marrom

grupos 1,9,17,... 2,10,18... 3,11,19,... 4,12,20,... 5,13,21,... 6,14,22,... 7,15,23,... 8,16,24,...

Variáveis contínuas são tratadas da mesma maneira. No caso de ter grupos numerosos, a repetição dos símbolos ou cores pode resultar em confusão pois o mesmo símbolo ou cor seriam utilizados em mais que um grupo. Para evitar esta situação, você pode aplicar símbolos e cores ao mesmo tempo, de tal maneira que grupo no. 8 vai repetir o mesmo símbolo usado para grupo 1, mas com outra cor. Assim, é possível diferenciar até 56 grupos diferentes antes de começar a repetir as combinações de símbolo e cor. Repare, portem, que as

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Utilizando FITOPAC cores serão perdidas quando a tela é impressa utilizando Ctrl-P. Na prática, gráficos com muitos grupos logo ficam muito confusos, e difíceis de interpretar, e não recomendo que você tenta mostrar tantas informações no mesmo gráfico. TAMANHO - este comando utiliza a variável escolhida para determinar o tamanho do símbolo do ponto correspondente. Esta opção é melhor para variáveis contínuas, embora também pode ser usada com variáveis inteiras. Quando se aplica este comando, o programa divide a variável em 10 faixas iguais e utiliza um tamanho de símbolo diferente para cada faixa. FIXO - Este comando permite escolha de símbolo, cor e tamanho e aplica uma combinação fixa para todos os pontos. Pode ser utilizada para mudar o padrão pré-fixada do programa, caso você não gosta deste, ou para restaurar o padrão normal depois de aplicar uma das opções anteriores. Você pode utilizar estes comandos para produzir gráficos relativamente complexos. Por ex., pode utilizar símbolos, cores e tamanhos simultaneamente, com três variáveis diferentes, vindo de três arquivos diferentes. Desta maneira, dentro de uma ordenação utilizando PCA, seria possível produzir um gráfico de dispersão onde os dois eixos representam os primeiros dois componentes, os símbolos representam os grupos obtidos com uma análise de agrupamento (por ex. média de grupo), as cores representam os grupos obtidos com uma segunda análise de agrupamento (por ex. ligação completa) e o tamanho dos símbolos representa os escores dos indivíduos no terceiro eixo. Em geral, não recomendo gráficos complexos deste tipo porque sua interpretação é muito difícil, mas, às vezes, esta versatilidade pode ser útil, desde que você não exagera !

Levantamentos grandes. FITOPAC pode ser utilizado para levantamentos de vários tamanhos, e deve ser adequado para a maioria de estudos práticos. No caso de levantamentos mais extensas ou mais complexas, porém, algumas “dicas” ajudam :1) Quando você vai ter uma série de levantamentos dentro de uma mesma área, com diversas amostras com composições semelhantes, é mais facil criar um único arquivo de nomes para todos os levantamentos da área. Desta maneira, qualquer mudanças em identificações, etc. precisam ser feitas somente uma vez, e o sistema de numeração das espécies e famílias é uniforme, permitindo combinar arquivos sem problemas. Como um arquivo de nomes pode conter até 1000 espécies, um único arquivo de nomes pode servir para uma ampla série de levantamentos, embora o número de espécies aceitável para um dado levantamento é limitado (no momento, 1000 espécies para PARAMS e 250 espécies para programas que usam uma matriz de parceles x espécies). 2) Pode criar arquivos de dados separados para cada levantamento e depois combiná-los, caso precisa fazer um resumo da área inteira, desde que eles utilizam o mesmo arquivo de nomes e a mesma numeração das espécies. Embora os programas não utilizam diretamente a numeração das parcelas ou pontos que você indica, e aceitam tranqüilamente duas ou mais parcelas ou pontos no. 1, etc., fica difícil distinguir várias parcelas com a mesma numeração nas listagens. Portanto, sugere-se que seja dada uma numeração do tipo A1, A2, B1, B2, ou algo semelhante, onde a letra indica o levantamento individual e o número a parcela ou ponto dentro do levantamento. 3) O limite em número de parcelas (atualmente 400) deve ser suficiente para a maioria dos casos. Se tiver mais, será necessário quebrar os dados em blocos de 400 ou menos parcelas, calcular parâmetros para cada bloco, e depois juntar os dados dos blocos a mão. Pretende-se tentar ampliar os limites para permitir o uso de levantamentos maiores, pelo menos no cálculo de parâmetros fitossociológicos, mais é provável que este limite ficará para outros tipos de análise, devido às limitações de memória em computadores tipo IBM-PC. 4) Levantamentos grandes praticamente exigem o uso de um disco rígido (o limite para um disquete flexível de 360 Kb é algo em torno de 7 - 8000 indivíduos), embora o uso de disquetes que alta densidade permitem levantamentos mais extensos (mas a leitura é l-e-n-t-o !). Se você precisa usar um micro que só tem discos flexíveis com um levantamento onde o arquivo de dados não deixa espaço para resultados, você pode tirar o disquete do programa, após ter carregado o programa, colocar um disquete vazio no seu lugar, e mandar todos os arquivos de resultados para este disquete. Neste caso, é melhor não especificar os arquivos na linha de comando - bate somente o nome do programa e espera o programa perguntar o nome dos arquivos de entrada e saida. Se você normalmente usa drive A: para o programa, pode responder B:SAOJOSE para o arquivo de entrada e A:SAOJOSE para o arquivo de saida.

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FITOPAC 1

Mensagens de Erro Em geral, os programas tentam detectar diversos tipos de erros nos dados e nas respostas fornecidas pelo usuário, indicando o erro com uma mensagem dentro de uma janela de erro. Em muitos casos, o programa também oferece uma série de opções, quando apropriado, especificando como o erro deve ser corrigido. Neste manual, as mensagens de erro são descritas dentro de cada capítulo descrevendo o programa sendo usado, mas para opções comuns a diversos programas são descritas aqui. Na maioria dos casos, os erros são interceptados pelo programa e não são “fatais” - i.e não param o programa, mas alguns erros são mais sérios e podem parar a execução. Alguns destes erros podem ser resultado de algum erro interno do programa e neste caso devem dar uma mensagem avisando que você deve entrar em contato com o autor do programa. Este contato é importante porque me avisa que existem problemas dentro do programa e que preciso tomar medidas para corrigí-las. Desta maneira, você pode contribuir para melhorar os programas ou pelo menos avisar outros que o problema existe. Uma copia da tela com a mensagem, junto com uma descrição da análise sendo feita e, se possível, uma cópia dos dados sendo analisados ajudarão a encontrar o problema. Nas descrições seguintes, o símbolo N indica um erro fatal.

Erros gerais Memória insuficiente ... Terminando execução. Este erro ocorre quando não tem memória RAM suficiente para a análise desejada. Normalmente não deve ocorrer se você tem 640 Kbytes de RAM , mas o uso de MS-DOS v. 4 pode criar problemas pois utiliza mais memória do que as versões anteriores ou posteriores. Quando ocorre este tipo de erro, o programa vai parar pois não é possível guarantir a continuação da análise sem corrupção da memória RAM.

N

Erros com arquivos Arquivo não foi encontrado - O programa não conseguiu localizar o arquivo indicado. Verifique que o nome e diretório estão corretos. Se necessário, utilize a tecla F3 para mostrar o conteudo do diretório. Rota invalida - A rota ("path") não existe ou por algun motivo não é valida. Verifique a rota. Disquete protegido - O programa tentou escrever para um disquete com selo de proteção ("write protected"). Retire o selo de proteção e mande gravar de novo. Drive nao esta pronto - Não tem disquete ou a porta do drive está aberta. Coloque um disquete ou feche a porta e mande gravar de novo. Impressora sem papel - Não tem papel na impressora. Numero de arquivos abertos excessivo - Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Favor avisar autor ! o ao arquivo negado - protegido ou diretório cheio ? - O programa não obteve autorização do DOS para escrever neste arquivo. Pode ocorrer se usar o nome de um arquivo protegido ("read only") ou quando o diretório está cheio (provável somente em disquetes de 360 KB). Consulte manual de DOS. Codigo de o invalido - Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Favor avisar autor ! Nome do arquivo nao foi “assigned” - Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Favor avisar autor ! Erro de leitura (Erro de CRC) no disco - Indica um erro que ocorreu quando o programa tentou ler um arquivo no disco. Este erro é causado por problemas físicas de leitura - não é um erro do programa em si. Possíveis causas são sujeira no cabeçote do drive ou algum problema mecânica ou eletrônica no drive ou placa controladora. Erro de procura no disco - O programa não conseguiu localizar alguns dados dentro do arquivo sendo lido. Também causado por problemas no drive ou com a gravação do arquivo sendo lido. Setor não encontrado - Problema de formatação do disco, ou disco danificado. Veja manual de DOS. Erro de gravação no disco - Geralmente indica que o disco está cheio, ou que ocorreu algum outro problema quando o programa tentou gravar um arquivo. Erro de leitura de “hardware” - Ocorreu algum problema de “hardware” i.e com a parte física do computador. (na leitura do disco) Falha de “hardware” - Ocorreu algum problema de “hardware” i.e com a parte física do computador.

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Utilizando FITOPAC

Outros erros comuns

filtros

manipulando matrizes

planilha

transformações Diversos tipos de erros são possíveis durante o processo de transformação. Por exemplo, não é permitido calcular raiz quadrado ou logaritmo de números negativos. Em geral, o módulo de transformações tenta detectar erros potenciais antes de aplicar a transformação e emita uma mensagem de erro se encontrar algum problema. Geralmente oferece, então, opções para abandonar a transformação ou repor valores problemáticos com “dados faltando”. Embora o programa deve detectar a maioria dos possíveis erros com transformações, você deve verificar seus dados com cuidado para ter certeza que as transformações que pretende aplicar são válidas e que podem ser aplicadas ao tipo de dados contido na sua matriz. Os tipos de erros detectados são resumidos na tabela abaixo :

transformação reciproco quadrado raiz quadrado raiz quadrado + constante logaritmo natural logaritmo natural + constante logaritmo comum logaritmo comum + constante arcoseno subtrair um constante multiplicar por um constante estandardizar centrar proporção "ranging" dividir pelo desvio padrão dividir pelo valor máximo subtrair o valor mínimo centragem duplo repor valor faltando com media converter em presencia/ausência L - produz um erro

valor 0 L

valor -vo

xmin = xmax

outros

L * L * L * L

L * L *

L ?

L L

soma = 0 dp = 0 max = 0 todos faltando

*

? - interpretação duvidosa * - depende do constante

Em geral, variáveis onde o máximo é igual ao mínimo são duvidosas, possivelmente indicando que houve algum erro, ou podem ser eliminadas, pois na realidade não são variáveis e não acrescentam informações. As mensagens de erro começam com uma tela indicando as variáveis onde um possível erro foi detectado, e o tipo de erro detectado pelo programa :-

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FITOPAC 1

logaritmo natural : Possiveis erros na transformaçao ?

pHCaCl-0 : valor de zero ou negativo encontrado M.O. -0 : valor de zero ou negativo encontrado Mg -0 : valor de zero ou negativo encontrado

Após a listagem das variáveis problemáticas, aparece um menu oferecendo opções disponíveis para contornar os erros ou abandonar as transformações :Açao desejada?... A - substituir erros com “valor faltando” B - escolher uma nova transformaçao C - transformar somente variaveis sem erros D - voltar ao programa principal

Estas opções tem os seguintes efeitos :SUBSTITUIR ERROS COM “VALOR FALTANDO” - coloca valor faltando em cada célula da matriz onde a condição de erro for encontrado (dentro das colunas/linhas selecionadas). Esta opção não está disponível em algumas circunstâncias - por ex. se o desvio padrão para uma variável for 0, então todas as observações para aquela variável teriam que ser descartadas. Os programas normalmente não oferecem esta opção nestes casos. ESCOLHER UMA NOVA TRANSFORMAÇÃO - volta à tela de transformações para poder optar para uma nova transformação. Útil quando você errou na transformação que queria usar - por exemplo com uma matriz contendo zeros, você deve usar log + constante e não log simples. TRANSFORMAR VARIAVEIS SEM ERROS - transformar somente aquelas variáveis onde não foram encontrados erros, deixando as variáveis com erros não transformados. VOLTAR AO PROGRAMA PRINCIPAL - volta à tela anterior (geralmente a de modificação de matriz), abandonando as transformações por enquanto (por ex. se você quer examinar ou corrigir a matriz com a planilha). Os principais tipos de erro detectados são os seguintes :nenhum dado válido - o variável contem somente “valor faltando”. Isso pode acontecer em casos onde você está mascarando diversos linhas de uma coluna que tem muitos dados faltando e se, por acaso, as linhas mascaradas são justamente aquelas com dados válidos. valor de zero encontrado - a variável contem um zero e para a transformação atual isso não é permitido (por ex. com recíproco). valor negativo encontrado - a variável contem um valor negativo, o que não é permitido para a transformação atual (por ex. raiz quadrado). valor de zero ou negativo encontrado - para transformações onde nenhum destes valores é permitido (por ex. logaritmo). menos que 2 dados válidos - a transformação necessita de dois ou mais valores válidos (por ex. dividir por desvio padrão). Geralmente ocorre porque foram mascaradas os poucos dados válidos dentro de uma variável com muitos dados faltando. soma = 0.0 - a soma dos dados nesta variável é zero (com proporção). max. = min. - não há variação - o valor máximo é igual ao mínimo nesta variável. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes. desvio padrão = 0.0 - com estandardização ou divisão pelo desvio padrão, indica que não há variação nos valores desta variável. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes. máximo = 0.0 - com divisão pela máxima indica que o valor máxima encontrado nesta variável é igual a zero e não pode ser usada para divisão. 32

Utilizando FITOPAC Em geral, a causa mais comum de problemas é a aplicação de transformações em variáveis onde diversos componentes foram mascaradas, e onde os componentes restantes tem valores muito diferentes daqueles que foram mascarados. Portanto, é importante usar as facilidades para mascarar linhas ou colunas com bastante cuidado quando você pretende transformar uma matriz. Esta cautela deve ser aumentada mais ainda quando tem muitos dados faltando na matriz. No caso de transformação de uma matriz binária em matriz de números reais, a única mensagem de erro é :Número excessivo de [colunas] . Conversão não é possível. - A matriz binária tem um número de colunas maior que o limite permitida para matrizes de dados contínuos (que são armazenadas como números reais). A única saída é de eliminar as colunas que excedem o limite ou criar mais que uma matriz.

Notas Técnicas

transformações As transformações utilizadas no módulo de manipulação de matrizes podem ser representadas da seguinte maneira (onde Xij é o valor na matriz original para linha i e coluna j, Yij o valor produzido pela transformação, X j é a média da coluna j, ∑ X é a soma dos valores na coluna j, sj o desvio padrão da coluna j, Xmax o valor máximo da coluna j, Xmin o valor mínimo da coluna j e C é um constante especificado pelo usuário) :recíproco Yij =

arcoseno

1 Yij =

Xij

quadrado

X ) ∑X ij

multiplicar por um constante Yij = Xij * C

raiz quadrado

Xij estandardizar

raiz quadrado + constante Yij =

(

subtrair um constante Yij = Xij - C

2 Yij = Xij

Yij =

arcsen

Yij =

Xij + C

X −X s ij

j

j

logaritmo natural Yij = ln(xij)

centrar

logaritmo natural + constante Yij = ln(Xij + C)

proporção

Yij =

Yij = logaritmo comum Yij = log(Xij) "ranging" logaritmo comum + constante Yij = log(Xij + C)

Yij =

X −X ij

X ∑X ij

X −X X −X ij

max

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j

min min

FITOPAC 1 dividir pelo desvio padrão Yij =

X s

repor valor faltando com media Nesta transformação, todos os casos de “valor faltando” são substituídos pelo valor da média da coluna, permitindo que casos com valores faltando podem ser utilizados em análises que normalmente não permitem.

ij

j

dividir pelo valor máximo Yij =

X X

ij

converter em presencia/ausência Esta transformação permite transformar uma matriz de valores reais (variáveis contínuas) em matriz binário. Ao escolher esta opção, o programa pede o valor máximo que deve ser usado para “ausência”, e qualquer célula da matriz que contém um valor igual ou menor será tratada como “ausente” (0). Normalmente, este constante pode ser deixado como 0, mas em alguns casos você pode querer usar outro valor, de acordo com as necessidades da análise que pretende usar.

max

subtrair o valor minimo Yij = Xij - Xmin centragem duplo Yij =

Xij − X j − Xi + X , onde

X é a média geral para todos os valores da matriz

No caso de transformações por linha, para as transformações arcseno, estandardizar, centrar, proporção, “ranging”, dividir por desvio padrão, dividir pelo máximo e repor valor faltando com média, as mesmas definições podem ser usadas, substituindo linha por coluna em cada. Para as transformações restantes, a direção não altera o resultado.

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Utilizando FITOPAC

Bibliografia Grieg-Smith, P. 1983. Quantitative Plant Ecology. Blackwell, Oxford. Legendre, L. & Legendre, P. 1983. Numerical Ecology. Elsevier, Amsterdam.

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PROGRAMA PREPARE

Função O programa “PREPARE” tem a função de ler os dados para levantamentos utilizando arquivos preparados pelo usuário e converter estes dados no formato padrão usado pelos outros programas do FITOPAC (formato FPD). Além de converter o formato dos dados, o programa também verifica certos aspectos dos dados, tentando detectar possíveis erros. Existe também a opção de produzir um arquivo “ASCII” que pode ser lido por outros programas ou pacotes como “SYSTAT” ou “Lotus 123”. Normalmente, este programa é essencial para preparar os dados de um levantamento para serem analisados com FITOPAC.

Introdução Este programa é a “porta de entrada” para a maioria dos usuários do FITOPAC. Permite ler um arquivo de dados crus que essencialmente seguem o formato usado para coletar os dados no campo e transforma este arquivo no formato mais ordenado e padronizado utilizado para os outros programas do pacote. Desta maneira, não há necessidade de seguir um formato especial para entrada dos dados, facilitando um pouco a tarefa e minimizando os erros que normalmente resultam quando é necessário bater os dados num formato diferente daquele utilizado no campo. Embora a função do programa seja muito simples, existem muitas possibilidades para erros nos arquivos de dados crus, e é provável que você encontra diversos tipos de mensagens de erro durante o uso deste programa. Tentei introduzir testes para detectar os erros mais comuns, mas é evidente que não é possível detectar todos os possíveis tipos de erros. Antes de usar este programa, portanto, é especialmente importante que você lê com atenção a seção sobre “detecção de erros e mensagens de erro”, para entender os tipos de erro que o programa pode encontrar, e as maneiras de corrigir os erros detectados.

Arquivos necessários Para utilizar este programa, você normalmente precisa especificar três arquivos, 2 de entrada e um de saída. “PREPARE” utiliza como entrada dois arquivos ASCII contendo 1) os nomes das famílias e espécies encontrados no levantamento, geralmente com a extensão “NMS” e 2) os dados numéricos, descrevendo os indivíduos encontrados durante o levantamento, geralmente com a extensão “DAD”. A estrutura e preparação destes arquivos é descrito no capítulo “Preparando dados para FITOPAC”. No momento, PREPARE é capaz de ler e transformar dados para os seguintes tipos de levantamento :• Levantamentos usando parcelas (quadrat survey) • Levantamentos usando quadrantes (point-centered quadrants) Para uma descrição destes métodos, consulte Grieg-Smith(19??), Brower & Zar(19??) e Krebs(19??). O arquivo de saída produzido pelo programa pode ser um arquivo “.FPD” do FITOPAC que serve como entrada para programas como “PARAMS” e “CRIAMAT” ou um arquivo ASCII contendo informações que podem ser lidos por outros programas como “SYSTAT”, “dBASE” ou “123”. É importante notar que PREPARE cria dois arquivos temporários enquanto está processando os dados. Estes arquivos (que tem a extensão “TMP") normalmente são removidos pelo próprio programa no fim de processamento e não são “visíveis” para o usuário, mas é essencial que exista espaço suficiente no disco para gravar estes arquivos além do arquivo “FPD” final. Se você utiliza o conjunto padrão para os nomes dos arquivos, é necessário bater somente PREPARE e o programa vai buscar e criar os arquivos necessários automaticamente - por ex., se você criou SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD contendo os nomes e dados numéricos respetivamente, pode bater PREPARE SAOJOSE, e o arquivo SAOJOSE.FPD será criado automaticamente. Caso você queira utilizar nomes diferentes para cada arquivo, pode especificá-los na seguinte seqüência :- PREPARE <SAIDA>, colocando a rota para cada arquivo antes do nome se estiveram em diretórios diferentes, e especificando a extensão se não utilizou as extensões normais. Como exemplo, se você quer usar um arquivo de nomes “MATAS.NMS” no diretório

FITOPAC - versão 1

D:\NOMES\, o arquivo de dados “GENEBRA.DAT” no diretório C:\DADOS\ e gravar os resultados no arquivo “G2.FPD” no diretório C:\XYZ\, você pode especificar esta combinação na seguinte maneira :PREPARE D:\NOMES\MATAS C:\DADOS\GENEBRA C:\XYZ\G2 Repare que a ordem dos arquivos é importante ! Se não quiser especificar os arquivos na linha de comando, você pode usar os comandos normais para mudar arquivos e rotas dentro do programa, e neste caso precisa bater somente PREPARE, sem qualquer nome de arquivo. Utilização Tela principal :-

Arquivos Rotas Tipo Cabeçalho Nomes Dados Verificar Fitopac ascIi Sair Escolher tipo de levantamento -------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo de nomes : GENEBRA.NMS Arquivo de dados : GENEBRA.DAD Arquivo saida : GENEBRA.FPD Rotas Rota para nomes : C:\FITOPAC\ Rota para dados : C:\FITOPAC\ Rota para saida : C:\FITOPAC\ Tipo de amostragem : parcela -------------------------------------------------------------------F1 Ajuda; F3 Selecionar; F4 Impressora; F5 Gravar config; F10 Sair

As opções oferecidas no menu principal são tipo, cabeçalho, *nomes, **dados, ***verificar, ***fitopac e ***ascii. Os itens marcados * estão disponíveis somente depois de completar os dados do cabeçalho, os itens marcados com **, somente depois de ler um arquivo de nomes e os itens com ***, somente após a leitura de um arquivo de dados numéricos. Segue a explicação de cada opção :TIPO - selecione o tipo de levantamento a ser processado. Ao escolher esta opção, aparecerá um menu mostrando os tipos disponíveis Tipo de levantamento ? P - Parcelas Q - Quadrantes

CABEÇALHO - completa as informações complementares que os programas de FITOPAC necessitam, e que acompanham os dados durante as análises posteriores. As informações são fornecidas preenchendo duas telas de perguntas. Os dados geográficos na primeira tela não são estritamente necessários, mas, em geral, é melhor completar estas perguntas pois facilitam a identificação dos arquivos posteriormente, sendo impressos com as listagens produzidas por diversos programas. Os campos descrevendo os parâmetros usados (perímetro/diâmetro, centímetros/metros, etc.) são essenciais se você não utilizou o padrão preestabelecido por PREPARE (perímetro em centímetros, no. de indivíduo presente, altura presente e coordenados X e Y ausentes). Veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para uma discussão mais completa destes parâmetros. No

programa PREPARE

caso de levantamentos por parcelas, os campos de comprimento e largura de parcela são obrigatórios, e o programa não deixa você proceder sem estas informações (são essenciais para os cálculos dos parâmetros fitossociológicos). As telas que aparecem com a escolha desta opção são as seguintes :Dados do Levantamento

Titulo : Bate um título descritivo para este levantamento. Este título será impresso nas listagens de todas as análises posteriores. Pode ter até 160 caractéres.

Responsavel : Bate os nomes dos responsávies para o levantamento. Também é impresso nas listagens. Até 160 caracteres.

Estado : Sigla do estado onde se localizou o levantamento.

Municipio : Município onde se localizou o levantamento.

Local : Local onde se localizou o levantamento.

Latitude : 0 ° 0 ' 0 “ Sul

Longitude : 0 ° 0 ' 0 “ Oeste Coordenados geográficos para este levantamento Altitude : 0.0 Altitude em m da área estudada

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FITOPAC - versão 1

Outras Informaçoes

Comprimento das parcelas : 0.00

Largura das parcelas : 0.00 Comprimento e largura das parcelas em levantamentos que utilizaram parcelas. Esta informação é essencial para levantamentos com parcelas. Usou Perimetro ou Diametro : Perimetro Indique se você mediu perímetro ou diâmetro dos indivíduos. Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Perimetro/Diametro em Centimetros ou Metros : Centimetro Indique se mediu perímetro/diâmetro em centímetros ou metros. Não pode misturar os dois no mesmo arquivo !

Diametro/Perimetro minimo : 0.00 Indique o perímetro/diâmetro mínimo para este levantamento, nas mesmas unidades utilizadas na medição.

No. de individuo presente : Sim "Sim” se você está incluindo um número para cada indivíduo.

Mediu altura : Sim "Sim” se você mediu altura dos indivíduos.

Coordenados XY presentes : Nao "Sim” se você está incluindo coordenados X e Y para cada indivíduo

NOMES - ler e verificar o arquivo de nomes. Esta opção carrega um arquivo de nomes e tenta interceptar certos tipos de erros comuns (veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados). Repare que você pode utilizar o mesmo arquivo de nomes com diversos arquivos de dados. Não é necessário ler o arquivo de nomes de novo para cada arquivo de dados - o programa armazena os nomes até que você manda ler um outro arquivo de nomes. DADOS - ler um arquivo de dados com intercepção de certos tipos de erros. Esta opção fica disponível somente após a leitura de um arquivo de nomes i.e. você precisa usar o comando “nomes” antes de “dados"*. Os dados são lidos linha por linha e armazenados num arquivo temporário no disco antes de serem gravados no formato final com os comandos “fitopac” e “ascii”. Veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados. No final da leitura de dados aparece a seguinte tela :-

*

É necessário ler o arquivo de nomes primeiro porque o programa tenta verificar se os números de espécie nos dados numêricos estão consistentes com a lista de nomes.

programa PREPARE

arquivo : UBATUBA.DAD “Levantamento de Mata Atlantica"

no. pontos 160

no. individuos no. especies 640 123 42

minimo distancia diametro altura

maximo

0.050 30.000 3.000

no. familias

medio

9.700 332.000 35.000

3.437 68.847 16.788

Esta tela é muito importante e deve ser lida com cuidado pois oferece uma oportunidade para descobrir eventuais erros que o programa não foi capaz de detectar. Por exemplo, um valor de diâmetro mínimo abaixo do menor diâmetro que você utilizou no seu levantamento sugere que houve um erro na entrada dos dados e que você deve verificar todos os dados. Este processo pode ser facilitado pelo comando “verificar”, descrito abaixo. Da mesma maneira, uma altura máxima de 60 m para um levantamento de cerrado seria um tanto suspeito. O número de espécies e famílias também deve ser observado com cuidado. Repare que o número de espécies e famílias apresentado se refere ao número presente no arquivo de dados e não no arquivo de nomes. Por exemplo, você pode ter um único arquivo de nomes que você utiliza com diversos arquivos de dados e neste caso, é normal que os arquivos de dados não contém indivíduos pertencentes a todas as espécies ou famílias no arquivo de nomes. VERIFICAR - Com este comando você pode verificar os dados antes de grava-los no arquivo final. Permite estabelecer limites para diâmetro/perímetro, altura e, no caso de levantamentos por quadrantes, distância. Qualquer indivíduo que não se encaixa nestes limites é assinalada e o programa dará uma mensagem que existe um valor “suspeito” para este indivíduo, e oferece a oportunidade de corrigir o valor “estranho” ou deixar como está, caso seja correto. Quando você seleciona esta opção, aparece uma tela onde você pode especificar os valores para máximo e mínimo para cada parâmetro :Limites para Verificaçao dos dados

minimo

maximo

diametro 0

202.73

altura

40.72

0.00

distancia 0.00

8.82

Os valores que o programa sugere inicialmente são a média ± 3 x desvio padrão para cada parâmetro, com um mínimo absoluto de 0.0. Valores que ficam fora desta faixa são atípicos e devem ser conferidos com cuidado, mas se quiser, pode alterar estes limites, colocando os valores que achar mais apropriados. Repare que o uso de limites muito “estreitas” vai produzir uma quantidade grande de “alarmes falsos” mas é praticamente garantido que vai mostrar qualquer

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FITOPAC - versão 1

valor suspeito. Por outro lado, o uso de limites muito “amplos” vai produzir poucos “alarmes falsos”, mas vai detectar somente valores muito extremos. É difícil dar uma recomendação geral pois os limites mais eficientes dependem do levantamento e o padrão de variação dos indivíduos, e o usuário terá que descobrir os valores mais apropriados por um processo de tentativa e erro. FITOPAC - Gravar o arquivo de dados no formato FITOPAC - FPD. Este é o formato usado pelos outros programas do FITOPAC e é a opção normal. Repare que os dados não são gravados automaticamente - você precisa mandar grava-los ! ASCII - Gravar o arquivo de dados no formato ASCII, permitindo que serve como entrada para outros programas que aceitam este formato (por ex. SYSTAT, Lotus 123). Os dados numéricos são gravados normalmente, e os nomes das espécies, famílias e amostras podem ser acrescentados para cada indivíduo. Ao escolher esta opção, aparece uma tela que permite “ligar” ou “desligar” a gravação dos nomes e determinar o número de caracteres que aparecem em cada nome. Este último dado é necessário pois alguns programas não aceitam nomes longos (por ex. SYSTAT aceita no máximo 12 caracteres) - o normal para FITOPAC é 35 caracteres. A tela tem o seguinte formato :-

Gravar nomes em arquivo ASCII ?

Nomes de especies

Sim Quer gravar o nome de espécie para cada indivíduo ?

Nomes de familias

Sim Quer gravar o nome de família para cada indivíduo ?

Nomes de amostras

Sim Quer gravar o nome da amostra (parcela ou ponto) para cada indivíduo ?

Quantos caracteres :

35 Indique o comprimento dos nomes em número de caracteres

Exemplos dos diferentes formatos de arquivo que podem ser gravados com esta opção são mostrados na fig. ??.

Detecção de erros e mensagens de erro A fase de entrada de dados é a mais difícil em termos de introdução de erros, e como os resultados de todas as análises posteriores dependem da qualidade e accuracia dos dados crus, vale a pena fazer um esforço grande para evitar possíveis problemas nesta fase. Mesmo que os dados sejam digitados com muito cuidado e verificados posteriormente, é surpreendentemente fácil introduzir erros na digitação. Coisas simples como esquecer de deixar um espaço entre dois números ou pular um dos valores na linha podem ter conseqüências graves porque o programa vai tentar ler os valores errados deste ponto em diante. Tentei, portanto, introduzir uma série de testes e verificações dos dados que ajudam detectar problemas no arquivo de dados. Para começar, o programa lê o arquivo como linhas de texto que são interpretadas internamente, e aplica uma série de testes nos dados obtidos. Dessa maneira, problemas que ocorrem em uma linha não “contaminam” o resto do arquivo, e, caso seja necessário, uma dada linha pode ser descartada sem prejudicar a leitura do resto do arquivo. Normalmente o programa da uma mensagem de erro quando ocorre alguma linha no arquivo que não pode ser interpretada ou que apresenta valores inconsistentes, e, em seguida, oferece algumas opções permitindo consertar o erro, reeditando a linha do arquivo ou abandonar o arquivo, caso o problema seja muito grave. Embora tentei detectar uma proporção razoável dos erros comuns, é essencial notar que não é possível detectar todos os possíveis erros ! Se você bate “3.4” em vez de “4.3” para uma distância, por exemplo, é praticamente impossível detectar este tipo de erro, e a única maneira de encontrá-lo é uma revisão minuciosa do arquivo de dados, antes de usar FITOPAC. Portanto, não confie que “PREPARE” vai encontrar todos os erros no seu arquivo.

programa PREPARE

Segue agora uma descrição dos tipos de erros que o programa é capaz de detectar :Arquivo de nomes Nomes de famílias - o programa verifica a presença de • nomes duplicados - o mesmo nome usado com dois números de família • número de família fora dos limites de FITOPAC • número de família faltando Nomes de espécies - o programa detecta • nomes duplicados - mesmo nome para duas espécies • número de família incompatível com a lista de famílias • número de família que não tem nome associado • número de espécie fora dos limites de FITOPAC • número de espécie ou família faltando • número de espécie já utilizado para outra espécie Dados numéricos - o programa detecta • caracteres “ilegais” na linha (letras ou símbolos) • espaço ou valor faltando na linha (i.e. o número de “itens” na linha está errado) • números decimais onde deve ter um número inteiro • números que não podem ser interpretados • número de espécie fora dos limites do FITOPAC • número de espécie não presente na lista de espécies Quando um erro é detectado, o programa para o processamento do arquivo e apresenta uma mensagem de erro, mostrando também a linha onde o erro ocorreu e alguma explicação do tipo de erro encontrado como mostra o seguinte exemplo onde esqueceu-se de colocar um espaço depois do número da família “Abobraceae” no arquivo de nomes :? ERRO ? arquivo : ERROS.NMS *** linha 8

9Abobraceae ——^

Nao foi possivel interpretar o numero da familia

Qualquer tecla..

Depois de apertar uma tecla, aparece um menu para determinar qual a ação que o usuário deseja tomar :Açao desejada ? E - Editar linha P - Pular linha T - Terminar processamento deste arquivo

Se escolher “Editar linha”, você pode utilizar as teclas normais de edição para alterar a linha (neste caso inserindo um espaço depois do número da família) e continuar o processamento. Esta seria a opção normal. Repare que esta

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FITOPAC - versão 1

opção NÃO corrige o arquivo original contendo os dados crus - este continua como estava, e se você quer corrigi-lo, terá que usar o editor de texto para alterá-lo. A opção “Pular linha” simplesmente ignora esta linha do arquivo e continua processando a próxima. Esta opção é útil se por acaso entrou alguma linha contendo “lixo” que não deveria estar presente, ou se você quer procurar outros erros antes de alterar o arquivo de dados. A opção “Terminar processamento” abandona o arquivo e volta ao menu principal, e pode ser usado onde houve algum erro mais grave (arquivo errado, tipo de levantamento errado, etc.). Em alguns casos pode haver mais opções - por ex. acrescentar uma espécie quando um número de espécie não declarada é encontrado. As principais mensagens de erro são as seguintes :Arquivo de nomes Nao foi possivel interpretar o numero da familia O número da família está faltando ou você esqueceu de bater um espaço depois do número (mais comum) ou tem algum caractere “ilegal” no meio do número. Este no. de familia nao existe na lista de familias O número de família dado para uma espécie não foi declarado na lista de famílias. Este numero ja esta sendo usado para a familia .............. O número de família encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de família anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas famílias diferentes. Numero de familia invalido ....minimo = 1 e maximo = X Se ocorrer enquanto está lendo os nomes das famílias, é porque o número da família é muito grande ou menor que 1. Pode também ocorrer enquanto o programa está lendo os nomes das espécies e neste caso o máximo corresponde ao maior número na lista de famílias. No. de especie invalido ....minimo = 1 e maximo = X O número de espécie está fora dos limites aceitáveis pelo FITOPAC - deve ser maior que 0 e menor que o número máximo de espécies (1000 nesta versão). Pode ser causado também pela falta de um espaço entre o número de espécie e número de família - o programa tenta ler esta combinação como o número de espécie. Este numero ja esta sendo usado pela especie.......... O número de espécie encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de espécie anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas espécies diferentes. Este nome ja foi usado para especie X Já existe uma outra espécie com o mesmo nome. Repare que diferenças entre maiúscula e minúscula são desprezadas aqui - “Planta vulgaris” é a mesma coisa que “PLANTA VULGARIS”. Nomes duplicados não são permitidos porque é impossível distinguí-los posteriormente nas listagens produzidas pelas análises. Arquivo de dados Este no. de especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie usado aqui não foi declarada na lista de espécies. Linha muito comprida ? (max = 255 caracteres) Esta versão de PREPARE só pode ler linhas de até 255 caracteres. Se o programa chega até 255 caracteres e ainda detecta mais texto na linha sendo lida, emitirá esta mensagem de erro porque é provável que a linha não será lida corretamente. Geralmente, este número de caracteres é suficiente, e é raro encontrar esta mensagem de erro, mas em casos onde há um número muito grande de caules múltiplos (por ex. uma touceira de bambu), é possível ultraar este limite. Neste caso, a única saída é de calcular manualmente um perímetro/diâmetro equivalente para alguns caules, até o comprimento da linha ficar menor que 255 caracteres. Repare, também, que não é necessário ter espaços ao redor do ‘+’ quando você está batendo dados para indivíduos com caules múltiplos (veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para mais detalhes do formato). Nao foi possivel interpretar esta linha - caractere ilegal ?? Geralmente este erro ocorre quando o programa detecta algum caractere “ilegal” na linha - por ex. alguma letra.

programa PREPARE

Pelo menos um valor ou espaço faltando O programa tentou “contar” o número de valores na linha e encontrou um valor menor que o esperado. Isso geralmente é resultado de um espaço faltando entre dois valores, ou algum valor que foi esquecido. Deve ser um numero inteiro Foi encontrado um número decimal onde o programa esperava um número inteiro. Geralmente ocorre por causa de um espaço faltando entre um número decimal e um inteiro. Nao foi possivel interpretar este numero Ocorreu algum problema que dificultou a interpretação do número. Dados a mais nesta linha ? O programa leu uma série de dados que correspondem ao número de valores esperado. Mesmo assim, ainda tem mais texto nesta linha, possivelmente indicando algum erro. Este tipo de situação pode ocorrer quando você acidentalmente insere um espaço entre dois dígitos do número de espécie ou talvez um espaço depois do ponto decimal da altura. No. de especie grande demais ou pequeno demais O número de espécie para este indivíduo ultraa os limites de número de espécie para esta versão de FITOPAC. Esta especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie para este indivíduo não está incluído entre os números de espécies no arquivo de nomes. Pode ser um erro no número ou uma espécie que acidentalmente foi excluída do arquivo de nomes. Neste último caso, o programa oferece a opção de acrescentar uma nova espécie para a lista de nomes.

Limitações e problemas O número de espécies, famílias e amostras é limitado pelos outros programas do FITOPAC (por ex. PARAMS) e não pode ser modificado nesta versão. Desde que não ultraa os limites impostos pelo número de espécies, famílias e amostras, um levantamento pode conter um número praticamente ilimitado de indivíduos. Na prática, o número máximo de indivíduos será determinado pelo espaço disponível no disco, no caso de levantamentos por parcelas, e pelo número de amostras no caso de levantamentos que utilizam o método de quadrantes.

Notas técnicas O programa nunca mantém todos os dados em memória RAM ao mesmo tempo. Em vez disso, são lidos primeiro os nomes das famílias e espécies e após a leitura e verificação, estes últimos são gravados num arquivo temporário. Terminada a leitura de um conjunto de nomes, o programa lê um (ou vários) arquivos de dados. O arquivo de dados é lido linha por linha na forma de texto que posteriormente é interpretado pelo programa, com diversos testes e formas de verificação. Uma vez que os dados de um indivíduo (uma linha) forma interpretados e verificados, são gravados num segundo arquivo temporário e não mantidos na memória RAM. Desta maneira, é possível evitar limitações de RAM se o número de indivíduos for muito grande, mas necessita de espaço em disco para armazenar os dados. Enquanto os dados são lidos e gravados, o programa acumula os máximos, mínimos, médias e outros valores para cada parâmetro. Se a opção de verificação for escolhida, o programa lê os dados do arquivo temporário. Os dados são gravados em formato final somente quando o usuário escolhe uma das opções “FITOPAC” ou “ASCII”.

Bibliografia Brower & Zar Grieg-Smith, Krebs, C.

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PROGRAMA PARAMS

Função Este programa calcula parâmetros fitossociológicos para levantamentos que utilizam os métodos de quadrantes (Point-centered Quarter method) e parcelas (Quadrat method). Calcula a maioria dos parâmetros comuns como densidade relativa, frequência absoluta e relativa e também uma série de parâmetros para o levantamento como um todo - índice de Shannon, no. de espécies, densidade total, etc. Esta versão tem facilidades para especificar subconjuntos de dados, permitindo diversas sub-análises no mesmo levantamento. Alem dos cálculos de parâmetros básicos, o programa tem algumas facilidades para produção de gráficos simples e pode gravar tabelas de parâmetros em arquivos do tipo FITOPAC padrão (FPM) que podem ser traduzidos para outros formatos (Lotus 123, por ex.) via o programa MATRIZ e utilizados em programas gráficos, etc.

Introdução PARAMS é o programa central do FITOPAC, responsável pelo cálculo de parâmetros fitossociológicos, e provavelmente será o programa mais utilizado pela maioria dos usuários. Os parâmetros fitossociológicos calculados são armazenados em quatro tabelas :- 1. parâmetros gerais características do levantamento como um todo - densidade total, area basal total, índices de diversidade, etc. 2. Espécies - tabela de parâmetros das espécies. 3. tabela de parâmetro das famílias. 4. tabela de parâmetros das parcelas (somente para levantamentos utilizando parcelas). Embora a maioria dos parâmetros disponíveis já são calculados pelo programa correspondente na versão preliminar do FITOPAC, esta versão possui uma série de melhorias e facilidades que devem aumentar consideravelmente a utilidade do programa. Calcula a maioria dos parâmetros fitossociológicos normalmente utilizados em levantamentos de vegetação arbórea/arbustiva e fornece algumas gráficos simples resumindo os resultados. Uma outra característica desta versão é a flexibilidade possível na impressão de tabelas de resultados. Cansei de tentar satisfazer todos os usuários com relação à ordem dos parâmetros e quais parâmetros deviam ser incluidos nas tabelas - não tinha duas pessoas que concordavam na mesma ordem e parâmetros ! Na versão atual, portanto, a ordem, os nomes, a largura das colunas e quais colunas são impressas, além de quais tabelas são impressas podem ser modificados pelo usuário e o conjunto de preferências pode ser gravado, permitindo que todos as análises sejam impressas da mesma maneira. Se não gostar do conjunto padrão que vem embutido no programa, você mesmo pode elaborar o padrão que prefere. Uma lista completa dos parâmetros, as formulas utilizadas e detalhes dos cálculos são descritas na seção “Notas Técnicas”.

Arquivos necessários PARAMS utiliza um arquivo de dados “.FPD” como entrada e pode produzir arquivos de listagem e arquivos dos tipo “.FPM” contendo os resultados produzidos. Você pode especificar na linha de comando os nomes dos arquivos de entrada e saida. “PARAMS SAOJOSE” vai utilizar o arquivo “SAOJOSE.FPD” como arquivo de dados e os resultados serão gravados no arquivo “SAOJOSE.LST”. “PARAMS SAOJOSE SJ1.RES” utilizaria SAOJOSE.FPD como arquivo de dados e gravaria a listagem em SJ1.RES. Se você opta para gravar as tabelas de resultados, pode especificar o nome de cada arquivo individualmente (o programa pergunta antes de gravar), ou utilizar os nomes prefixados (ESPECIES.FPM, FAMILIAS.FPM e PARCELAS.FPM). Repare que para levantamentos grandes, a listagem pode ser bastante volumosa se você usa todas as opções - precisa deixar espaço no disco de saida.

Utilização A tela principal é apresentado abaixo :-

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FITOPAC - versão 1

Os principais comandos são os seguintes :- Filtro, Calcular, aLterar, *Imprimir, *Graficos e *graVar. Os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de fazer os cálculos para um dado levantamento. Segue uma descrição de cada comando :FILTRO - O filtro é usado para determinar quais são as espécies, amostras e indivíduos que serão aceitas na análise atual. O uso do filtro dá uma flexibilidade bastante grande, e você pode correr diversos tipos de análise no mesmo arquivo de dados utilizando um filtro diferente para cada análise. Um exemplo seria o caso de um levantamento utilizando parcelas, inicialmente incluindo todos os indivíduos com DAP ≥ 3 cm, onde você quer comparar com um outro levantamento onde o DAP mínimo foi de 5 cm. Nesta situação, você pode especificar um filtro que exclua todos os indivíduos com DAP < 5 cm, produzindo uma análise que é comparável com o levantamento feito com DAP de 5 cm (se todas as outras características do levantamento forem iguais). Note que este método não funciona com levantamentos que utilizem o método de quadrantes, pois a exclusão dos indivíduos menores altera o método de amostragem e não é compatível com o método de quadrantes. Diversos outros tipos de filtro podem ser especificados, incluindo ou excluindo blocos de parcelas para fazer sub-análises dentro de um levantamento grande, incluindo ou excluindo espécies (por exemplo indivíduos mortos onde estes foram incluidios), ou diferentes combinações de altura e diâmetro para analizar diferentes estratos. É possível utilizar praticamente qualquer combinação de unidades de amostragem, especies, diâmetro e altura para produzir análises muito específicas por exemplo, somente parcelas 1 - 11 e 13 - 23, excluindo mortas e desconhecidas, com idivíduos menores que 10 m de altura e com diâmetros menores que 20 cm. A maneira em que o filtro é especificado é descrita na seção ???? . Os valores pré-estabelecidos pelo programa são tão amplos que não devem excluir qualquer indivíduo em levantamentos normais. Portanto, se você não especifique um filtro, o programa deve incluir todos os indivíduos no arquivo de dados. CALCULAR - começa a leitura dos dados e o cálculo dos parâmetros fitossociológicos que são armazendos em diferentes tabelas. Os indivíduos usados são selecionados de acordo com o filtro especificado antes de iniciar este comando. ALTERAR - Este comando é utilizado para alterar as tabelas de resultados e a maneira em que elas são impressas. Você pode alterar quais são os parâmetros incluidos, a ordem dos parâmetros nas tabelas, a ordenação usada dentro das tabelas e detalhes da impressão das tabelas (largura das colunas, no. de decimais, nomes dos parâmetros), além de quais tabelas são impressas. Os detalhes de como alterar as tabelas são descritas na seção “Alterando as tabelas”. IMPRIMIR - imprime as tabelas de resultados diretamente na impressora ou num arquivo, dependendo da saida escolhida. GRAFICOS - Produzir gráficos a partir das tabelas de resultados. Estes podem ser do tipo gráfico de dispersão ou histograma. Os gráficos produzidos aqui são relativamente simples, mas permitem ter uma indicação do comportamento dos parâmetros sem sair do programa. Os gráficos aparecem inicialmente na tela e podem ser impressas ou via uma cópia da tela, ou utilizando os caracteres normais da impressara. A seção “Gráficos” descreve o uso desta opção. GRAVAR - Gravar as tabelas de resultados no disco em arquivos do tipo “FPM” que depois podem ser traduzidos (pelo programa MATRIZ) para arquivos do tipo “Lotus 123” ou “SYSTAT”, permitindo o uso dos recursos gráficos ou estatísticos de outros programas. Portanto, você pode produzir uma tabela de parâmetros fitossociológicos e depois utilizar “Harvard Graphics” ou “Quattro” para produzir os gráficos desejados. Enquanto estiver dentro do programa, você pode fazer qualquer número de análises, alterando o arquivo de dados ou o filtro e, depois, re-fazendo os cálculos. Desta maneira, pode correr a análise completa para um levantamento, e depois uma série de sub-análises de vários tipos especificando um filtro diferente para cada sub-análise.

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programa PARAMS (manual versão 01/05/98)

Alterando as tabelas

Gráficos A tela de gráficos permite escolher entre diferentes tipos de gráficos e a tabela de onde serão extraidos os dados, e a forma em que os gráficos serão mostrados na tela ou impressos. Dentro deste módulo, você pode especificar os gráficos um de cada vez, ou, frequentamente mais convenientamente, na forma de uma “fila", onde diversos gráficos podem ser selecionados ao mesmo tempo e depois mostrados e impressos um a um. Uma vez que uma fila de gráficos foi criado, o campo “No. de graficos especificados” informa quantos gráficos estão na fila. Tipo tAbela Vars Opçoes Simbolos Desenhar Imprimir Proximo aNterior Continue Tipo de grafico desejado Tipo de grafico : Diagrama de dispersao Tabela atual :

Especies

No. de graficos especificados : 0

TIPO - Escolher o tipo de gráfico desejado. Esta opção abre um menu que mostra os tipos disponíveis :Tipo de grafico A - Diagrama de dispersao B - Grafico de barra - n classes C - Grafico de barra - n classes + resto D - Grafico de barra - primeiros x % E - Grafico de barra - primeiros x % + resto

Diagrama de dispersão - é um gráfico que mostra a relação entre dois parâmetros, na forma de um diagrma de dispersão (fig. ??). Note que nem todas as combinações são úteis - por ex. Densidade Relativa contra número de indivíduos simplesmente produz uma linha reta pois o primeiro é derivado do segundo por uma multiplicação simples. O programa não dá qualquer aviso, e produz o gráfico, mesmo que seja inutil. Gráficos de barra - todos mostram a quantidade absoluta ou porcentagem do parâmetro escolhido em cada espécie ou família, com as espécies ou famílias ordenadas de maior para menor, com respeito ao parâmetro escolhido. As diferenças entre estes gráficos são as seguintes :n classes - mostra n barras correspondendo às primeiras n espécies ou famílias(fig. ??). Aparece uma tela perguntando quantas barras você quer no gráfico, e se prefere barras simples ou “3D". O número máximo de barras é ??. n classes + resto - mostra n + 1 barras dos quais os primeiros n correspondem às primeiras n espécies ou famílias e o último que representa a soma das espécies ou famílias restantes. Também aparece uma tela perguntando quantas barras e tipo de barra. primeiros x % - neste gráfico, o número de barras é variável, mas a soma dos valores nas barras mostradas atinge pelo menos x% do total do parâmetro escolhido(fig. ??). A porcentagem é especificada numa tela que aparece logo em seguida e que permite também especificar o tipo de barra. primeiros x % + resto - é igual ao anterior mas acrescenta uma última barra que repesenta a proporção do parâmetro representada pelas espécies ou famílias restantes. TABELA - Esta opção abre um menu permitindo escolher qual das tabelas de resultados será utilizada (espécies, famílias ou parcelas).

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FITOPAC - versão 1

VARS - a ação desta opção depende do tipo de gráfico. No caso de gráficos de barra, abre uma única lista de variáveis (parâmetros) que podem ser selecionados para produzir gráficos. Você pode escolher um ou mais parâmetros da tabela selecionada na opção anterior para produzir um ou mais gráficos de barra. No caso de diagramas de dispersão, duas listas de parâmetros aparecem, uma para o eixo horizontal e a outra para o eixo vertical. De novo, você pode selecionar um ou mais parâmetros em cada lista. Se você seleciona mais que um parâmetro, o programa vai criar uma fila de gráficos que podem ser examinados em sequência usando a opção “PROXIMO”. Por exemplo, se você seleciona “DR” como eixo horizontal e “DoR” e “FR” como os eixos verticais, o programa cria uma fila de dois gráficos - DoR x DR e FR x DR. No caso de escolher “DR” e “IVI” como eixos horizontais e “DoR” e “FR” como verticais, uma fila de quatro gráficos (DoR x DR, FR x DR, DoR x IVI e FR x IVI) será criado. OPÇOES - esta opção abre uma tela que permite alterar os limites das escalas dos gráficos além de algumas outras características no caso de histogramas. Para diagramas de dispersão, a tela que aparece é a seguinte :Opçoes para grafico Freq.Rel * Dens.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica - Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo

minimo

intervalo

Freq.Rel 8.0000 0.0000 1.0000 Modifique o máximo, mínimo e intervalo da escala vertical Dens.Rel 9.0000 0.0000 1.0000 Modifique o máximo, mínimo e intervalo da escala horizontal “Etiquetar” pontos ? Sim Colocar uma “etiqueta” em cada ponto no gráfico, permitindo identificá-los

Para gráficos de barra com número de classes fixo, a tela é :Opçoes para grafico Freq.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica - Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq.Rel 60.0000 0.0000 5.0000 Indique os valores máximo e mínimo para a escala vertical, além do intervalo da escala Quantas barras ? 10 Escolhe quantas barras você quer no gráfico (deve ser de 1 a 100) Barras “3-D” ? Nao Mostrar as barras em forma “3-D” ou não “Etiquetar” barras ? Sim Colocar “etiquetas” nas barras, mostrando família, espécie, etc.

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programa PARAMS (manual versão 01/05/98)

No caso de gráficos de barra com porcentagem fixa, a única diferença desta tela é a substituição da pergunta “Qual porcentagem” em vez de “Quantas barras”, permitindo alterar a porcentagem total do parâmetro que será mostrado em forma de barras. Estas opções são muito úteis no caso de estudos comparativos onde é essencial ter gráficos que utilizam os mesmos escalas. Normalmente o programa tenta selecionar escalas que utilizam o máximo possível da tela compatível com unidades de escala razoáveis. Mas em comparações entre levantamentos, ou mesmo sub-analises do mesmo levantamento, os gráficos saem com escalas diferentes. Se você precisa de gráficos com a mesma escala, pode utilizar esta opção para controlar a aparência dos gráficos finais. Esta opção também pode ser utilizada para ampliar ou “encolher” uma região de um gráfico de dispersão. Por exemplo, em fig. 4, a região no canto inferior esquerda da fig. 1 foi ampliado pela modificação do limite máximo das escalas verticais e horizontais. SIMBOLOS - Permite alterar os símbolos utilizados em diagrams de dispersão. O uso desta opção é descrito na seção “Opções comuns a diversos programas” no capítulo “Utilizando FITOPAC”. DESENHAR - desenha o gráfico atual na tela. Se quiser imprimir uma cópia da tela utilize Ctrl P. Veja a seção ??? para mais detalhes. IMPRIMIR - imprime o gráfico atual na saida já selecionada ao entrar no programa. Note que esta forma de impressão do gráfico utiliza as caracteres normais da impressora e não é uma cópia da tela (fig. ??). PROXIMO - escolhe o próximo gráfico na fila (se ainda tiver). ANTERIOR - volte ao gráfico anterior (se existe).

Mensagens de erro

Limitações e problemas

Notas técnicas

Bibliografia

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FITOPAC - versão 1

Figuras

Fig. 1. Diagrama de dispersão, com “etiquetas” nos pontos.

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programa PARAMS (manual versão 01/05/98)

Fig. 2 Gráfico de barras com número fixo (10 ) barras + resto (“outros”), com “etiquetas nas barras e sem efeito “3-D”

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FITOPAC - versão 1

Fig. 3. Gráfico de barras, com primeiros 75% do parâmetro representado, sem “resto” e com “etiquetas” e efeito “3-D”

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programa PARAMS (manual versão 01/05/98)

Fig. 4. Parte da fig. 1 ampliada por modificação das escalas verticais e horizontais.

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PROGRAMA CRIAMAT

Função A função do programa CRIAMAT é de gerar uma matriz parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de levantamento, do tipo “FPD”. No arquivo de dados de levantamento existe uma lista de todos os indivíduos com suas respetivas medidas para cada unidade de amostragem (parcela ou ponto), exatamente o que é preciso para calcular os parâmetros fitossociológicos para o levantamento. Este formato, porém, não é apropriado para outros tipos de análise, particularmente análises de ordenação e agrupamento onde nos precisamos de uma matriz que contém as unidades de amostragem como linhas e as espécies como colunas e onde cada célula da matriz contém alguma medida da presença de uma dada espécie dentro de uma das unidades de amostragem. Esta medida pode ser simples presença ou ausência (geralmente representados por 1 e 0 respetivamente), ou alguma outra medida mais complexa como número de indivíduos (muito comum) ou área basal ou volume. Em levantamentos que utilizam o método de quadrantes, normalmente não faz sentido criar este tipo de matriz pois o número de indivíduos em cada ponto é a 4 e não é apropriado usar análises de agrupamento ou ordenação nestas circunstâncias. Este programa trabalha, portanto, somente com levantamentos feitos utilizando o método de parcelas.

Introdução Este programa forma o elo de ligação entre os programas “PREPARE” e “PARAMS” e o resto do FITOPAC. Normalmente, o primeiro o na análise dos dados de um levantamento será o cálculo dos parâmetros fitossociológicos, mas em muitos casos é interessante ar para uma fase posterior de análises mais detalhadas de variação dentro da área amostrada e detecção de padrões e gradientes ecológicos. Neste ponto, torna-se necessário uma mudança no formato dos dados pois este último conjunto de análises geralmente trabalha com um resumo dos dados, onde os dados originais de cada indivíduo são descartados e substituídos com algum tipo de média ou contagem para a unidade de amostragem. CRIAMAT permite a criação de uma matriz deste tipo e seu armazenamento na forma de um arquivo do tipo “FPM” para análises posteriores (veja também a seção “Uso de arquivos em FITOPAC”). O programa tem opções para criar os seguintes tipos de matriz :• presença/ausência • número de indivíduos • área basal • volume (é necessário ter dados de altura no arquivo “FPD” para este tipo de matriz) O programa também tem facilidades para manipulação da matriz, incluindo transformações dos dados e a retirada de espécies raras.

Arquivos necessários Este programa utiliza um arquivo de entrada e um de saída. O arquivo de entrada é um arquivo do tipo “FPD”, descrevendo um levantamento utilizando parcelas. O arquivo de saída é um arquivo do tipo “FPM” que contem a matriz criada por CRIAMAT. Os arquivos podem ser especificados na linha de comando, na forma CRIAMAT ENTRADA SAIDA. Assim, “CRIAMAT SAOJOSE” vai utilizar “SAOJOSE.FPD” como arquivo de entrada e vai criar o arquivo “SAOJOSE.FPM” como o arquivo de saída, enquanto “CRIAMAT SAOJOSE SJ1” vais utilizar “SAOJOSE.FPD” como entrada e “SJ1.FPM” como saída. Como sempre, os arquivos também podem ser especificados dentro do programa utilizando o comando “ARQUIVOS”.

Utilização A tela principal é apresentada abaixo :-

Arquivos Rotas Tipo Filtro matriZ Modificar masC Gravar Imprimir Sair Escolher o tipo de matriz desejado (no. indivs, pres./abs., etc.) -------------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : GENEBRA.FPD Arquivo saida : GENEBRA Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\

Tipo de matriz : No. de individuos

Os comandos disponíveis são os seguintes :- Tipo, Filtro*, matriZ*, Modificar**, masC**, Gravar** e Imprimir**, sendo que os comandos marcados com um asterisco estão disponíveis somente após a escolha de um arquivo “FPD” de entrada e os comandos marcados com dois asteriscos estão disponíveis somente após a criação de uma matriz. Segue uma descrição de cada comando. TIPO - Especificar o tipo de matriz que você pretende criar. Ao escolher esta opção, o programa abre um menu :A - Numero de individuos B - Area basal C - Volume D - Presença/ausencia

Você pode escolher qual destes tipos de matriz que pretende criar, com as seguintes cracterísticas Número de indivíduos - conta quantos indivíduos de cada espécie tem em cada unidade de amostragem. Área basal - calcula a área basal total de cada espécie em cada unidade de amostragem Volume - calcula o volume total (em forma de cilindro - área basal x altura) de cada espécie em cada unidade de amostragem. Note que é necessário ter medidas de altura no arquivo “FPD” para poder utilizar esta opção. Presença/ausência - indica a presença de uma espécie numa unidade de amostragem com um “1” e sua ausência por um “0”. FILTRO - aplica um filtro na entrada de dados para selecionar somente um subconjunto dos dados - por ex. eliminar algumas espécies/amostras, selecionar somente indivíduos acima de 10 cm de diâmetro, etc. Veja a seção “especificando “filtros” ” para mais explicações. MATRIZ - criar a matriz utilizando o arquivo, o filtro e o tipo de matriz selecionados. MODIFICAR - Modificar a matriz criada - transformar, etc. utilizando o conjunto padrão de ferramentas de modificação de matrizes. Veja a seção “manipulando matrizes ” para mais detalhes. MASCARAR -

Mascarar as espécies raras. Note que as espécies raras são mascaradas e não eliminadas permanentemente. Isso quer dizer que você pode restaurar estas espécies em casos onde muda de idéia, ou onde o critério de exclusão que utilizou não estava correto. Ao escolher este comando, o programa apresenta um menu para determinar qual o critério que deve ser usado para mascarar espécies raras. O critério usado para medir raridade e o valor de corte podem ser determinados :-

A - No. de amostras B - Porcentagem C - Valor absoluto

onde : no. de amostras - espécies serão mascaradas se ocorrem num número de unidades de amostragem menor que um número mínimo especificado no próximo o. Porcentagem - espécies mascaradas não atingem um mínimo de porcentagem (do número de indivíduos, área basal ou volume - equivalente a densidade relativa, dominância relativa e volume relativa respectivamente) que será especificada no próximo o. Valor absoluto - as espécies mascaradas tem um valor absoluto (de no. de indivíduos, área basal ou volume) menor que o valor especificado no próximo o. Em seguida, o programa abre uma tela para pedir que você especifique o valor mínimo aceitável para inclusão de uma espécie. Note que uma espécie com um valor (no. de amostras, porcentagem ou valor absoluto) menor que o valor especificado será mascarada, enquanto espécies que tem um valor maior ou igual ao valor especificado serão mantidas. Após a escolha do valor de corte, o programa determina quais são as espécies que serão mascaradas e apresenta uma mensagem na tela, indicando quantas espécies foram mascaradas e quantas sobraram :-

** Foram mascaradas XX especies ** Deixando um total de YY especies

Se, por algum motivo você não está satisfeito com o resultado (o critério foi rigoroso demais, deixando poucas espécies ou foi aplicado o critério errado), pode utilizar os recursos de modificação da matriz para restaurar as espécies mascaradas (veja a seção ”manipulando matrizes” para mais informações). Também pode criar diversas matrizes, com diferentes critérios de exclusão aplicando o comando “MASCARAR” diversos vezes, tomando o cuidado de gravar cada matriz formada (com nomes diferentes) e restaurando as espécies mascaradas após a gravação da matriz. GRAVAR - grava a matriz no disco como arquivo. Ao escolher este comando, o programa abre um menu que pede o formato de arquivo desejado :-

A - Fitopac B - Cornell

Onde Fitopac é o formato normal do FITOPAC (Um arquivo “FPM”) e “Cornell” é o formato usado pelos programas como “DECORANA”, “TWINSPAN” e “CANOCO”. Se necessário, pode gravar cada matriz duas vezes, uma em cada formato.

Após a escolha do formato de gravação, o programa pede o nome do arquivo de saída que no caso de arquivo FITOPAC normalmente será o nome do arquivo de entrada com a extensão “FPM”. Por exemplo, se você bateu “CRIAMAT SAOJOSE” para entrar no programa, o arquivo de saída criado automaticamente será “SAOJOSE.FPM”. Normalmente, é melhor manter o nome sugerido pelo programa, mas, se necessário, você pode alterar este nome - isso geralmente só é requerido no caso de gravar diversas versões da matriz com diferentes níveis de corte ou com diferentes transformações dos dados, onde obviamente, não é possível utilizar o mesmo nome para todos os arquivos resultantes. Mesmo em casos onde precisa utilizar diferentes nomes de arquivo, sugiro a manutenção sempre da extensão (“FPM” para arquivos FITOPAC e “DAT” para arquivos Cornell) para simplificar uso dos arquivos com outros programas. Repare que espécies (ou amostras) mascaradas não são incluídas na matriz gravada, e se você quer manter uma matriz com todas as espécies, esta deve ser gravada antes de utilizar as facilidades para mascarar espécies raras (ou mascarar amostras). Finalmente, antes de gravar a matriz no arquivo designado, o programa abre uma tela com campos para título, etc. permitindo que você anota as modificações feitas e estas anotações aparecem nas listagens de resultados de todos os programas que utilizam esta matriz :Verifique as informaçoes complementares da matriz Titulo : {aqui você pode especificar

a origem dos dados e qualquer critério de

exclusão de espécies raras aplicado para esta matriz}

Responsavel {nome do responsável pelos dados - normalmente idêntico ao responsável pelo levantamento}

Colunas da matriz sao : {normalmente espécies}

Linhas da matriz sao : {normalmente amostras ou parcelas}

Geralmente é bastante útil manter estes dados atualizados pois eles ajudam entender a saida das análises realizadas posteriormente, particularmente em casos onde você cria um número muito grande de arquivos com diferentes critérios de corte, transformações, etc., e onde é possível confundir o que foi feito em cada matriz. IMPRIMIR - imprime a matriz, ou para um arquivo de listagem (o “default” do programa), ou diretamente para a impressora se você tecla “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída.

PROGRAMA MATRIZ

Função O programa matriz fornece funções para manipulação de matrizes de dados e para “tradução” de matrizes em um formato de arquivo para outro. Permite também a entrada direta de matrizes de dados por meio de uma planilha simples. Este programa tem facilidades para editar uma matriz de dados, transformar linhas ou colunas da matriz, eliminar linhas ou colunas, transpor a matriz e imprimir a matriz, além de funções para “importar” arquivos em outros formatos para o formato “FITOPAC” e “exportar” dados para uma variedade de outros formatos. É especialmente importante notar que este programa forma um elo de ligação entre FITOPAC e programas como “DECORANA”, “TWINSPAN” e “CANOCO”, facilitando o uso de outros tipos de análise não fornecidos no próprio FITOPAC.

Introdução Embora os programas do FITOPAC forne,cam todas as etapas necessárias para produção de matrizes do tipo “amostra x espécie” a partir dos arquivos originais de dados de campo, em muitos casos é necessário introduzir outros tipos de matrizes de dados que são adquiridos diretamente em forma de matriz. Um exemplo seria dados de composição de solo, que normalmente seriam obtidos como uma série de variáveis para cada amostra, e que naturalmente formam uma matriz com as amostras formando as linhas e as variáveis medidas formando as colunas. Caso deseja analisar este tipo de dados utilizando os programas do FITOPAC, é necessário ter uma maneira de introduzi-los para produzir um arquivo tipo “FPM” que pode ser lido pelo programa apropriado. Tentou-se fornecer, no atual programa, um utilitário capaz de “traduzir” dados em forma de matriz para o formato requerido pelo FITOPAC via uma planilha simples que permite entrar os dados, junto com funções que facilitam a manipulação da matriz. Além da entrada direta de dados, o programa funciona como um “tradutor” ou centro de intercâmbio entre diversos formatos de arquivo, e pode ser útil mesmo que você não queira utilizar o próprio formato FITOPAC. Utilizando “MATRIZ” é possível criar e manipular uma matriz de dados com Lotus 123 e depois transformar o arquivo “WK1” do Lotus em arquivo “SYSTAT”, sem a necessidade de produzir um arquivo “ASCII” intermediário como normalmente seria o caso. Entre os formatos disponíveis (veja “arquivos necessários”, abaixo), o formato “CORNELL” é particularmente útil pois este é utilizado pelos programas “DECORANA”, “TWINSPAN” e, mais recentemente, “CANOCO” - todos amplamente usados na análise de dados ecológicos. Este formato não está disponível em pacotes comerciais e pode ser bastante trabalhoso converter um arquivo em outro formato para uso com programas que utilizem o formato CORNELL. Espero, portanto, que esta tradução seja útil para pesquisadores na área de fitossociologia. É essencial, porém, ler a seção sobre limitações do programa antes de utilizar “MATRIZ” para tradução de arquivos. Dada a diversidade em estrutura de arquivo possível, e os diferentes graus de sofisticação de funções que podem ser representadas em cada formato de arquivo, é impossível fornecer um programa que possa traduzir qualquer arquivo (por exemplo do Lotus 123) para todos os outros formatos. Neste programa, não tentei incluir todas as possiveis variantes para cada formato - a função do programa é de traduzir matrizes simples, no máximo com nomes de variáveis e amostras, e com dados numéricos. Não tem facilidades para dados não-numéricos. Quando utilizar este programa, examine os dados usando a planilha, ou imprima a matriz, ou examine o arquivo resultante com um editor de texto para confirmar que a tradução realmente foi bem sucedida. Não dá para confiar cegamente no processo de tradução porque não é possivel prever todas as possiveis “complicações” que podem surgir ! Repare também que o programa não faz uma verificação de dados quando você está importando de outros formatos (exceto no caso de arquivos ASCII). Supõe-se que o arquivo especificado seja um arquivo válido no formato especificado - por ex. que um arquivo “SYS” foi criado pelo pacote SYSTAT e pode ser lido por aquele programa. Erros no arquivo sendo importado provavelmente darão resultados inesperados e podem jogar você fora do programa ou “travar” o micro. Portanto, antes de tentar importar um arquivo, verifique que realmente é válido e pode ser lido pelo pacote utilizado para criá-lo.

1

FITOPAC - versão 1

Arquivos necessários MATRIZ pode importar e exportar arquivos em diversos formatos, embora a representação interna dos dados e o tipo de arquivo básico seja de um arquivo “FPM” do FITOPAC. Os formatos disponíveis no momento são os seguintes : FPM - formato normal do FITOPAC. ASCII - arquivos simples, contendo somente números, com espaços entre os números - essencialmente uma matriz de dados sem qualquer outro tipo de informações. Além do arquivo de dados, você pode precisar de um arquivo contendo os nomes das colunas e outro com nomes das linhas da matriz - veja a seção “importando dados” para mais informações. Diversos pacotes estatísticos ou planilhas conseguem ler este tipo de arquivo, e arquivos neste formato também podem ser importados pela maioria dos processadores de texto. CORNELL - formato condensado utilizado pelos programas produzidos pela Universidade de Cornell (DECORANA,TWINSPAN) e por CANOCO. Para detalhes deste formato, veja Hill (1979) ou ter Braak (1988). DIF - (Data Interchange Format) - muitas planilhas e pacotes estatísticas são capazes de importar e exportar arquivos neste formato. No momento, este formato é disponivel somente para exportar arquivos. NTSYS - formato utilizado pelo pacote “NTSYS” de Rohlf (1989). Este pacote tem diversas opções para taxonomia numérica e análises multivariadas. No momento, este formato é disponivel somente para exportar arquivos. SYSTAT - formato utilizado pelo pacote estatístico “SYSTAT”. Permite transferir dados para análise com este pacote sem a necessidade de produzir um arquivo ASCII intermediário. É válido somente para versão 3.0 do “SYSTAT”, mas versões posteriores ainda podem ler este formato. LOTUS 123 - formato da planilha LOTUS 123 (arquivos WK1 - da versão 2.1). Permite intercambiar dados diretamente com esta planilha. É possivel, portanto, utilizar 123 para entrar e manipular matrizes de dados e depois transferi-los diretamente para FITOPAC. Muitas planilhas (por ex. Excell) e programas estatísticos ou gráficos podem ler este formato. As combinações de importação e exportação de dados disponíveis estão resumidos na fig. ?.

Utilização

Especificando arquivos A especificação dos arquivos a serem usados segue o esquema normal do FITOPAC, sendo necessário colocar somente o nome do arquivo de dados quando chamar o programa - por ex. “MATRIZ SAOJOSE”, onde “SAOJOSE” é o nome do arquivo de dados que deseja manipular. Em geral, o programa tenta “adivinhar” a extensão apropriada para cada tipo de arquivo, e não é necessário digitar a extensão se você vai utilizar o conjunto padrão de extensões. Repare que alguns programas como “SYSTAT” exigem o uso de uma extensão especifica (neste caso “SYS") e não aceitam outras extensões. Portanto, geralmente é preferível utilizar as extensões fornecidas pelo programa e não altera-las. As extensões utilizadas aqui são as seguintes :FITOPAC - FPM CORNELL - DAT ASCII - DAT LOTUS 123 - WK1 SYSTAT - SYS DIF - DIF

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programa MATRIZ (manual versão 01/05/98)

Tela principal : Arquivos Rotas Imptipo eXptipo Ler Titulos Modificar Exportar imPrimir Sair Tipos de arquivo para importaçao/exportaçao ------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1 Arquivo saida : MAT1

Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipos de arquivo Importaçao : FPM Exportaçao : FPM -------------------------------------------------------------

Os principais comandos disponíveis são Imptipo, eXptipo, Ler, Títulos, *Modificar, *Exportar e *imPrimir, dos quais os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de ler uma matriz de dados. Segue uma descrição de cada comando :IMPTIPO - selecione o tipo de arquivo a ser usado para importação de dados. Ao acionar este comando, aparece um menu com as opções importação. (a opção pré-selecionado é “FPM” - o formato normal do FITOPAC). Note que o menu de importação não é idêntico ao menu de exportação pois alguns formatos podem ser utilizados somente para exportação. Tipo de arquivo ?... F - FPM A - ASCII C - Cornell S - Systat W - Lotus WK1 D - Direta

Escolha a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar, e o programa voltará à tela principal. No caso da opção “D”, entrar dados diretamente, o programa cria uma matriz vazia e depois entra diretamente no modo planilha, pronto para entrada dos dados. Para mais informações sobre a planilha, veja a seção “Utilizando a planilha”. EXPTIPO - selecione o tipo de arquivo a ser usado para exportação de dados. Ao acionar este comando, aparece um menu com as opções para exportação.

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FITOPAC - versão 1

Tipo de arquivo ?... F - FPM A - ASCII C - Cornell S - Systat W - Lotus WK1 N - NTSYS D - DIF

Escolhe a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar, e o programa voltará à tela principal.

TÍTULOS - altera o título e outras informações sobre a matriz que foi importada. No mínimo o título será exportado junto com os dados na maioria de formatos de exportação. Embora não seja essencial colocar um título, frequentemente este é útil para identificar diferentes matrizes, especialmente quando você está trabalhando com análises mais complexas que produzem diversas matrizes de dados. Note que quando a opção de exportação é “FPM” (formato FITOPAC), o programa vai abrir esta tela automaticamente, antes de gravar a matriz. LER - iniciar a leitura de um arquivo de dados. Para a maioria das opções de formato, o programa começa a importar os dados imediatamente, parando somente quando os dados foram lidos ou se ocorrer um erro que o programa é capaz de detectar. Se não ocorreu algum erro, o programa apresenta uma mensagem indicando quantos linhas e colunas da matriz foram lidas. Estas informações devem ser verificadas com cuidado para confirmar que todos os dados foram importados corretamente. Para alguns formatos, o programa precisa de informações complementares antes de iniciar a importação e mostrará uma tela de perguntas antes de começar a importação. No caso de arquivos em formato “WK1”, o programa mostrará a seguinte tela :-

Tipo de leitura do arquivo ? Transpor enquanto le Nao Se quiser, o programa vai transpor a matriz enquanto está lendo os dados. Esta opção é útil se você quer colocar as linhas da planilha nas colunas da matriz e as colunas da planilha nas linhas da matriz. Permite o uso da planilha para entrar matrizes de dados binários onde o número de variáveis aceitável pelo FITOPAC é maior que o número de colunas disponíveis na planilha. Converter em presença/ausencia Nao Permite converter uma matriz armazenada na planilha em matriz binário. Normalmente qualquer matriz em planilha é tratada como uma matriz de dados quantitativos, com um limite máximo de 250 variáveis. Valor de corte para presença/ausencia 0.0000 Em conversões para matrizes de presença/ausência, qualquer valor acima do valor indicado aqui é considerado uma “presença” e convertido em valor “1”, enquanto valores iguais ou menores que o valor indicado são tratados como ausências e recebem o valor “0”. O valor pré-estabelecido de 0.0 normalmente é o mais usado, mas caso você queira tratar valores abaixo de um certo nível como ausências, esta opção permite. É utilizado somente na conversão para arquivos binários.

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programa MATRIZ (manual versão 01/05/98)

A opção de transposição da matriz enquanto é lida pelo programa permite a manipulação de matrizes que não caberiam dentro de uma planilha normal, e pode ser utilizada junto com a opção semelhante no processo de exportação de dados (veja “EXPORTAR” para mais informações). Se

´

não quiser utilizar qualquer uma destas opções, pode usar para continuar. Para arquivos em formato “ASCII”, o procedimento é um pouco mais complexo, pois o programa precisa de algumas informações adicionais antes de começar a importação. O primeiro o é indicar o tipo de dados que você pretende importar, escolhendo a opção apropriada do menu “Tipo de dados” :-

Q - Quantitativo P - Presença/ausencia X - miXto

Dados quantitativos são quantidades numéricas, como área basal, número de individuos, comprimentos, pesos, etc. Dados do tipo presença/ausência são dados onde somente a presença ou ausência de uma espécie ou caractere é indicada, sem qualquer preocupação com a quantidade presente. Dados mistos incluem uma mistura de dados quantitativos e binários. Depois deste menu, aparece uma tela “Descrição da Matriz” com vários campos pedindo informações sobre os dados a serem importados :Quantas variáveis : 0 Indique quantas variáveis (colunas) a matriz tem. Esta informação é essencial - você não vai poder continuar sem este dado - e a resposta deve ser um número inteiro de 1 até o máximo permitido por esta versão do programa. Titulo : Bate um título que descreve a matriz de dados. Não é essencial, mas ajuda você a identificar a matriz depois, especialmente se você tem um grande número de matrizes diferentes.

Tem dados faltando : Nao Se não tiver dados faltando na matriz, pode pular este campo e o próximo,

´

simplesmente apertando . Caso você tenha dados faltando, use a tecla de espaço ou “s” para mudar este campo para “sim” e depois preenche o próximo campo -

Valor usado para indicar dados faltando : -9999.0000 Aqui, você digita o valor que utilizou para indicar dados faltando na sua matriz - pode ser qualquer valor numérico, -999 é comum, mas não deve ser um valor que pode ocorrer entre os dados normais.

´

Uma vez que completou os campos desta tela (não esqueça do para sair), o programa começa a importar os dados, parando se encontrar qualquer tipo de caractere não numérico. O arquivo ASCII só pode conter números e espaços ! Se um caractere “proibido” é encontrado, o programa tentará dar alguma indicação de onde ocorreu o problema, mas pára neste ponto e você precisará utilizar um editor de texto para corrigir seu arquivo antes de continuar. Quando o arquivo de dados acaba, o programa informará quantos linhas de dados foram lidas verifique estas informações para ter certeza que a leitura de dados foi bem-sucedida ! O programa em seguida vai pedir informações sobre os nomes das variáveis com o menu “Nomes das variáveis” :-

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FITOPAC - versão 1

A - Criar automaticamente - “Var1 a VarN" B - Ler os nomes de um arquivo C - Entrar diretamente pelo teclado

Criar automaticamente - neste caso o próprio programa se encarrega de criar uma série de nomes, do tipo Var1, Var2, etc. para cada variável. Se você seleciona esta opção, o programa vai pedir um prefixo para os números das variáveis. O prefixo já fornecido pelo programa é “Var”, e caso prefira utilizar este,

«

basta apertar a tecla . Se quiser modificar o prefixo, tecle o prefixo desejado. Por exemplo, entrando “Eixo” como prefixo vai resultar em variáveis com nomes do tipo Eixo1, Eixo2, etc. Ler os nomes de um arquivo - Na maioria dos casos, é mais conveniente dar nomes individuais para cada variável. Quando o número de variáveis é grande, esta opção oferece o método mais conveniente de fornecer os nomes. Para utilizar esta opção, você precisa criar, antes de entrar no programa “MATRIZ”, um arquivo ASCII contendo os nomes das variáveis, um por linha. Este arquivo pode ser criado com um processador de texto em modo “não documento” (sem formatação). Pode deixar uma linha em branco onde não quer dar um nome para alguma variável, mas o número de linhas no arquivo tem que ser igual ao número de variáveis. Quando o programa pedir, bata o nome do arquivo contendo os nomes e estes serão lidos diretamente. Entrar diretamente pelo teclado - em casos onde o número de variáveis não é tão grande ou onde você prefere não criar outros arquivos, esta opção permite que você digita os nomes das variáveis diretamente. O programa abre uma janela de edição, com uma linha numerada para você incluir onome de cada

³ ´

variável, usando as teclas de seta e e para colocar o cursor na linha correspondente ao nome que você deseja incluir. Note que os nomes podem ser preenchidos em qualquer ordem, mas o nome no. 1 tem que corresponder a variável 1, o nome no. 2 à segunda variável, e assim por

°

diante. Lembre de usar a tecla para sair da janela de edição. Uma vez que os nomes das variáveis foram criados ou lidos, o programa também vai solicitar nomes para as linhas (amostras). O menu e as opções oferecidas aqui são praticamente idênticos àqueles dos nomes das variáveis, com a exceção da última opção “Usar uma das variáveis (colunas)”, que permite copiar os valores em uma das variáveis para uso como nome. Isso pode ser útil se uma das variáveis representar um grupo ao qual a amostra pertence e você quer somente uma indicação do grupo no nome da amostra. MODIFICAR - Modificar a matriz, transformar dados, mascarar ou eliminar linhas ou colunas, utilizar a planilha, acresentar dados de uma outra matriz, etc. Veja a seção “??” para uma explicação mais detalhada. EXPORTAR - Exportar a matriz no formato de exportação esolhido com o comando TIPOS. Para alguns formatos (SYSTAT, Cornell), o processo é totalmente automático, e o programa simplesmente informa quando termina de gravar o arquivo de saída. Nos outros formatos, o programa vai solicitar algumas informações complementares. Para arquivos ASCII e DIF :-

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programa MATRIZ (manual versão 01/05/98)

Especificaçao da saida

Comprimento dos nomes das variáveis

8 Indique aqui o comprimento, em no. de caracteres, dos nomes de variáveis e linhas da matriz no(s) arquivo(s) de saída.

Permitir “_” em nomes de variáveis ?

Sim Permitir ou não a presença do caratere “_” nos nomes de variáveis e objetos. No caso de nomes com duas partes (por ex. nomes de espécies). O uso deste caractere torna os nomes mais legíveis, mas alguns pacotes estatísticos não permitem o uso deste caractere em nomes de variáveis.

Incluir nomes das amostras

Sim No caso de arquivos DIF, incluir ou não os nomes de amostras como uma das colunas da matriz. Este tipo de variável pode ser lido por planilhas, mas alguns pacotes estatísticas não aceitam variáveis não-numéricas. No caso de arquivos ASCII, os nomes são colocados dentro de um arquivo que contem um nome por linha.

Incluir nomes das variáveis

Sim No caso de arquivos DIF, incluir ou não os nomes das variáveis como uma linha da matriz. Pode ser lido por planilhas e alguns pacotes estatísticos, mas nem todos aceitam. No caso de arquivos ASCII, produz um arquivo contendo os nomes, um por linha.

No caso de arquivos NTSYS, o programa pergunta somente se você quer os nomes das variáveis e amostras. Para exportação em formato “WK1”, o programa pergunta se quer transpor a matriz enquanto é gravado. Para dados quantitativos, normalmente esta opção não é necessária, pois o número máximo de variáveis utilizado por FITOPAC é 250, e é, portanto, inferior ao número de colunas permitidas na maioria das planilhas (geralmente 256). Para dados binários, porém, FITOPAC pode aceitar até 1000 variáveis e estas não caberiam na planilha. Neste caso, se o número de linhas na sua matriz é inferior a 256, você pode transpor a matriz, que então será gravada na planilha com as linhas originais nas colunas e as colunas nas linhas. Como a importação de arquivos “WK1” também permite transpor a matriz, este método pode ser usado para manipular matrizes que normalmente não caberiam na planilha. Se a sua matriz tiver mais que 256 linhas e 256 colunas, voçê precisará “cortar” a matriz em blocos, utilizando as facilidades para mascarar linhas e colunas, antes de tentar exportá-la para este formato. Note que o programa NÃO verifica os limites da matriz antes de gravá-la e é capaz de produzir um arquivo “WK1” que ultraa o tamanho máximo permitido por Lotus 123 e outras planilhas. Para exportação em formato “FPM”, o programa abre uma tela para verificação das informações complementares da matriz antes de gravá-la. Embora não sejam obrigatórias, estas informações complementares ajudam a identificar o arquivo, e podem ser úteis quando se tem um número elevado de arquivos com diferentes matrizes. IMPRIMIR - Imprimir a matriz ou num arquivo no disco ou diretamente na impressora. Quando você seleciona esta opção, o programa vai pedir o nome do arquivo a ser usado para imprimir. Se quiser mandar a matriz diretamente para a impressora, digite “IMP” ou “PRN” para o nome de arquivo.

Mensagens de Erro

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FITOPAC - versão 1

Limitações e problemas Cada formato de arquivo incluído aqui tem certas limitações em termos de características como comprimento permitido para nomes de variáveis, caracteres permitidos em nomes, grau de precisão e outras atributos. É impossível prever todas as combinações necessários para os diferentes programas estatísticos e planilhas, e você precisa estar ciente das limitações dos formatos que pretende usar e do atual programa. Em geral, nomes de colunas e linhas podem ter no máximo 35 caracteres em FITOPAC. Como a maioria de pacotes estatísticos utilizam nomes mais curtos (geralmente 8 ou 12 caracteres), normalmente não ocorrem problemas na importação de dados destes pacotes, mas nomes mais compridos em planilhas serão truncados. O tamanho do nome pode ser mais problemático na exportação, onde você precisa saber o comprimento do nome usado pelo programa que você pretende empregar. No caso dos formatos SYSTAT e Cornell, o programa automaticamente produz nomes do tamanho correto, mas para arquivos DIF ou ASCII, é necessário que você especifique este dado. Também existem, para alguns programas, limitações nos caracteres permitidos em nomes de variáveis - por ex. STATGRAPHICS não permite o uso do caractere “_” no nome, enquanto SYSTAT aceita sem problemas. O formato DIF pode ser usado para transferir dados de FITOPAC para STATGRAPHICS e, portanto, é necessário neste caso especificar se este caractere pode ser utilizado. Seguem algumas observações mais específicas sobre cada formato : Cornell - a leitura de arquivos em formato Cornell é sujeita a várias limitações sérias. A mais importante destas é a necessidade de ter pelo menos um espaço entre números (fig. ??). O programa não lê o formato FORTRAN especificado no início do arquivo Cornell (veja Hill 1979 ou ter Braak 1988 para uma descrição do formato Cornell), e pressupõe que todos os números individuais estejam separados por espaços, embora seja possível produzir um arquivo perfeitamente válido para o formato Cornell onde não há espaços entre os números (fig. ??). Na maioria dos casos, isto não se constitui em um problema sério, pois é necessário somente inserir espaços nas colunas apropriadas no arquivo Cornell para permitir leitura do arquivo, e de qualquer modo, a maioria de pesquisadores que utilizam o pacote Cornell já deixam espaços entre os dados. Repare que os programas do pacote Cornell geralmente têm limites muito mais amplos no número de espécies e amostras, porque utilizam um sistema de armazenamento mais eficiente para matrizes esparsas com muitos zeros. Se você tenta traduzir um arquivo que exceda os limites impostos pelo FITOPAC, receberá uma mensagem de erro, e a matriz não será traduzida. Na exportação de arquivos para o formato Cornell, não deve haver grandes problemas. No caso de matrizes do tipo presença/ausência, é possível você exceder o limite de número de espécies para programas do pacote Cornell - a ocorrência deste tipo de erro depende da versão do pacote que você está utilizando. Também é possível exceder o espaço de armazenamento disponível se tiver uma matriz cheia, com poucos valores de zero, mesmo que os números de espécies e amostras estejam dentro dos limites teóricos do programa - veja o manual de Hill (1979) para informações sobre este problema. Lotus 123 - o programa consegue ler matrizes simples, contendo somente dados numéricos e nomes de colunas e linhas. Os nomes das colunas (variáveis) devem estar na primeira linha da planilha, e os nomes das linhas (amostras), na primeira coluna. Dados não-numéricos em qualquer outra posição na planilha serão solenemente descartados e substituídos por “valor faltando”. No caso de linhas ou colunas inteiramente não-numéricas, estas serão descartadas. Onde foram colocadas fórmulas na planilha, o programa lê o valor numérico associado com a fórmula, mas descarta todas as informações sobre a fórmula em si. Uma vez que foi feita a tradução, não há maneira de se recuperar as fórmulas originais. O programa ignora gráficos e formatação dentro da planilha. Portanto, não adianta “bolar” uma planilha complicadíssima com tudo quanto é tipo de formatação, etc. e esperar que vá ser traduzida fielmente. A intenção aqui é traduzir o tipo de matriz simples que geralmente é encontrado em estudos fitossociológicos. A planilha produzida quando se exporta para Lotus 123 contém a matriz com os nomes das variáveis (colunas) na primeira linha e os nomes das amostras (linhas) na primeira coluna. Os dados numéricos são inseridos nas linhas e colunas apropriadas, e valores faltando são representados por uma célula em branco. Repare que o programa não verifica limites de tamanho de matriz, etc. Você deve verificar se a matriz resultante cabe dentro de uma planilha 123. SYSTAT - o programa lê e escreve diretamente o formato binário utilizado por SYSTAT versão 3.0. Quando você importa um arquivo neste formato, são descartadas variáveis não-numéricas, com exceção da primeira, que será utilizada como nome das amostras, e são reconhecidos os dados faltando. Note que dados numéricos em FITOPAC são armazenados como números de 4 bytes e não 8 bytes como em SYSTAT. Pode haver, portanto, uma perda de precisão. No caso de exportação de arquivos para SYSTAT, não se faz qualquer verificação dos limites de número de colunas e linhas na matriz. É possível, assim, produzir uma matriz que exceda os limites da versão de SYSTAT que você está utilizando e em conseqüência você precisa verificar esta limitação antes de tentar utilizar o arquivo.

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programa MATRIZ (manual versão 01/05/98)

Notas técnicas

Bibliografia Hill, M.O. 1979. DECORANA. A FORTRAN Program for Detrended Correspondence Analysis and Reciprocal Averaging. Section of Ecology and Systematics, Cornell University, New York. Rohlf, F.J. 1989. NTSYS-pc. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. Version 1.5. Exeter Publishing Ltd., New York. ter Braak, C.J.F. 1988. CANOCO - a FORTRAN program for canonical community ordination by [partial] [detrended] [canonical] correspondence analysis, principal components analysis and redundancy analysis (version 2.1). Agricultural Mathematics Group, Wageningen.

9

PROGRAMA COEF

Função O programa “COEF” permite o cálculo e gravação de matrizes de coeficientes de distância ou semelhança para uso em análise de aglomerados e análise de coordenados pricipais. Utiliza, como entrada, matrizes retangulares de dados no formato “FPM”, contendo dados numéricos (quantitativos), binários (presença/ausência) ou mixtos (com diferentes tipos de variáveis). Também é possível imprimir e manipular em várias maneiras a matriz de coeficientes produzida. Normalmente, o uso deste programa é essencial para produzir as matrizes necessárias para análise de aglomerados. O programa tem, ainda, algumas facilidades para comparar matrizes e converter entre diferentes formatos de arquivo, e tem facilidades para calcular distâncias geográficas entre localides quando fornecido com os coordenados correspondentes.

Introdução Este programa serve como elo de ligação entre as matrizes de dados produzidas pelos programas CRIAMAT e MATRIZ e os programas CLUSTER e ORD (quando se deseja utilizar Análise de Coordenados Principais). Para diversos tipos de análise, é essencial calcular uma matriz que mostra o grau de semelhança ou dessemelhança entre uma série de amostras ou espécies. Esta matriz contém todas as possíveis comparações entre pares dos objetos sendo comparados (também conhecidos como Unidades Taxonômicas Operacionais - UTOs - na literatura de taxonomia numérica). Como as comparações normalmente são simétricas, não importando se você compara objeto A com B ou B com A, é necessário armazenar somente a metade da matriz, na forma de uma matriz triangular. COEF permite o cálculo e armazenamento de uma matriz deste tipo, oferecendo diversos coeficientes de semelhança e distâncias amplamente utilizados para estudos ecológicos e taxonômicos. Não é possível discutir as propriedades de todos os coeficientes dentro deste manual. Para informações mais completas, recomendo Dunn & Everitt (1982), Clifford & Stevenson (1975), Gordon (1981), Legendre & Legendre (1983), Pielou (1984) e Sneath & Sokal(1973).

Arquivos necessários O arquivo de entrada para este programa é um arquivo de tipo “FPM”, contendo uma matriz de dados onde as linhas da matriz representam os objetos a serem comparadas. A matriz normal produzida pelo programa CRIAMAT coloca as amostras como linhas, e portanto, a matriz calculada pelo COEF a partir de um arquivo “FPM” deste tipo será uma matriz de semelhanças entre amostras. Caso quiser fazer uma comparação entre espécies, precisa transpor a matriz “FPM”, ou na hora de produzí-la, ou na opção de modificação de matriz no próprio COEF. As saidas do programa são um arquivo do tipo “FPC” contendo a matriz de coeficientes e, se optar pela impressão da matriz, um arquivo LST contendo a listagem. Normalmente é necessário especificar somente o nome do arquivo “FPM”, e o programa cria automaticamente um arquivo “FPC” com o mesmo nome do arquivo de entrada. Por ex., COEF SAOJOSE vai utilizar o arquivo SAOJOSE.FPM como entrada e produz SAOJOSE.FPC como saida (e SAOJOSE.LST, caso pede uma listagem da matriz). Se por alguma razão você prefere um outro nome para o arquivo “FPC”, basta especifica-lo como segundo nome de arquivo quando chama o programa - por ex. COEF SAOJOSE SAOPAULO vai utilizar o arquivo SAOJOSE.FPM como entrada e SAOPAULO.FPC como saida.

1

FITOPAC - versão 1

Utilização Tela principal : Arquivos Rotas Ler Coef. fOrmato Modificar calcUlar Imprimir Manipular Sair Escolher o coeficiente a ser calculado -----------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1.FPM no. de objects : 11 [0] Arquivo saida : MAT1.FPC no. de variables : 200 [0] Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Coeficiente atual : distancia euclidiana simples test data set - succesive 10 % overlaps

As opções oferecidas no menu principal são Ler, *coef, formato, *modificar, *calcular, imprimir e manipular. Os itens marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de selecionar um arquivo de entrada, e no caso de imprimir, após o cálculo dos coeficientes. Segue a explicação de cada ítem :LER - ler o arquivo de dados. Você só vai poder selecionar o coeficiente após a leitura do arquivo de dados. COEF[ICIENTE] - selecione o tipo de coeficiente que deseja calcular. Ao escolher esta opção, aparece um menu de coeficientes mostrando todos os coeficientes disponiveis no programa para o tipo de arquivo de dados escolhido (binário, quantitativo ou mixto). Para dados binários

Para dados quantitativos

A - distancia euclidiana quadrada B - distancia euclidiana simples C - dist. euclid. quadrada media D - distancia euclidiana media E - distancia manhattan media F - Bray Curtis G - diferenca de tamanho H - diferenca de forma I - correlacao J - Marczewski-Steinhaus K - “simple matching" L - Jaccard M - Dice/Sorenson/Czekanowski N - Kulczynski O - Ochiai P - Baroni - Urbani & B Q - Rogers - Tanimoto R - Hamann S - Yule T - chi-quadrado U - chi-quadrado com Yates

A - distancia euclidiana quadrada B - distancia euclidiana simples C - dist. euclid. quadrada media D - distancia euclidiana media E - distancia manhattan total F - distancia manhattan media G - Bray Curtis H - Canberra incl.0 dupl. I - Canberra excl.0 dupl. J - Morisita K - Morisita (mod. Horn) L - distancia corda M - diferenca de tamanho N - diferenca de forma O - correlacao P - Marczewski-Steinhaus Q - Kulczynski R - Gower S - Distancia geografica

2

programa COEF (manual versão 30/04/98)

Note que nem todos os coeficientes são aplicaveis com qualquer tipo de dados de entrada - veja a seção “Limitações e Problemas” para informações sobre possíveis incompatibilidades. Para dados binários, alguns coeficientes são exatamente iguais (por ex. Canberra e Manhattan média). Para dados mixtos, somente o coeficiente de Gower é disponível. FORMATO - escolher o formato do arquivo de coeficientes - pode ser FITOPAC (FPC) ou NTSYS. MODIFICAR - esta opção é muito importante pois permite a modificação da matriz de dados antes de calcular os coeficientes. As modificações disponíveis incluem transformar, eliminar ou mascarar linhas ou colunas da matriz, alem de transpor e imprimir a matriz de dados e o à planilha para inspeção e modificação de dados individuais. As transformações são particularmente importantes pois é necessário transformar as colunas da matriz antes de calcular muitos coeficientes. Veja o capítulo “Opções comuns a vários programas” para uma descrição mais detalhada desta opção. CALCULAR - inicia o calculo da matriz de coeficientes e a gravação do arquivo “FPC” onde são armazenados. IMPRIMIR - imprime a matriz de coeficientes num arquivo que terá o nome do arquivo de saida com a extensão “LST”. Tome cuidado com esta opção pois a listagem obtida pode ser muito volumosa, especialmente onde o número de objetos é grande. Lembre que o número de coeficientes na matriz é uma função do número de objetos ao quadrado ! A impressão de uma matriz de coeficientes destrui a matriz de dados que está na memória do micro e será necessário re-ler a matriz para calcular mais coeficientes. Veja a seção “Limitações e problemas” para mais informações. MANIPULAR - permite manipular arquivos de coeficientes (combinar arquivos, etc.) Veja a seção “Manipulando matrizes”.

Manipulando matrizes COEF oferece algumas facilidades para manipulação de matrizes de coeficientes. Estas incluem a possibilidade de combinar duas ou mais matrizes de dados, converter entre formatos de arquivo, calcular o complemento de uma matriz de coeficientes e calcular o coeficiente de correlação cofenética entre duas matrizes. cOmbinar conVerter comPlemento coFenetica Continue Combinar 2 ou mais matrizes de coeficientes ------------------------------------------------

------------------------------------------------------F1 Ajuda; F3 Selecionar; F4 Impressora; F5 Gravar config; F10 Sair

Segue uma descrição de cada opção :COMBINAR - permite combinar duas até quatro matrizes em uma matriz só. O principal uso desta opção é em casos onde você tem demais caracteres para calcular a matriz de coeficientes diretamente. Por exemplo, se tiver uma matriz com 650 caracteres quantitativos, não seria possível calcular uma matriz de coeficientes diretamente pois o máximo de caracteres quantitativos é 250. Mas voce pode criar 3 arquivos de dados, 2 com 250 caracteres e um com 150 caracteres, calcular um coeficiente para cada matriz, e depois combinar estas matrizes (dando um peso proporcional ao número de caracteres para cada um) para dar uma matriz final que é equivalente à matriz calculada diretamente utilizando todos os caracteres de uma vez. Desta maneira, efetivamente não existe limite para o número de caracteres, embora o limite para o número de objetos (400) continua válido. Você também pode utilizar esta facilidade para criar matrizes que combinam diferentes tipos de caracteres. Não é possível combinar distâncias com semelhanças, e o programa dará uma mensagem de erro se tentar. Ao selecionar esta opção, abre a seguinte tela:-

FITOPAC - versão 1

Arquivos a serem combinados

arquivo nnnnnn nnnnnn nnnnnn nnnnnn

peso 0.00 0.00 0.00 0.00

Nome de arquivo FPC contendo matriz de coeficientes

Você pode entrar com os nomes de até quatro matrizes que serão combinadas, junto com o peso a ser dado a cada uma. Este peso normalmente é igual ou proporcional ao número de caracteres usados para produzir cada matriz, mas você pode usar outros pesos, caso queira alterar o equilibrio entre as matrizes. O valor do coeficiente na matriz final é calculado a partir da seguinte expressão

C

f

=

pC+pC +pC +pC 1

1

2 4

2

3

3

4

4

∑p i =1

i

onde Ci é o valor do coeficiente em matriz 1 e pi é o valor dado para o peso para matriz 1. CONVERTER - permite converter arquivos de um formato para outro (por ex. FITOPAC → SYSTAT ou NTSYS). Ao escolher esta opção, aparece um menu mostrando as conversões disponíveis :-

A - FITOPAC > NTSYS B - NTSYS > FITOPAC C - FITOPAC > SYSTAT D - SYSTAT > FITOPAC

em seguida, aparece uma tela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saida a serem usados na conversão :Arquivos Arquivo de entrada ? : MAT1.FPC Arquivo de saida ? : MAT1.DAT

COMPLEMENTO - calcula o complemento da matriz de coeficientes - isto é, 1.0 - o valor de similaridade, transformando similaridade em distância. COFENETICA - calcula o coeficiente de correlação cofenética entre qualquer par de matrizes e mostra um gráfico plotando os valores da primeira matriz contra os valores correspondentes da segunda matriz. Semelhante à opção para correlação cofenética em programa CLUSTER, mas pode ser usado com outras matrizes e não somente com a dendrograma. Repare que só pode ser usado com matrizes do mesmo tamanho.

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programa COEF (manual versão 30/04/98)

Dados faltando Embora não seja tão comum em matrizes de dados ecológicos, matrizes de dados taxonômicos frequentamente contém dados faltando - em uma ou mais variáveis, não foi possível medir um ou mais dos objetos sendo estudados. A presença de dados faltando na matriz de dados não é um problema na maioria dos casos, pois o programa ignora comparações individuais onde faltam dados. O coeficiente é calculado somente com base nas comparações válidas entre os objetos. No caso de distâncias eclidianas e manhattan, porém, recomenda-se o uso da distância média pois a presença de dados faltando vai diminuir a distância total calculada. Este ponto é particularmente importante se tiver alguns objetos com muitos dados faltando - se não for usada a distância média, a matriz resultante vai subestimar as distâncias para estes objetos. Veja Dunn & Everitt (1982) e Clifford & Stephenson (1975) para uma discussão deste ponto. Um outro problema que pode surgir é a falta de comparações válidas, caso haja um número grande de dados faltando. No cálculo do coeficiente entre dois objetos, uma variável é rejeitada se um ou outro ou ambos os objetos tem dados faltando para esta variável. É possível que ocorra uma situação onde ambos os objetos tem aproximadamente a metade dos dados faltando, mas cada um tem variaveis diferentes faltando. O resultado vai ser uma tentativa de calcular semelhança ou distância entre objetos que não tem nenhum variável válida em comum, e a matriz não pode ser usada. Neste caso, o programa mostra uma mensagem de erro e para o processamento da matriz. A única maneira de resolver este problema é de eliminar um ou ambos os objetos envolvidos ou completar a matriz com dados novos. Em geral, matrizes com muitos dados faltando devem ser tratados com bastante cautela, pois os coeficientes calculados não são muito confiaveis.

Limitações e problemas O número máximo de objetos é 400, e não é possível ler uma matriz com mais que 400 linhas nesta versão. O número máximo de colunas (variaveis) depende do tipo de matriz. Para matrizes de dados quantitativos, o limite é 250 colunas. Para dados qualitativos (presença/ausência), o limite é 1000 colunas. O uso das facilidades para combinar matrizes, porém, permite utilizar um número quase ilimitado de variáveis (veja a seção “Manipulando matrizes"). Como não é possível armazenar os coeficientes calculados junto com a matriz de dados originais na memória RAM do micro, devido a limitações de espaço, quando você seleciona a opção para imprimir a matriz de coeficientes, o programa precisa remover a matriz de dados da memória RAM. Neste caso, qualquer modificações que foram feitas na matriz de dados são perdidas, e se você quiser calcular outos coeficientes utilizando a mesma matriz modificada, precisará refazer todas as modificações. Portanto, recomendo que, em casos onde você pretende modificar a matriz de dados e calcular diversos coeficientes, calcule todas as matrizes de coeficientes primeiro. Depois pode imprimí-las utilizando a opção de nome de arquivo na operação de impressão para controlar quais matrizes são impressas. Note que a opção de impressão pode imprimir qualquer matriz tipo “FPC” e não está restrita ao último arquivo gravado. Como alternativo, pode criar uma matriz já modificada utilizando CRIAMAT ou MATRIZ, e neste caso, é necessário somente recarregar a matriz após a impressão. No caso de cálculo de distância geográfica, existem algumas limitações importantes. Os coordenados geográficos devem estar em graus decimais (i.e. graus + (minutos + segundos/60)/60) com latitude na primeira coluna da matriz e longitude na segunda. Latitudes ao Sul devem ser negativos e longitudes Oeste também. Assim, os coordenados para a cidade de Campinas, SP ficariam : -22,88 de latitude e -47,08 de longitude. Não pode ter dados faltando !

Mensagens de erro O programa produz uma mensagem de erro quando encontra uma situação que produzirá uma matriz com valores que não são válidos. no. de comparações validas = 0 - a causa desta mensagem é a ausência de valores válidos para algum par de objetos. Esta situação geralmente ocorrerá em matrizes com muitos valores faltando. Veja o comentário em “Dados faltando”, acima. Este problema pode ser evitado por eliminação de um ou ambos os objetos envolvidos, ou completando a matriz com mais dados reais para estes objetos, se possível. Valor do coeficiente não definido - geralmente ocorre quando se usa um coeficiente de correlação, e um ou ambos os objetos tem exatamente o mesmo valor para todas suas variáveis. Com dados binários, ocorre 5

FITOPAC - versão 1

quando d e (b ou c) tem valores de 0. Pode ser corrigido removendo um ou ambos os objetos, ou alterando a codificação das variáveis.

Notas técnicas Os coeficientes não são armazenados em RAM, mas são gravados imediatamente no arquivo “FPC”, devido ao problema de armazenar a matriz de dados e a matriz de coeficientes ao mesmo tempo. Quando se opta pela impressão da matriz de coeficientes, a cópia da matriz de dados que está na memória RAM é destruida e os coeficientes recuperados do arquivo “FPC” para impressão. As formulas utilizadas para calcular os coeficientes são descritas abaixo. Nas definições, os seguintes símbolos são usados :Para uma matriz de dados X, com N variáveis e M amostras :é o valor observado para variável k na amostra i, para variáveis contínuas. ik

x x

ik

é a média das observações para amostra i, para todas as variáveis de 1 a N.

N é o número total de variáveis. M é o número total de amostras (UTOs). Para dados binários, as formulas utilizam a seguinte tabela :-

UTO i U

+

-

+

a

b

-

c

d

T O j

onde a é o número total de variaveis onde amostras i e j ambos tinham o valor “1”, b onde amostra i tinha o valor “0” e amostra j o valor “1”, etc. coeficientes que utilizem dados quantitativos -

Distância euclidiana quadrada N

2 d ij=∑ ( xik − x jk ) 2

d

k =1

2 ij

= (b + c) para dados binários,

Distância euclidiana simples

d

ij

=

d

2 ij

d

ij

=

(b + c) para dados binários,

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programa COEF (manual versão 30/04/98)

Distância euclidiana quadrada média 2

d

2 ij

=

d N

ij

d

2 ij

=

(b + c ) para dados binários, N

Distância euclidiana média 2

d

ij

d N

=

ij

d

ij

(b + c ) para dados binários, N

=

Distância Manhattan total {"city block metric"} N

d Mij=∑ xik − x jk

d

k =1

Mij

=(b + c) para dados binários,

Distância Manhattan média {"Mean Character Difference"}

d Mij=

1 N ∑ − N k =1 x ik x jk

d

Mij

=

(b + c ) para dados binários N

Bray - Curtis N

d

BC

=

∑ x −x k =1 N

ik

∑ (x + x k =1

ik

jk

d

BC

=

)

(b + c ) para dados binários [ 2 a +(b + c)]

jk

"Canberra metric” incluindo zero duplo

d

CANij

=

1 N

x −x ∑( + x x N

k =1

ik ik

jk

d

)

jk

CANij

=

(b + c ) para dados binários N

"Canberra metric” excluindo 0 duplo igual ao anterior, mas excluindo comparações onde ambos as amostras tem o valor 0. (veja Clifford & Stephenson, 1975). Esta é a forma original e mais comum deste coeficiente. para dados binários,

d

CANij

=

(b + c ) , excluindo zero duplo (a + b + c )

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FITOPAC - versão 1

Morisita

C

= Lij

2 ∑ nik n jk

onde

(λi + λ j) N i N j

λ

∑ n (n − 1) N ( N − 1)

= i

ik

i

ik

i

nik = no. de indivíduos em amostra i, espécie k, e Ni = no. total de indivíduos em amostra i.

Morisita modificado por Horn

∑n igual ao anterior, mas λ = N

2

ik 2

i

i

Distância corda

d

ij

= 2(1 − cos θ ) M

onde cos

∑x x

θij =

ik

k =1

M

jk

M

∑x ∑x 2

ik

k =1

k =1

2 jk

Diferença de tamanho

d ij =

N N 1 ( − ∑ ∑ )2 N 2 k =1 xik k =1 x jk

ou

d ij =

(b − c ) 2 para dados binários N2

Diferença de forma

d ij = ou

N N 2 1 N 1 ( )2 − − ( − ) ∑ x x jk N 2 ∑ ∑ x x ik jk N k =1 ik k =1 k =1

N (b + c)−(b − c) 2 para dados binários N2

d ij =

Correlação

r ij =

∑ (x − x )(x − x ) ∑ ( x − x ) ∑ (x − x ) ik

i

jk

j

2

ik

i

jk

2

r

ij

j

=

( ad − bc) (dados binários) ( a + b )( c + d )( a + c)(b + d )

Marczewski-Steinhaus M

S

St

=

2∑ min( xik , x jk ) k =1 M

M

k =1

k =1

(∑ xik + ∑ x jk )

ou = SSOR para dados binários

Distância geográfica - Esta opção calcula a distância em kilómetros entre dois pontos na superficie da terra quando são fornecidas as latitudes e longitudes dos pontos. É fornecida para permitir comparações entre matrizes de 8

programa COEF (manual versão 30/04/98)

semelhança e distância geográfica entre os locais representados na matriz de semelhança., utilizando o teste de Mantel. Embora a atual versão de FITOPAC não inclui o teste de Mantel, é fácil converter os arquivos produzidos aqui ao formato NTSYS e utilizar este programa para realizar o teste. A formula usada para calcular a distância entre dois pontos, i e j, é

cosθ ij = sin LATi.sin LATj + cos LATi.cos LATj.cos( LONGi − LONGj ) onde θij é o angulo entre os dois pontos, e a distância em kilómetros entre os pontos é dado por

dist

ij

= 2π .6371.

θ 360 ij

o

utilizando 6371 km. como o raio médio da terra. (Butler & Bell, 1988) Em geral, os resultados são bastante satisfatórios, mas pode haver problemas no caso de localidades que são muito próximos (menos que 10 minutos de ângulo de separação) devido ao acúmulo de erro no cálculo.

coeficientes que utilizem dados binários -

Concordância simples {"Simple matching"}

Jaccard

S

Dice/Sorenson/Czekanowski

S

Kulczynski

Ochiai

S S

OCH

KUL

Baroni - Urbani & B

S

BUB

Rogers-Tanimoto

S

RT

Hamann

S

H

Yule

SOR

=

=

(a + d) N

2a (2 a + b + c )

1 a a = [ + ] 2 ( a + b) ( a + c )

a [(a + b)(a + c)]

=

SM

a (a + b + c )

=

JAC

S

=

ad + a ( ad + a + b + c)

=

(a + d) (a + d)+ 2(b + c)

=

(a + d) − (b + c) (a + b + c + d)

S

Y

=

ad − bc ad + bc

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FITOPAC - versão 1

Chi - quadrado

χ

2

ij

=

N (ad − bc) 2 (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) N ( ad − bc − N2 ) 2 χij = (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) 2

Chi - quadrado com correção de Yates

Coeficients para misturas de varíaveis Coeficiente de Gower W é o peso para cada comparação. Para cada variável, k, se Xik ou Xjk está faltando, então wk = 0.0. para variáveis quantitativas :

Sk =

( X ik −

X

max k

X −X

jk

)

w

k

= 1.0

min k

para variáveis multiestado

Sk = 1.0 se Xik = Xjk

wk = 1.0

para variáveis binárias

Sk = 1.0 se Xik = Xjk = 1

wk = 1.0

N

SG =

∑ wk S k =1

k

N

∑w k =1

k

Bibliografia Butler, B.C.M. & Bell, J.D. 1988. Interpretation of Geological Maps. Longman, Harlow, England. Clifford, H.T. & Stephenson 1975. An introduction to numerical classification. Academic Press, London. Dunn, G. & Everitt, B.S. 1982. An Introduction to Mathematical Taxonomy. Cambridge University Press. Gordon, A.D. 1981. Classification. Chapman & Hall, London. Legendre, L. & Legendre, P. 1983. Numerical Ecology. Elsevier. Pielou, E.C. 1984. The Interpretation of Ecological Data. Wiley. Sneath, P.H.A. & Sokal, R.R. 1973. Numerical Taxonomy. Freeman, San Francisco.

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PROGRAMA CLUSTER

Função Este programa produz uma análise de agrupamentos (cluster analysis) a partir de uma matriz de coeficientes de similaridade ou distâncias. Permite utilizar diversos tipos de agrupamento hierarquico - aglomerativo, incluindo a maioria dos métodos comuns como média de grupo e vizinho mais próximo. Produz dendrogramas dos agrupamentos obtidos e fornece várias análises suplementares, como coeficiente de correlação cofenética e análises das propriedades dos grupos obtidos.

Introdução Análise de agrupamentos é uma técnica que é utilizada para formar grupos de objetos ou UTOs (Unidades Taxonômicos Operacionais), baseando-se em algum conjunto de características destes objetos. Esta técnica é utilizada em situações onde não temos uma ideia pré-formada da delimitação dos grupos, e, em muitos casos, nem quantos grupos realmente existem na coleção de objetos. É uma maneira de se investigar, mais ou menos objetivamente, as relações entre amostras e até que ponto nos podemos reconhecer subconjuntos que mostram mais semelhança entre si e que podem ser considerados como classes ou grupos distintos. São extremamente diversas as aplicações da análise de agrupamentos. Esta técnica, embora utilizada inicialmente em estudos taxonômicos, tem sido amplamente usada em ecologia e atualmente é empregada extensamente em campos de estudo variando de literatura até geologia. Devem ser consultados os livros de Clifford & Stevenson (1975), Dunn & Everitt (1982), Everitt (1980), Gordon (1981), Manly (1986), Pielou (1984) e Sneath & Sokal (1973) para uma discussão mais ampla da teoria e aplicações de análise de agrupamentos. Os exemplos utilizados neste manual serão quase inteiramente ecológicos, mas o programa pode ser usado para análises de qualquer tipo de dados onde são válidas estas técnicas. O termo ‘Análise de agrupamentos’, na realidade, inclui uma vasta diversidade de métodos, com propriedades e filosofias diferentes. No atual programa, é fornecido um conjunto de oito métodos de agrupamento, todos do tipo ‘hierârquico - aglomerativo’. Estes partem de uma matriz de semelhança ou distância, considerando-se cada objeto (parcela ou amostra de vegetação) como um grupo inicialmente, e juntando o par de grupos mais próximos, successivamente, até que permanece somente um grupo. E no critério utilizado para decidir qual é o par de grupos mais próximos em cada o da análise que os métodos diferem. Um dendrograma, um diagrama que mostra o nível de semelhança entre os grupos, representa a hierarquia de grupos.

Utilização

Arquivos necessários São necessários: um arquivo de entrada, (contendo uma matriz de coeficientes) e um arquivo de saida (onde os resultados serão gravados). Quando você chama o programa, você pode especificar os arquivos de entrada e saida na linha de comando, - por ex. CLUSTER ENTRADA SAIDA”. Se você quer analisar os grupos formados, será preciso um arquivo contendo a matriz de dados, matriz esta usada para calcular os coeficientes. Arquivo de entrada : O programa utiliza um arquivo de coeficientes de similaridade, correlação ou distâncias produzido pelo programa ‘COEF’. Não se pode usar um outro tipo de arquivo como entrada - se você utilizar um outro tipo de arquivo, um mensagem de erro aparecerá, e o program vai pedir o nome de um arquivo tipo ‘.FPC’. O programa já supoe que o arquivo de entrada tenha a extensão ‘.FPC’, assim, não é necessário bater a extensão. Caso você queira utilizar um arquivo com outra extensão, é necessário bater o nome completo deste, com extensão e tudo. Arquivo de saida : Quando não se especifica um arquivo de saida, o programa cria, automaticamente, o arquivo ‘NOME.LST’, e manda toda a saida para este arquivo. Portanto, chamando o programa com a linha ‘CLUSTER POCOS’’, será usada o arquivo ‘POCOS.FPC’ como arquivo de entrada e ‘POCOS.LST’ como arquivo de saida. 1

FITOPAC - versão 1

Caso você queira especificar o nome do arquivo de saida, bate este nome após o nome do arquivo de entrada, lembrando de deixar um espaço entre os dois - por ex. ‘CLUSTER POCOS POCOS.RES’ vai utilizar ‘POCOS.FPC’ como entrada e os resultados serão colocados no arquivo ‘POCOS.RES’. Pode-se, também, mandar a saida diretamente para a impressora, batendo ‘IMP’ para o arquivo de saida. No caso de se utilizar a opção de saida de “Analisar os Agrupamentos” (veja “Opções de Saida” - abaixo), será também preciso o arquivo ‘.FPM’ que contém os dados originais utilizados para calcular a matriz de coeficientes de distância ou semelhança.

Dados O programa aceita qualquer um dos coeficientes produzidos por ‘COEF’, incluindo diversas medidas de semelhança, correlação e diversos tipos de distância (veja a descrição do programa COEF para detalhes destas opções). Note, porém, que certas combinações de coeficiente e método de agrupamento podem criar problemas (veja limitações e problemas, embaixo).

Tela principal Arquivos Rotas Metodo Dendro dEsen Imprimir Cofen Grupos Sair Escolher o metodo de agrupamento a ser usado ———————————————————————————————————————— —— arquivos Arquivo entrada : A.FPC Arquivo saida : A.LST

Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\

Metodo atual : Media de grupo (UPGMA)

Os principais comandos disponíveis são : Metodo, Dendro, *dEsen, *Imprimir, *Cofen e *Grupos. Os comandos marcados com um asterísco estão disponíveis somente depois de produzir um dendrograma utilizando o comando “Dendr”. Segue uma descrição de cada comando :METODO - selecione o metodo de agrupamento que deseja utilizar. As opções de tipo de agrupamento são apresentados no menu ‘Tipo de agrupamento desejado’ e a opção desejada pode ser escolhida, batendo a letra apropriada ou utilizando as setas e <ENTER>.

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programa CLUSTER

(manual versão 30/04/98)

Tipo de agrupamento desejado ? A - Ligaçao minima B - Ligaçao completa C - Media de grupo (UPGMA) D - Media ponderada (WPGMA) E - Centroide F - Mediano G - Metodo de Ward (Variancia minima) H - Metodo flexivel

Todos os métodos de agrupamento são do tipo SAHN - sequencial, aglomerativo, hierárquico, sem sobreposição - Sneath & Sokal (1973). São oito, no total :Ligação mínima. (Single linkage, nearest neighbour, minimum method, vizinho mais próximo) O critério utilizado para ligar dois grupos neste método é a distância mínima (ou semelhança máxima) entre qualquer par de objetos, um de cada um dos dois grupos. Este critério resulta em grupos extensas e ‘straggling’, frequentamente formando uma ‘cadeia’ ou ‘escada’. Esta escada é caracterizada pelos objetos ligando-se um a um, sem a formação de grupos nítidos. O método é compatível com qualquer tipo de coeficiente. Ligação completa. (Complete linkage, furthest neighbour, maximum method, vizinho mais distante) Neste método, a distância máxima (ou semelhança mínima) entre qualquer par de objetos, sendo um de cada grupo, é o critério utilizado para decidir se dois grupos devem ser ligados. Ligação completa, portanto, utiliza um critério que é exatamente o contrário da ligação mínima, e tem a tendência de formar grupos extremamente compactos e esféricos. É compatível com qualquer tipo de coeficiente. Média de grupo. (Average linkage, UPGMA, group average) Aqui, o critério utilizado para ligação dos grupos é a média de distância ou semelhança de todos os pares de objetos com um em cada grupo. Grupos relativamente compactos e esféricos tendem, então, a se formar , mas este método não é tão extremo como o método de ligação completa. Média ponderada. (Weighted average, WPGMA, McQuitty’s similarity analysis) Este método é semelhante à média de grupo, mas concede peso igual para os grupos, sem considerar o seu tamanho, como no método anterior. Teoricamente, deveria dar resultados melhores onde grupos de tamanhos muito diferentes estão sendo comparados. Compatível com qualquer coeficiente. Centróide. (Centroid, UPGMC) O critério usado neste método é a distância entre os centroides ou vetores de médias dos grupos sendo comparados. Este método é compatível com distância euclidiana e coeficientes de diferença de tamanho e de forma. A transformação utilizada no programa não é compatível com coeficientes de similaridade ou correlação. Este método pode produzir ‘inversões’ no dendrograma, onde a distância de ligação entre dois grupos pode ser inferior ao nível de ligações anteriores. Mediano. (Median, weighted centroid, WPGMC, centroide ponderado) Este método é a variante ponderada do centroide. Da mesma maneira que a média ponderada, tende a dar pesos iguais aos grupos, apesar de qualquer diferença em tamanho. Também está sujeito a inversões no dendrograma. Compatível somente com coeficientes de distância. Método de Ward. (Ward’s method, minimum variance) Neste caso, é utilizada como critério para ligação de grupos, a soma dos quadrados das distâncias entre os membros de um grupo e o centroide do grupo . A próxima ligação será feita utilizando o par de grupos que produz o menor aumento neste soma. O método tende a produzir grupos compactos e esféricos. Teoricamente, este método só faz sentido quando utilizado com distância euclidiana quadrada. Apesar disso, vários autores utilizam este método com outros tipos de coeficiente (Wishart, 1987), aparentamente com resultados bons, e você pode utilizar estes coeficientes se ignorar os avisos do programa. Os resultados devem, porém, ser interpretados com bastante cautela.

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FITOPAC - versão 1

Método flexível. (Lance_Williams’ flexible method) Este método foi proposto por Lance & Williams (1967) e permite variar um parâmetro, Beta, entre os valores -1.0 até (mas não incluindo) 1.0. Com valores positivos de beta, o método produz resultados semelhantes a ligação mínima, mas valores perto de -1.0 produzem agrupamentos muito compactos, semlhantes a ligação completa. Portanto, é possível simular o efeito de diversos métodos de agrupamento, variando o valor de beta. Lance & Williams sugerem que um valor perto de -0.25 geralmente é satisfatório. Se esta opção é escolhida, o programa pede um valor para beta. Se quiser usar o valor sugerido pelo programa (-0.25), só precisa bater <ENTER>. Este método é compatível somente com distância euclidiana e não com correlação. DENDRO - Este comando inicia o cálculo do dendrograma a partir da matriz de coeficientes fornecida no arquivo de entrada, utilizando o método de agrupamento especificado. O tempo de processamento necessário é proporcional ao quadrado do número de objetos sendo agrupados. Portanto, análises de grandes números de objetos levarão muito mais tempo que análises menores, e, em micros mais lentos que não tem co-processador numérico, podem requerer várias horas de cálculos. DESEN[HAR] - O dendrogram é desenhado na tela (figura 1) quando se escolha esta opção. Você pode imprimir a tela resultante apertando Ctrl-P (veja ‘Imprimindo gráficos’). Qualquer outra tecla volta à tela principal. No caso de análises com um número grande de objetos, o dendrograma vai parecer muito ‘apertado’, especialmente nos níveis inferiores, embora os principais divisões (geralmente os mais importantes e interessantes) ainda serão evidentes. Caso você queira analisar os agrupamentos menores, pode utilizar o comando “Grupos” - Analizar os agrupamentos, opção que tem facilidades para selecionar e aumentar partes do dendrograma. Alternativamente, pode-se usar a opção imprimir o dendrograma, mas se o número de objetos é grande, a listagem será extensa . IMPRIMIR - imprime o dendrograma usando o conjunto normal de caracteres da impressora, sem o uso do modo gráfico. Esta opção produz uma listagem do dendrograma no arquivo de saida, no formato mostrado na figura 2. Neste formato, o dendrograma ocupa uma página para cada 30 objetos, e a listagem pode ser extensa no caso de análises com grande número de objetos. Atualmente, dendrogramas que contém inversões não são corretamente impressos. COFEN[ÉTICO] - calcula o valor do coeficiente de correlação cofenético (Sneath & Sokal, 1973). Esta opção calcula a correlação entre a matriz de coeficientes original e a matriz de valores cofenéticos que corresponde ao dendrograma produzido na atual análise. Em geral, quanto mais alto o valor desta correlação, melhor é a representação dos dados originais fornecida pelo dendrograma. Este coeficiente, portanto, oferece uma maneira de escolher entre classificações alternativas, e existem sugestões que valores baixos (por ex. < 0.7 - Everitt, 1980) indiquem uma má classificação ou que os agrupamentos não são satisfatórios. Este tipo de critério deve ser usado com bastante cautela não existe um teste de significância satisfatório - e valores relativamente altos do coefiente de correlação cofenética são possíveis em situações onde ocorre distorção razoável na classificação produzida. Além disso, é conhecido que o método de Média de Grupo (UPGMA) sempre otimiza a correlação cofenética (Gauch, 1982), mas, na prática, nem sempre dá a classificação mais satisfatória. O valor deste coeficiente serve como indicador, mas, deve-se utilizar diversos critérios para tomar uma decisão sobre a validade de uma classificação. O programa também fornece um gráfico, plotando os valores da matriz de coeficientes original contra os valores cofenéticos do dendrograma (figura 3). O gráfico dá uma idéia melhor de possíveis distorções da matriz original, e onde estão ocorrendo estes problemas (Sneath & Sokal, 1973). GRUPOS - Esta é a opção mais complexa pois fornece diversos tipos de análise dos agrupamentos presentes no dendrograma atual. É especialmente importante aqui a possibilidade de se inspecionar as variáveis originalmente usadas para produzir a matriz de semelhança/distância, assim permitindo determinar quais variávies são importantes na separação dos grupos. Note que é essencial ter o arquivo “.FPM” usado para produzir a matriz de coeficientes se você pretende realizar análises das variáveis originais, de preferência no mesmo disquete ou sub-diretório que a matriz de coeficientes.

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programa CLUSTER

(manual versão 30/04/98)

Definir Membros Var Grupo Box/whisk Acres. Sair Definir os grupos para analise ______________________________________________________________

Metodo atual : Media de grupo (UPGMA)

Segue uma descrição da função de cada comando :DEFINIR - Depois da escolha desta opção, o programa apresenta um gráfico do dendrograma (fig. 4), com um cursor apontando para o nó que representa a raiz do dendrograma. Você pode “navegar” ao redor do dendrograma, examinando e escolhendo grupos para análises mais aprofundadas. O primeiro o é de selecionar os grupos que você pretende analisar. Para selecionar um grupo, você posiciona o cursor no nó do dendrograma que é a raiz do grupo (ou ramo do dendrograma) que se pretende analisar, utilizando as teclas de seta, e depois aperta a tecla <ENTER>. O cursor indica o nó ativo, e o ramo do dendrograma associado é desenhado com uma linha pontilhada, deixando claro qual é a parte do dendrograma que está sendo selecionada (fig. 4). As teclas usadas para “navegação” são as seguintes :-

¤ mude para o ramo à direita ¥ mude para o ramo à esquerda £ mude para o nó anterior (¢ não tem função aqui) §+ ¤ mude para o objeto mais à direita deste grupo §+ ¥ mude para o objeto mais à esquerda deste grupo

² Vai até a raiz do dendrograma

+

amplia (“zoom”), preenchendo a tela só com este ramo. Permite examinar um ramo em mais detalhe, especialmente em dendrogramas mais “apertados".

- desfazer o aumento, voltando ao dendrograma original. « escolher o ramo atual para análise

µ “desfazer” a escolha de um grupo ° terminar escolha de grupos e continuar análise. Quando você escolhe um grupo, aparece um quadrado ao redor da raiz do grupo junto com o número dado para este grupo (fig. 4). No dendrograma de fig. 4, já foram selecionados 4 grupos. Note que a escolha de um grupo anula qualquer escolha anterior envolvendo aquele grupo. Por exemplo, no dendrograma de fig. 4, a escolha do nó acima de grupos 1 e 2 vai anular estes grupos e criar um novo grupo 5 que contém os membros dos dois grupos originais. Se você pretende analisar grupos ‘encaixados’ desta maneira, precisa fazer mais que um ciclo de análise, voltando a esta opção uma vez que o primeiro nível de análises foi feito. Pode-se voltar quantas vezes quiser a este opção. Quando terminar a escolha de grupos, aperte a tecla <ESC> para continuar. MEMBROS - Imprimir listagem dos membros dos grupos - esta opção simplesmente imprime no arquivo de saida uma lista dos membros de cada grupo selecionado (fig. 5). 5

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VAR[IÁVEL] - Resumir dados por variavel - esta opção imprime um resumo de cada grupo, variavel por variavel, fornecendo média, máximo, mínimo e desvio padrão do variável para cada grupo (fig. 6). Antes de imprimir esta listagem, o programa pergunta quais variáveis você quer utilizar, permitindo qualquer combinação desde uma variável só, até todas as variáveis no arquivo. Esta listagem permite investigar quais são as variáveis que distinguem melhor entre diferentes grupos. GRUPO - Resumir dados por grupo - semelhante à opção anterior, mas produz um resumo grupo por grupo, imprimindo os dados para cada variável para um dado grupo, antes de proceder ao próximo grupo (figura 7). Também pede uma lista das variáveis que devem ser usadas. Esta opção é útil quando você quer caracterizar um grupo específico. BOX/WHISK - Diagrama “Box & Whisker” - esta opção é um equivalente gráfico do “Resumir dados por variável", produzindo um gráfico do tipoBox & Whisker” (Tukey, 1977) para cada variavel selecionada. Neste caso, cada grupo é apresentado como uma caixa (“box”), com uma linha central representando o mediano, e os extremos da caixa representando os “quartiles". Portanto, 50 % dos membros do grupo tem valores menores que o mediano, e 50 % dos membros caiem dentro da faixa entre os “quartiles” (i.e. dentro da caixa). Fora da caixa, dois “whiskers” representam o máximo e mínimo do grupo para a variável. Com este gráfico, torna-se fácil comparar os grupos e investigar o grau de sobreposição entre os grupos nas variáveis selecionadas. Quando tem menos que quatro objetos no grupo, é apresentado somente uma linha representando o máximo e mínimo do grupo. Figura 8 mostra um exemplo deste tipo de gráfico. ACRES[CENTAR] - no. de grupo a matriz - com esta opção, você pode acresentar permanentamente os números de identificação dos grupos selecionados à matriz de dados originais, permitindo o uso destes grupos em outros programas deste pacote, ou com outros pacotes estatísticas via as facilidades paratradução” de formatos. Por exemplo, se você quer verificar até que ponto os grupos podem ser distinguidos e criar funções discriminantes para separá-los, pode acrescentar os números de grupos à matriz original e utilizar esta matriz para uma análise de discriminantes, usando “Systat", “Statgraphics” ou qualquer outro pacote estatística que tem facilidades para este tipo de análise. Os números de grupo serão colocados numa variável chamado “Grupo” que é adicionada à matriz como o último variável. No caso de objetos que não estão dentro de um dos grupos selecionados, será dado o valor de “dados faltando” para esta variável. Quando uma matriz já contém o número máximo de variáveis, não é possível acrescentar os números de grupo. SAIR - Terminar analise de grupos - voltar à tela principal.

Recomendações sobre escolha de métodos. A diversidade de métodos de se formar agrupamentos cria muitas dúvidas e questões sobre a sua aplicação. Os vários levantamentos feitos mostram que não existe um método que é nitidamente superior aos outros em todas as circumstâncias, e a escolha depende do tipo de dados que o usuário tem e do tipo de agrupamentos que ele procura (por ex. Milligan, 1981; Milligan & Cooper, 1987; Scheibler & Scheibler, 1985). Apesar disso, algumas recomendações podem ser feitas. Podemos fazer um contraste entre ligação mínima, que ocupa um extremo do espectro de métodos e ligação completo no outro. Ligação mínima produz dendrogramas que normalmente são de pouca utilidade na maioria de situações reais. Mostra, numa forma extrema, o processo de ‘encadeiamento’ (chaining), onde as amostras se ligam com o dendrograma uma por uma, produzindo uma ‘escada’, que é pouco informativa, e tende a ser insatisfatória como classificação. Se não se definem bem os grupos existentes nos dados, amostras intermediarias liguem os grupos precocemente e estas ligações escondem a estrutura que na realidade está presente. Mas em casos onde os grupos tem formas estranhas, ou lineares ou mais irregulares, este método pode ser extremamente útil, pois consegue seguir as configurações mais complexas, desde que não haja muitas amostras intermediárias. Esta situação parece ser mais comum em estudos taxonômicos, onde grupos bem irregulares podem ocorrer com mais facilidade. Ligação completa, por outro lado, produz grupos extremamente bem definidos, muito compactos, que tendem a ser mais ou menos esféricos. A consequência disso, porém, é que este método vai produzir ‘grupos’, aparentamente bem distinctos, onde, na realidade, temos uma distribuição contínua. Inevitavelmente, a colocação dos objetos nos ‘grupos’ é um tanto arbitrária, e grupos que são formados somente com o uso deste método devem ser vistos com uma certa ‘desconfiança’. O método de Ward também tende a produzir grupos relativamente compactos e esféricos, mas, geralmente, os resultados são mais aceitáveis dos que os de ligação completa. Na prática, este método frequentamente produz

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programa CLUSTER

(manual versão 30/04/98)

resultados bons para dados de composição florística e em estudos taxonômicos. Em estudos com dados reais, os agrupamentos produzidos são quase sempre mais fáceis para interpretar do que as classificações produzidas por outros métodos. Parece ser particularmente útil para estudos ecológicos onde em muitos casos queremos ‘dissecar’ o que é essencialmente contínuo, mais do que produzir realmente uma classificação de grupos distintos. Os estudos com dados artificiais sugerem também que o método de Ward é quase sempre um dos melhores, se não o melhor, dentre as técnicas aglomerativas/hierárquicas (Milligan, 1981; Milligan & Cooper, 1987; Scheibler & Schneider, 1985). Os outros métodos mencionados produzem resultados entre os extremos de ligação mínima e ligação completa. O método de média de grupo é, em geral, o mais satisfatório. Nos estudos citados anteriormente, geralmente foi comparável ou, em algumas situações, melhor que o método de Ward (especialmente com coeficientes de correlação). No caso dos métodos de centroide e mediano, o dendrograma resultante pode mostrar inversões: nestas o nível de fusão entre dois grupos é inferior (distância menor) do que o último nível de fusão dentro de um ou ambos os grupos (o nível de fusão não aumenta monotónicamente). Esta propriedade de formação de inversões é considerada altamente indesejável por muitos autores que consideram estes métodos obsoletos. Já, o método flexível é bastante interessante por que a intensidade de agrupamento pode ser controlada, utilizando diferentes valores do parâmetro β (beta). Em geral, produz resultados bons, dependendo do valor de β escolhido, e, em alguns casos, fornece resultados comparáveis com média de grupo e método de Ward (Milligan & Cooper, 1987; Scheibler & Schneider, 1985). É sugerido por Milligan (1987) que valores de β em torno de -0.2 a -0.25 geralmente funcionam bem, embora em conjuntos de dados onde casos extremos (‘outliers’) são comuns, valores de β na faixa de -0.4 a -0.7 são necessários para obter resultados satisfatórios.

Limitações e problemas

Limites O número máximo de objetos (UTOs) é 400. Com este número, análises vão ser bastante demoradas e os dendrogramas apresentados na tela serão muito “apertados". [ No momento, não há espaço suficiente para fazer análises de agrupamento com o número máximo de objetos e o programa dará uma mensagem dememória insuficiente” se tentar. ]

Compatibilidade entre coeficientes e métodos. O algorítmo empregado neste programa utiliza a estratégia combinatorial (combinatorial strategy) de Lance & Williams (1967), onde os novos coeficientes dos grupos formados são calculados a partir dos anteriores, sem a necessidade de recalcular a matriz inteira. Enquanto esta técnica facilita a programação e permite a inclusão de uma diversidade de métodos dentro de um único programa, alguns coeficientes teoricamente não podem ser utilizados em combinação com alguns métodos de agrupamento. Lance e Williams distinguem duas situações: 1) a estratégia de agrupamento pode ser combinatorial, e neste caso o coeficiente de um grupo k com o novo grupo formado pela fusão dos grupos i e j pode ser expresso inteiramente em termos dos coeficientes dik, djk, dij e o número de objetos em i e j. Portanto, não é necessário usar os dados originais ou a matriz de coeficientes original para atualizar a matriz. Com alguns coeficientes, porém, alguns métodos não são combinatoriais. 2) a estratégia pode também ser compatível, o que quer dizer que os coeficientes calculados nas etapas posteriores da análise são de exatamente o mesmo tipo e tem as mesmas propriedades que os coeficientes iniciais. No caso de uma estratégia incompativel, algumas destas propriedades são perdidas, e não é mais possível interpretar os resultados com confiança, pois os coeficientes nas fases posteriores não são iguais aos originais. Normalmente, isso é considerado indesejável.

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FITOPAC - versão 1

As combinações consideradas combinatoriais e compatíveis são resumidas na tabela seguinte : tipo de coeficiente. método

distância simples

distância quadrada

correlação

+/+

distância Manhattan +/+

lig. mínima

+/+

lig. completa

+/+

+/+

+/+

+/+

média de grupo

+/+

+/+

+/+

+/+

média ponderada

+/+

+/+

+/+

+/+

centróide

-/+

+/+

-/+

-/+

mediano

+/+

+/+

+/+

+/-

Ward

-/?

+/+

-/?

-/?

flexível

+/+

+/+

+/+

+/-

+/+

+/+

combinatorial/compatível

Em geral, combinações onde tem um ‘-’ na tabela devem ser evitadas : o programa dará uma mensagem indicando que uma combinação e incompatível, mas permite continuar com a análise se você quiser. Neste caso, você é inteiramente responsável pela interpretação da análise resultante! Se não conhece bem estes métodos, recomenda-se evitar combinações incompatíveis. De modo geral, nota-se que os primeiros 4 métodos são compatíveis e combinatoriais para qualquer coeficiente enquanto os últimos 4 devem ser usados somente com distâncias, e, em alguns casos, somente com distâncias quadradas. Apesar dos possíveis problemas, várias técnicas teoricamente incompatíveis são usadas com coeficientes como correlação (especialmente o método de Ward - por ex. Schiebler & Schneider, 1985), e parecem produzir resultados úteis. Portanto, desde que usados com cautela, e desde que se reconhece que não são implementações exatas do método original, é possível utilizar combinações incompatíveis ou do tipo não combinatorial.

Notas técnicas O programa utiliza o algorítmo de Wishart (1969) para realizar o agrupamento. Este tem a vantagem de permitir diversos métodos de agrupamento com essencialmente uma única transformação, simplificando a programação e oferecendo todos os métodos dentro do mesmo programa. Para aumentar a velocidade de processamento, foi utilizada, também, a modificação sugerida por Anderberg (1973), onde o valor mínima de cada coluna da matriz de coeficientes é armazenado. Neste caso, é necessário pesquisar somente estes valores mínimos, e não a matriz inteira, diminuindo consideravelmente o tempo necessário para processamento.

Bibliografia Anderberg, M.R. 1973. Cluster Analysis for Applications. Academic Press, New York. Clifford, H.T. & Stevenson, W. 1975. An Introduction to Numerical Classification. Academic Press, New York.

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programa CLUSTER

(manual versão 30/04/98)

Dunn, G. & Everitt, B.S. 1982. An Introduction to Mathematical Taxonomy. Cambridge University Press. Everitt, B.S. 1980. Cluster Analysis (2nd ed.). Heineman Educational Books, London. Gordon, A.D. 1981. Classification. Chapman & Hall, London. Lance, G.N. & Wiliiams, W.T. 1967. A general theory of classificatory sorting strategies 1. Hierarchical systems. Computer J. 9 : 373-380. Manly, B.F.G. 1986. Multivariate Satistical Methods. Chapman & Hall, London. Milligan, G.W. 1981. A review of monte carlo tests of cluster analysis. Multivariate Behavioural Research 16 : 397407. Milligan, G.W. 1987. A study of the beta-flexible clustering method (WPS 87-61). Columbus OH: Ohio State University, Faculty of Management Sciences. Milligan, G.W. & Cooper, M.C. 1987. Methodology review: Clustering methods. Measurement 11 : 329-354.

Applied Psychological

Pielou, E.C. 1984. The Interpretation of Ecological Data. Wiley, New York. Scheibler, D. & Schneider, W. 1985. Monte carlo tests of the accuracy of cluster analysis algorithms: a comparison of hierarchical and nonhierarchical methods. Multivariate Behavioural Research 20 : 283-304. Sneath, P.H.A. & Sokal, R.R. 1973. Numerical Taxonomy. W.H. Freeman & Co., San Francisco. Tukey, J.W. 1977. Exploratory Data Analysis. Addison-Wesley, Reading, Mass. Wishart, D. 1969. An algorithm for hierarchical classifications. Biometrics 25 : 165-170.

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FITOPAC - versão 1

Figura 1 Dendrograma desenhada na tela

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programa CLUSTER ****

(manual versão 30/04/98)

Dendrograma

****

**

Tipo de coeficente : distancia euclidiana simples

**

Tipo de agrupamento : Media de grupo (UPGMA)

Nivel de fusao 2.04 4.99 7.44 9.25 15.94 5.99 15.94

UTO

modern dog-+-------+ +---------+ prehistoric -+-------+ | +--------+ cuon-+-----------------+ | +------+ golden jacka-+--------------------------+ | +--------------------+ dingo-+---------------------------------+ | | chinese wolf-+---------------------+ | +--------------------------------+ indian wolf-+---------------------+ +------+-------+------+-------+------+------+-----+----+ 0 | 4 | 8 | 12 | 16 2 6 10 14

distancia euclidiana simples

Figura 2. Exemplo de listagem de dendrograma

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FITOPAC - versão 1

Figura 3 Gráfico produzido para correlação cofenética.

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programa CLUSTER

(manual versão 30/04/98)

Figura 4 Fase de escolha de grupos - 4 grupos já foram selecionados.

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***

FITOPAC - versão 1 membros dos grupos selecionados

*** Agrupamento : Grupo

1,

Membros do agrupamento sao : 2b, 4d, 5b, 5c, 5d, 5e, 10b, 10a, 11a, 11c.

*** Agrupamento : Grupo

2,

com 16

6c,

membros

com 4

7c,

8d,

membros

***

***

8c, 10d, 10c,

***

Membros do agrupamento sao : 1a, 1b, 1d, 2c.

*** Agrupamento : Grupo

3,

com 20

membros

***

Membros do agrupamento sao : 11d, 11e, 12e, 12c, 12a, 13d, 13e, 14a, 15a, 15e, 16c, 16a, 17a, 17b, 17c, 18d, 19b, 19e, 20d, 20b.

Figura 5. Listagem dos membros dos grupos.

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***

programa CLUSTER Resumo por variavel ***

Variavel no. 1 Grupo grupo grupo grupo

pH CaCl-0

Media 1..... 2..... 3.....

Variavel no. 2 Grupo grupo grupo grupo

***

4.387 4.250 4.380

***

desvio padrao

minimo

maximo

N

0.2094 0.1915 0.2745

4.100 4.000 4.000

4.800 4.400 4.900

16 4 20

desvio padrao

minimo

maximo

N

0.5944 0.3464 0.3410

2.600 0.900 3.600

4.700 1.700 4.700

16 4 20

M.O. -0

Media 1.... 2.... 3....

(manual versão 30/04/98)

3.856 1.200 4.105

Figura 6. Resultados de análise de grupos por variável.

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FITOPAC - versão 1 ***

***

grupo

1

Variavel

***

grupo

4.387 3.856 2.806 0.285

2

Variavel

***

grupo

Variavel pH CaCl-0... M.O. -0..... P -0........ K -0........

4.250 1.200 3.625 0.270

3

desvio padrao

minimo

maximo

N

0.2094 0.5944 0.9044 0.1103

4.100 2.600 1.800 0.010

4.800 4.700 5.400 0.480

16 16 16 16

desvio padrao

minimo

maximo

N

0.1915 0.3464 1.4569 0.0283

4.000 0.900 2.800 0.230

4.400 1.700 5.800 0.290

4 4 4 4

desvio padrao

minimo

maximo

N

0.2745 0.3410 0.6778 0.0681

4.000 3.600 1.000 0.100

4.900 4.700 3.600 0.300

20 20 20 20

*** Media

pH CaCl-0... M.O. -0..... P -0........ K -0........

***

*** Media

pH CaCl-0... M.O. -0..... P -0........ K -0........

Resumo por grupo

*** Media 4.380 4.105 1.640 0.214

Figura 7. Resultados de análise de variáveis por grupo.

16

programa CLUSTER

(manual versão 30/04/98)

Figura 8 Exemplo de um gráfico “Box & Whiskers".

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